InChI с чем его едят?! И кто знает о нём всё...

[adgaj]

Как они шифруются, создатели-то!

Разговоры их хороши, но как спрашивают их о том, как они это делают, так сразу: "Это не химия, это математика. Не химия! Не химия! Следующий вопрос...". При этом они минут пять назад вещали о том, что жаждют нести ентот Инчь в массы. Как же, жаждют

Поэтому мне нужон русский человек более-менее, худо-бедно понимающий как этот Инчь строится. Может ИСН?..

[ИСН]

Впервые слышу. О чём речь?

[amik]

The IUPAC International Chemical Identifier

[adgaj]

Угука, самое оно. Может ты, амик, что-нить в нем понимаешь?

ИСН. Ну ничего, я уже почти привык что про него слышали некоторые, а никто не знает.
А то что Вы (или Ты?) оказался не в некоторых - бывает, всё бывает, всего много в жизни, ничего и не узнаешь.

Для интересующихся - этот Инчь это лейбла для любого соединения, сколько бы в нём не содержалось атомов, причем для каждого соединения уникальна. И как ты не рисуй соединение, Инчь будет именно тот. Т. е. тот же самый, что и в другом рисунке (ну... если вы поперекидовали водороды в аминокислоте с карбонильной группы на азот, то Инчь этой аминокислоте не изменится. И другие случаи таутомерии учтены).

Ещё что можно сказать... Действо выписывания Инча называется ученым словом "канонизация". У нас, в России, даже в Нске разрабатывались нек. такие действа, они даже вполне написаны и вполне работоспособны. И я даже их понимаю! Но вот они не учитывают, например, цис-транс. Если оптику относительно просто к ним прикрутить (по большей части это свойство атома, а свойство атома и пользуется в русских алгоритмах), то перед цисом и трансом я пасую в плане прикрутки. Оссобено перед цисом в циклах.

Вот так то.

[Marxist]

Так что надо-то? и чем плохи Isomeric SMILES? и чем плохи SMARTS?

[adgaj]

Они плохи так же, как и Инчъ - я не знаю их алгоритмов.

Если бы кто-нить как-нить помог на них что-нить нарыть (типо мануала с офиц. сайта) я был бы весьма благодарен. Сохранилась бы репа - нафлудил бы в репу. (А уж совсем несбыточная мечта - четко разрисованная последовательность действий этих канонизаторов на русском)

[Marxist]

Браток, тебе дали ссылку на английскую википедию. Там внизу есть раздел со ссылками, откуда в два клика можно найти все правила канонизации и скачать софт. Это открытый стандарт.

[Cezar]

Так что надо-то? и чем плохи Isomeric SMILES? и чем плохи SMARTS?

Ничем - просто все это нахрен никому не надо.

[Marxist]

Так что надо-то? и чем плохи Isomeric SMILES? и чем плохи SMARTS?

Ничем - просто все это нахрен никому не надо.

Зря ты так думаешь.

[Cezar]

Зря ты так думаешь.

Ну, если не считать освоение бабла бюрократами из ИЮПАКа за полезное дело, то не нужно.

[Marxist]

Зря ты так думаешь.

Ну, если не считать освоение бабла бюрократами из ИЮПАКа за полезное дело, то не нужно.

Не понял. Ты отрицаешь нужность линейных нотаций? или что?

[Cezar]

да ничо, я так, погулять вышел

[adgaj]

Те ссылки, которые указывались на статье в Википедии я уже видел. Причем я сохранял те страницы до того, как начал эту тему.

Касательно того описания алгоритма канонизации. Этот алгоритм я уже знаю из других источников, в частности в конце 80-ых годов такие алгоритмы прорабатывались в Нске в Институте Математики, у мну их даже годовой отчет по этому делу на полке лежит.
Там рассуждалось про цис-транс, как раз то, что меня оссобено интерисует. Их рассуждения я знаю уже недели две, т. е. дошел до них и без этих статей. Правда осталось небольшое белое пятно - я ещё не доконца себе представляю как цикл сжимают до двойной связи (они это делают, но как?).

А ещё эти тексты подкинули идейку - есть изомеризация или таутомерия. Неплохо было бы вычленить критерии, указующие на подвижный/неподвижный водород. А то у меня в голове разброд по этому поводу, и ваще уже охота не только водород так двигать ))))
(ЗЫ поиграть с электроотрицательностью, она должна многое сказать. Хотя в Инче вроде я этого пока не приметил, она у них упоминалась только пока в справочных таблицах, либо я ещё не нарыл).

Marxist, нужен твой указующий перст.
amik, нужен твой ссылкогенератор.

[Marxist]

Marxist, нужен твой указующий перст.

Вот наговорил много, а ничего не понятно. Задача у тебя какая?
Всё зависит от того, что ты хочешь сделать. Подвижность водорода можно задавать флагом. А можно определять её программно.

[adgaj]

Задача? Переписать одну тестовую програмку, где студент рисует структуры, отвечая на вопросы.

Что же до водородов... Нуно чтоб задавались программно

[PAY]

Задача? Переписать одну тестовую програмку, где студент рисует структуры, отвечая на вопросы.

Что же до водородов... Нуно чтоб задавались программно

DISFOR?
Если ты про него, это безнадежно. Проще новую писать под винду с нормальными реакциями и современными реагентами

[adgaj]

Именно про него.
А кто тебе сказал, что я не пишу новое и под винду? Или ты думаешь, что я смог откапать Мануйлова, Жижина и Родионова и стрясти с них исходники на Паскале? Да нет, мне это не удалось - у них их уже нет. Как-никак почти второй десяток.

А что ты подразумеваешь под нормальными реакциями и нормальными реагентами? И ввапще, каковы твои пожелания и т. д. касательно него?

[PAY]

Именно про него.
А кто тебе сказал, что я не пишу новое и под винду? Или ты думаешь, что я смог откапать Мануйлова, Жижина и Родионова и стрясти с них исходники на Паскале? Да нет, мне это не удалось - у них их уже нет. Как-никак почти второй десяток.

А что ты подразумеваешь под нормальными реакциями и нормальными реагентами? И ввапще, каковы твои пожелания и т. д. касательно него?

Круто! Очень хорошая идея!
Ну, что подразумеваешь... Ты же видел какие там задачи, какие еще у тебя вопросы? имхо задачи не имеют ничего общего с современной органической химией.
На чем кодишь, если не секрет?

[adgaj]

Круто! Очень хорошая идея!

Ты уже не первый, кто мне это говорит. Но меня больше всего огорчает в такое говорящих людях, что дальше этого ничего не идет.

Ну, что подразумеваешь... Ты же видел какие там задачи, какие еще у тебя вопросы?

Вопросы? Ба-альшие, начиная с того, кто будет задачи с "современной" химией туда писать. Я и старые откопал только в бумажном варианте, задачи старого мне ещё не понятны (т.е. их кодировки. Придеться кому-то их перекатывать с бумаги в комп )...

имхо задачи не имеют ничего общего с современной органической химией.

Тебе видней, видимо ты их прорешал гораздо больше, чем я. Что и есть правда.

На чем кодишь, если не секрет?

Билдер шестой. Сиплюсы. Да и ваще, кодю не я, а один физфаковец - я больше по алгоритмам прикалываюсь.

Поэтому мне нужон русский человек более-менее, худо-бедно понимающий как этот Инчь строится.

Тема ещё не отпала! Народ думаем!

[Marxist]

Поэтому мне нужон русский человек более-менее, худо-бедно понимающий как этот Инчь строится.

Тема ещё не отпала! Народ думаем!

Use SMILES, Luc! ИнЧи слишком неочевидный и непонятный формат. В принципе код парсера можно взять в бабеле (google OpenBabel). По поводу канонизации могу выложить книжку Гастайгера по хемоинформатике, она, правда, больше каноническим смайлс посвящена.