Ищу базу данных хим.соединений

[Boyka]

Здравствуйте!
Сразу скажу, что я от химии очень далека, но возникла потребность найти базу данных химических соединений, в которой содержались бы хим.элементы с указанием их "координат".
Я не знаю, как она должна выглядеть и есть ли такая, в принципе.
Но нужна она для того, чтобы, выбрав определенные элементы, автоматически получить соединение.
Вопрос, собственно, в том и состоит: есть ли такие базы данных? Где их можно найти? Или хотя бы, на что обращать внимание при поиске?

Если я со своим вопросом обратилась совсем не туда или некорректно его сформулировала, прошу меня простить.
Спасибо!

[Marxist]

Ничего не понятно на самом деле. Баз существуют многие тысячи, но предназначены они для разных целей. Сформулируйте свою задачу почётче. Укажите, кстати, интересует ли вас органика или неорганика, кристаллографические или теоретические данные, двумерные, трёхмерные или одномерные и т.д.

[Boyka]

Ничего не понятно на самом деле. Баз существуют многие тысячи, но предназначены они для разных целей. Сформулируйте свою задачу почётче. Укажите, кстати, интересует ли вас органика или неорганика, кристаллографические или теоретические данные, двумерные, трёхмерные или одномерные и т.д.

Я сейчас сама попыталась в этом разобраться. В общем, насколько я понимаю, есть множество программ, которые могут строить 3D-модели соединений. Так вот нужна та база, на основе которой работает подобная программа. Ведь не рисуют же каждое соединение вручную. Видно, что там зарыт алгоритм, прикрученный к массиву данных о связях между элементами (это уже предположение).
Интересует и органика и неорганика.

[Marxist]

В общем, насколько я понимаю, есть множество программ, которые могут строить 3D-модели соединений. Так вот нужна та база, на основе которой работает подобная программа. Ведь не рисуют же каждое соединение вручную. Видно, что там зарыт алгоритм, прикрученный к массиву данных о связях между элементами (это уже предположение).

Вообще-то зачастую именно что рисуют. Вообще вы слишком сильно обобщаете. Есть очень разные задачи: построение двумерной структуры по одномерной, трёхмерной по двумерной, оптимизация трёхмерной структуры. Связи между элементами определяются структурной формулой (да хоть SMILES), а взаимное расположение атомов в пространстве -- квантовыми или молекулярно-механическими методами. Данные о связях между элементами находятся в силовых полях -- они в общем-то общедоступны, читайте статьи на тему 'molecular mechanics force field'. Для квантовых расчётов эти данные не нужны в идеальном случае; для разрисовки двумерной структуры по SMILES -- тоже.

Приведите пример программы, которую вы пытались изучать.

Интересует и органика и неорганика.

Органика -- различные силовые поля; в неорганике есть программы для разрисовки кристаллической структуры, но им на входе вроде бы нужны экспериментальные данные, коллеги-кристаллографы, думаю, уточнят.

[chimist]

Интересует приблизительно такое ? (По ссылке больше как пример, нежели полноценная база данных) http://www.wsu.edu/~wherland/wwwlist03.htm
(Есть программы, которые на основании уже оптимизированных структур молекул, позволяют измерять углы, расстояния между атомами).

[Boyka]

Приведите пример программы, которую вы пытались изучать.

Вот, например, такая http://webmineral.com/jpowd/index.php
По моим предположениям, в основе этой программы есть база и алгоритм, которые и строят структурные 3D-схемы. Ищу именно базу.

[Marxist]

Вот база
http://www.fiz-karlsruhe.de/icsd_content.html

[Boyka]

Интересует приблизительно такое ? (По ссылке больше как пример, нежели полноценная база данных) http://www.wsu.edu/~wherland/wwwlist03.htm
(Есть программы, которые на основании уже оптимизированных структур молекул, позволяют измерять углы, расстояния между атомами).

Да! именно!
Идеальным был бы вариант, если бы база была полной, с названиями соединений и с описанием формата.
Такое бывает?

[Marxist]

Вообще-то всё должно быть в описании базы. Каждая запись содержит название соединения. А степень полноты зависит от составителей базы.

[Boyka]

Вот база
http://www.fiz-karlsruhe.de/icsd_content.html

По описанию интересно, но при попытке разобраться, что там внутри - сложно очень. И непонятно, возможно ли оттуда вычленить сами координаты.
А полная версия, к тому же, платная:)

[amge]

Идеальным был бы вариант ... с описанием формата.

Формат представления молекул в базе http://www.wsu.edu/~wherland/wwwlist03.htm -- обыкновенный mol-файл. Практически все программы, способные создавать/оптимизировать 3D-структуру молекулы, умеют сохранять в этом формате. Имеется его исчерпывающее описание: http://www.mdl.com/downloads/public/ctfile/ctfile.pdf

Кроме того, если база со структурами в виде, например, mol-файлов доступна через интернет, есть ява-апплеты (на основе jmol, например) с помощью которых пользователь может молекулу у себя на компьютере посмотреть со всех сторон, измерить расстояния/углы, ...

[VTur]

Кто знает, выложите еще Брукхенвейскую базу. У меня ссылка потерлась.

[Boyka]

Идеальным был бы вариант ... с описанием формата.

Формат представления молекул в базе http://www.wsu.edu/~wherland/wwwlist03.htm -- обыкновенный mol-файл. Практически все программы, способные создавать/оптимизировать 3D-структуру молекулы, умеют сохранять в этом формате. Имеется его исчерпывающее описание: http://www.mdl.com/downloads/public/ctfile/ctfile.pdf

Кроме того, если база со структурами в виде, например, mol-файлов доступна через интернет, есть ява-апплеты (на основе jmol, например) с помощью которых пользователь может молекулу у себя на компьютере посмотреть со всех сторон, измерить расстояния/углы, ...

В этой базе ценно то, что я могу посмотреть координаты каждого соединения, а не поиграться с трехмерной картинкой.
Вот и хочется найти подобную БД, только полную (в этой простого этанола нет, например). И чтобы было описано, в каком формате эти координаты описаны - я вижу, что они есть, но что это именно, это уже мне не под силу понять.

[Marxist]

Кто знает, выложите еще Брукхенвейскую базу. У меня ссылка потерлась.

pdb.org

В этой базе ценно то, что я могу посмотреть координаты каждого соединения, а не поиграться с трехмерной картинкой.
Вот и хочется найти подобную БД, только полную (в этой простого этанола нет, например). И чтобы было описано, в каком формате эти координаты описаны - я вижу, что они есть, но что это именно, это уже мне не под силу понять.

Я думал, вы ищете только неорганические кристаллы. Думаю, вам поможет эта ссылка. Описание формата прилагается к базе. Кристаллические структуры доступны бесплатно только для белков.

[amge]

В этой базе ценно то, что я могу посмотреть координаты каждого соединения, а не поиграться с трехмерной картинкой.

Не совсем корректно противопоставлять эти действия. Имея координаты, всегда можно поиграться с трехмерной картинкой.

Вот и хочется найти подобную БД, только полную (в этой простого этанола нет, например).

Полной базы не может существовать в принципе, хотя бы потому, что каждый день появляются десятки если не сотни новых химических соединений. А уже известных -- миллионы. И лишь для небольшой части их есть экспериментально полученные координаты атомов. И скорее всего, все существенно более полные базы коммерческие.

И чтобы было описано, в каком формате эти координаты описаны - я вижу, что они есть, но что это именно, это уже мне не под силу понять.

Что касается формата mol, то ссылку на его описание см. выше.

Boyka, если не трудно и не секрет, расскажите по-подробнее, зачем Вам такая база нужна? (Ваша фраза "Но нужна она для того, чтобы, выбрав определенные элементы, автоматически получить соединение." мне не вполне понятна). И существенно ли, чтобы эта база содержала именно экспериментально полученные координаты?

[Boyka]

В этой базе ценно то, что я могу посмотреть координаты каждого соединения, а не поиграться с трехмерной картинкой.

Не совсем корректно противопоставлять эти действия. Имея координаты, всегда можно поиграться с трехмерной картинкой.

Да, но не всегда возможность поиграться с трехмерной структурной схемой предполагает, что есть возможность увидеть координаты. По крайней мере, в других базах такая возможность зарыта глубже

Boyka, если не трудно и не секрет, расскажите по-подробнее, зачем Вам такая база нужна? (Ваша фраза "Но нужна она для того, чтобы, выбрав определенные элементы, автоматически получить соединение." мне не вполне понятна). И существенно ли, чтобы эта база содержала именно экспериментально полученные координаты?[/quote]

Мне нужна база координат, на основе которой, собственно, и будет строиться программа отрисовки 3D-соединений.

[Marxist]

Мне нужна база координат, на основе которой, собственно, и будет строиться программа отрисовки 3D-соединений.

Ссылки вам дали. Покупайте базы и будет вам щастье. Кстати, если вам нужны структуры индивидуальных молекул (не кристаллические, а именно отдельных молекул), поройтесь в цинке, там вроде бы любые сабсеты можно сгружать.

[amge]

насколько я понимаю, есть множество программ, которые могут строить 3D-модели соединений. Так вот нужна та база, на основе которой работает подобная программа.

Мне нужна база координат, на основе которой, собственно, и будет строиться программа отрисовки 3D-соединений.

Если Вы под множеством программ имеете в виду химические рисовальные/расчетные программы, коих действительно множество, то они не содержат в себе никаких обширных баз координат. В лучшем случае -- небольшой набор наиболее часто встречающихся фрагментов/молекул.

По-прежнему не понимаю Вашей цели