Отщепление со смолы Меррифилда без исп. HF

[horks]

Есть ли надежный способ снятия пептида со смолы Меррифилда без использования фтороводорода или его комплексов?

[horks]

Вроде можно трифторметансульфокислотой. Кто-нибудь делал? Как отнесется к TfOH триптофан?

[Cherep]

Как отнесется к TfOH триптофан?

Думаю, попробовать проще, но поскольку индолы очень ацидофобны, боюсь, может олигомеризоваться. К тому же HF и TfOH по силе (кислотности) очень разные. Странно, что её используют. Кроме того, она же нелетуча в отличие от HF.

[Schlenk]

TFMSA для меррифилдовской смолы работает. методики в каталоге Novabiochem. сам не делал. думаю, с триптофаном все будет нормально: для этого scavengers (крезол, ДМС) и придуманы

[Cherep]

Заметь, я предложил потренироваться "на кошках", то есть на самом триптофане

для этого scavengers (крезол, ДМС) и придуманы

Так они вроде для того, чтобы бензгидрильные катионы "хватать"?

[horks]

На ск. я знаю, тиоанизол исп. как скэвенджер трет-бутил катиона при дебокировании (как раз чтобы сберечь триптофан).
С трифликом, конечно попробуем, когда придут реактивы.

[horks]

Заметь, я предложил потренироваться "на кошках", то есть на самом триптофане

для этого scavengers (крезол, ДМС) и придуманы

Так они вроде для того, чтобы бензгидрильные катионы "хватать"?

а откуда там бензгидрильные катионы? Мы pMBHA смолой не пользуемся

[Cherep]

Ну из общих соображений, что там чтото типа смолы Ринка.
Я ж не знаю, чего у вас там за смола.

Upd: Млин, в заголовке темы смола Мерифильда

[Upstream]

На случай если вопрос всё ещё актуален, поделюсь личным опытом.

1. Если есть HF и девайс для работы с ним, то это самое лучшее средство для отщепления со смолы!
2. Если его нет, или заклинило вентиль на баллоне (увы - не редкость) можно вывернуться такими способами:
а) Если в пептиде отсутствуют Cys и Met, можно прорваться с помощью каталитического переносного гидрирования. Для этого нужен ацетат палладия, растворимый в ДМФ; в качестве донора используют формиат аммония и/или муравьинку (простые бензиловые эфиры отлетают только в кислой среде!).
Проблемы: Trp (частичное восстановление до индолина), Arg(Tos) - стабилен; иногда Pd даёт устоичивый комплекс с пептидом и хрен его оттуда вышибешь.
б) Более продвинутым способом является использование TflOSiMe3, а не самой кислоты. Получается он элементарно: капаешь тетраметил силан в живую кислоту прямо в перегонной колбе, когда метан перестанет выделяться, перегонешь на водоструе. Лучше распаять по ампулам для пущей сохранности. Основная проблема - защитные группы в боковой цепи аргинина, даже мезитиленсульфонильная удаляется не полностью, Tos - процентов на 90, нитрогруппа устойчива. Если аргинина нет - уже лучше, хотя циклогексиловые эфиры тоже сидят крепко. Было показано, что с самой трифторметансульфокислотой эффективность деблокирования ещё ниже. Далее, очень серёзные проблемы с необратимой модификацией триптофана (без формильной защиты лучше не работать) и даже тирозина арилсульфонильной группой. Хороших скавенджеров пока не найдено. Наконец, высаженный эфиром пептид японцы предлагают "обрабатывать" щелочным раствором фторида аммония для тотального десилилирования, а в этих условиях удаётся перевести в раствор далеко не всякий пептид.
в) есть ещё варианты, в зависимости от последовательности и допустимых модификаций С-концевого карбоксила (аммонолиз, боргидрид лития, алкоголиз/гидролиз и др.).

За сим откланиваюсь. Но могу продолжить.

PS Это мой первый пост, из которого очевидно, чем я последние 20 лет занимаюсь. Ну что - берёте к себе в компанию "ветерана броуновского движения"?

[horks]

Спасибо за интересные советы по поводу отщепления. HF не для наших условий - нужно спец оборудование. Триптофан защищен - For, гистидин - Bom, аргинин - Mts, метионина и цистеина нет.
По поводу работы - дык ведь нет пока местов

[Upstream]

По поводу работы - дык ведь нет пока местов

Дык я напрашивался в здешнюю органическую форумную компанию С рабочим местом у меня всё в порядке.

Триптофан защищен - For, гистидин - Bom, аргинин - Mts

Отличный набор, неплохо вы там (теряюсь в догадках, где это может быть...) экипировались !
При таком раскладе с палладием связываться не стоит. Спрогнозировать процент порчи триптофана невозможно, причём формилирование от восстановления не защищает. Можно попробовать HBr в трифторуксусной, но за полноту удаления Mts я бы ручаться не стал. HBr лучше получать из PBr3 и воды при хорошем перемешивании, хотя это и варварство по отношению к PBr3 (у нас он просто обречён на прозябание). Когда имеешь дело с Bom, всегда помни об эквиваленте формальдегида, который обязательно нужно вырубить 2-3 мя эквивалентами именно цистеина как скавенджера. Он гидроксиметилирует всё, что шевелиться - даже амидный азот, а уж N-концевой цистеин и незащищённый триптофан - модифицирует почти количественно в соответствующие 5/6 членные циклы. Формил я бы удалял последним, после обработки HBr или ТМС-трифлатом, хотя это и связано с риском частичного формилирования аминогрупп. Аргинин, в принципе, можно в боковой цепи не защищать - вечнопротонированный гуанидин в присутствие HOBt никуда не лезет, но постоянное присутствие катиона приводит к серьёзному ужудшению набухаемости пептидилполимера, что может вылиться в большие проблемы. Так что выбирай, но осторожно © Иногда бывают уникальные ситуации: если тебе сгодится С-концевой амид, то аргинин не защищаешь + His(Tos), который вместе с формилом отваливается при аммонолизе. И никакой кислоты.
Успехов! (надеюсь, пептидный Губен-Вейль в djvu у тебя есть?)

[Cherep]

Я ж говорил, хана индолу.

[Upstream]

Я ж говорил, хана индолу.

Ты не поверишь, но ему (Trp) вполне уютно в жидком HF, даже в незащищённом виде. Чего нельзя сказать о трифторуксусной, и тем более с добавками ТФМСК и ТМС трифлата. В HF модификации триптиофана минимальны, хотя тиольные и сульфидные скавенджеры добавляют во всех случаях. Никто специально этот вопрос не изучал, но я с годами укрепляюсь в убеждении, что лучшая ловушка для наиболее опасных карбкатионов и катионоидных частиц - это ... фторид ион. Его как раз и 6-валентная сера очень любит, а тозилфторид и бензилфториды в кислой среде безвредны. А вот трифторацетат ион и как ловушка плох, а если кого и поймает, то обратимо. А тозил и с тиолами/сульфидами ничего безвредного дать не может.
Такие дела.

[Cherep]

И я про тоже. Не про HF, а про CF₃SO₃H http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic ... 86#p164986

[i_van_69]

Upstream если есть ссылка киньте пожалуйста. Если не трудно.

[Upstream]

Все эти методики приведены в Е22а:

Том Е22a-d (2001-2002) Синтез пептидов и пептидомиметиков
Том 15/1,2 (1974) Синтез пептидов (на немецком языке)
Ссылки найдёте здесь:
download/file.php?id=2161
Ловите момент, пока эту электронную лавочку не прикрыли (каждый из томов Е22а-д стоит 1700 уёв!)

А вообще есть ещё бесплатный вариант: закажите (обычно лежит на Химмеде) каталог NovaBiochem/Merck. Там последняя треть - отличное собрание работающих методик.
Успехов!
(Исчезаю на несколько дней)

[i_van_69]

Огромное спасибо.