пептидные связи с длинными хвостами

[maks]

что бы полярных групп помимо аминной не было,
скажем что бы был похож на аспартат , но без его проблем

[OrganicChemist]

1. аминогруппа в аминном фрагменте должна быть только 1?
2. она может быть первичной, вторичной, третичной?
3. октадецильные радикалы должны соединяться с аминным фрагментом все равно через какие атомы?
4. должен ли амин быть обязательно биогенного происхождения или это не важно?

P.S. вторичную амидную группу я бы не назвал неполярной

[SkydiVAR]

Как насчет аминомалоната?

[maks]

амин должен быть первичный
биологическое происхождение не важно
соединяться амидные хвосты через углероды в принципе должны , а какие есть опции ?

до уточнений коллеги Upstream мне молекула виделась так, наверное надо искать что то подлиннее , малонат наверное дает короткое расстояние между двумя хвостами и им не сгодится

[chemist]

амин должен быть первичный
до уточнений коллеги Upstream мне молекула виделась так, наверное надо искать что то подлиннее , малонат наверное дает короткое расстояние между двумя хвостами и им не сгодится

С учётом справедливых замечаний коллеги Upstream о порочной склонности аспарагинатов и глутаминатов к циклическому инцесту , нарисованный Вами продукт я б получил, тупо нагрев БОКированный диметиловый эфир аспаргинки с избытком амина до полного улетучивания метанола. Полученный БОК-полупродукт очистить, потом снять защиту. Фтальимидное производное также оглоушить не удасться, т.к. фтальимидная группа аминами раскрывается и потом уже к гидразину безразлична

Про малонат вроде что-то похожее было, чем дело-то закончилось?

[maks]

да нет закончилось лишь обсуждением малонат
мне Ваша идея очень нравится, вопрос ,а погонит ли при аминолизе длинный амин метанол ? в чем его греть, в ДМФ наверное ?

[chemist]

мне Ваша идея очень нравится, вопрос ,а погонит ли при аминолизе длинный амин метанол ? в чем его греть, в ДМФ наверное ?

Погонит, как миленький, если хорошо вжарить . Я таких грею без растворителя, тщательно собирая метанол для контроля полноты реакции, обычно ведётся где-то при 100-150'C, зависит от эфира и амина.

[OrganicChemist]

maks, структурная формула диоктадециласпартата была и так понятна.

Коллеги, а если попытаться ввести NH2-группу после получения диамида, например, из фумаровой кислоты (диамид малеиновой кислоты также известен). Либо можно сделать что-то по аналогии с этим:

[Upstream]

Я таких грею без растворителя, тщательно собирая метанол для контроля полноты реакции, обычно ведётся где-то при 100-150'C, зависит от эфира и амина.
Этот вариант мне тоже понравился, но Вос наверняка посыпется. Я бы взял Z-Asp(OMe)-OMe + 2.5-3 эквимоля амина без растворителя.

Эдисон говорил: "Всё что необходимо изобретателю - это хорошее воображение и куча хлама"
Я обычно ориентируюсь на ту кучу химического хлама, которая у меня есть в наличии.... Например у меня без дела прозябает метиловый эфир лизина. Но можно взять и просто лизин или орнитин и исчерпывающе проацилировать дешёвой жирной кислотой, потом проактивировать и огреть избытком любого диамина, или даже гидразина.
Ещё у меня стоит на полке весьма недорогой тетраметилендиамин (H2NCH2CH2)2NH, который можно с разумной селективностью проацилировать дважды по первичным азотам, а затем в более жёстких условиях впендюрить Boc-Gly по центральному азоту.
Можно защитить дешёвый 2-амино-1,3-дигидроксипропан и проацилировать гидроксилы длинноцепочечной кислотой.
Вышеозвученный вариант с фумаровой кислотой от OrganicChemist-а вполне интересен, особенно если есть пропись на диалкиламид, далее аминогруппу я бы вводил через цистеинамин (по Михаэлю) в более мягких условиях, чем с аммиаком, где можно опять напороться на аспартимид.

[chemist]

но Вос наверняка посыпется.

В избытке амина-то (слабощелочная среда)? 150'C вроде тоже ему не зной, обычно он откидывает изобутилен где-то при >200'C. Во всяком случае пока что такие зверства мне с рук сходили
Да и вообще, автортопик несколько погорячился с названием темы - где тут пептидные связи, ему нужен кондовый диамид.

[maks]

но Вос наверняка посыпется.

В избытке амина-то (слабощелочная среда)? 150'C вроде тоже ему не зной, обычно он откидывает изобутилен где-то при >200'C. Во всяком случае пока что такие зверства мне с рук сходили
Да и вообще, автортопик несколько погорячился с названием темы - где тут пептидные связи, ему нужен кондовый диамид.

Совершенная правда , но это что бы пептидщики мимо не прошли

[chemist]

это что бы пептидщики мимо не прошли

Ну, уважаемый народ Вы заинтриговать могёте
Гидрохлорид диметилового эфира аспарагинки продавался, причём как D-изомер (CAS 69630-50-8), так и L- (CAS 32213-95-9). Замешиваете его с пирокарбонатом и триэтиламином, полученный БОКнутый диэфир жарите с амином, деБОКируете и вся любовь

[Upstream]

Совершенно случайно наткнулся:
Preparation of BOC-Glu-bis-(3-lauryloxyproylamide)
A reaction vessel was charged with 3-lauryloxypropyl-1-amine (17.8 mmol), butyloxycarbonyl-
l-glutamic acid (8.1 mmol), and triethylamine (17.8 mmol) dissolved in
150 ml of THF, and then ice-cooled. This mixture was slowly treated with diethyl
phosphorocyanidate (17.8mmol) and then stirred under ice cooling for 30 minutes and
at ambient temperature for 3 days. It was concentrated and a pale-yellow oily residue
isolated. The residue was dissolved in CCl3H, washed twice apiece with 5% aqueous
NaHCO3 and water, and dried using Na2SO4. The solution was filtered, concentrated
as a pale-yellowsolid after recrystallization in acetone, and the product was isolated as
a colorless powder in 60.2% yield.
(DeRosa, Thomas F. Advances in polymer chemistry and methods reported in recent US patents. John Wiley & Sons, Inc. 2008, p.256)

DEPC и DPPA (дифенилфосфорилазид) известны своей мягкостью и равнодушием к аминогруппам. Я бы попробовал Boc-Glu c амином и DCC в минусах - должно быть не хуже.

[nikkochem]

Про гнуснейшие свойства аспаргинки Upstream прав. Здесь возможен только последовательный вариант присоединения. Исходник Boc-Asp-(-O-CH2-Ph)-COOH. В абсолютном ТГФ обрабатывал смесью DCC и N-гидроксисукцинимид. Отгоняли ТГФ на роторнике и выкристаллизовывали из ИПСа. Остатки Boc-Asp-(-O-CH2-Ph)-COO-Suc, где то валяются. Такой эфир хорошо вступает в реакцию с аминами по активированной группе. Почти уверен, что получить кристаллический продукт в данном случае не получится. Бензильную группу удаляем формиатом аммония в присутсвии Pd/C. Активируем ТГФ/DCC/SucOH. Далее амин. Только как выделять будите?

[iskariot]

Не хотел поднимать новую тему...
Собственно, вопрос: дициклогексилмочевина хоть в чем-нибудь растворима? Или вообще бесполезно отмыться от нее?

[nikkochem]

Дициклогексилмочевина растворима в спиртах. Раньше работал с DCC. Не помню то ли ИПС, то ли этанол. Вопрос к SkydiVARу где он покупал HATU. Нужны HATU, HBTU, BOP, PyBOP и гидроксибензотриазол. Нам их отказались поставлять ссылаясь на то, что их нельзя перевозить самолетами. У нас было несколько стартовых комплектов для синтезатора, но они закончились .

[SkydiVAR]

Коллега nikkochem, я в Германщине процветаю, так что мои ответы будут явно "мимо кассы". Впрочем, HATU довольно легко варится из HOAt, если мне мой склероз не изменяет...

[nikkochem]

HOAt то же не хотят везти (любые оксипроизводные бензо- и пиридино- окситриазолов). Синтез придется начинать с пиридина. А хотелось просто купить. Лучший метод получения вещества - вынимание из банки.

[Upstream]

>дициклогексилмочевина хоть в чем-нибудь растворима? Или вообще бесполезно отмыться от нее?
От пептидилполимера её обычно отмывают смесями 50-20% метанола в хлороформе (или ДХМ), вместо метанола можно брать уксусную к-ту или (если не жалко) трифторэтанол. В чистых спиртах она растворима плохо. Ещё должны сработать метилцеллозольв и его гомологи: на днях совершенно неожиданно обнаружил, что в нем как сахар растворятся 11-членный пептид... и из него же высаживается простыми спиртами С1-С3

>Впрочем, HATU довольно легко варится из HOAt, если мне мой склероз не изменяет...
Ya-ya! А из кого же ещё НО: Даже если доргоущий HOAt у кого-то болтается без дела, потребуется ещё хххфосген или оксалилхлорид чтобы превратить тетраметилмочевину в дихлорид и гексафторфосфат (тетрафторборат) калия.

[maks]

DEPC и DPPA (дифенилфосфорилазид) известны своей мягкостью и равнодушием к аминогруппам. Я бы попробовал Boc-Glu c амином и DCC в минусах - должно быть не хуже.

делал все как маестро Upstream прописал , Boc-Glu c амином и DCC в минусах
в итоге дал моноамид /монокислота Масс в негативе подтверждает , возможно есть некоторое количество бисамида, но мало
возвращаясь к этим реагентам DEPC и DPPA , не хотел их пользовать но попробовать придется
коллега Upstream
а они не шибко токсичны или взрывчаты , дела с ними не имел и как избавляться от их производных после реакции ?
заранее спасибо