Заместители в бензольном кольце с точки зрения медхимии

[Сержл]

О том что делать, когда есть некое активное вещество, но неизвестна мишень и как её найти.

Было бы интересно, а то с мишенями проблемы.

[Marxist]

О том что делать, когда есть некое активное вещество, но неизвестна мишень и как её найти.

Было бы интересно, а то с мишенями проблемы.

У Вас есть вещество?

[Сержл]

О том что делать, когда есть некое активное вещество, но неизвестна мишень и как её найти.

Было бы интересно, а то с мишенями проблемы.

У Вас есть вещество?

Даже вещества . СидЮ сейчас с библиотекой своих мерзавчиков, смотрю, изменения дальше от реакционного центра, чем за 2 атома не влияют. Правда у меня катализ, кое-чего даже относительно полезное из продуктов есть.

[VTur]

Иногда можно. Нужно оценить (хотя бы нарисовать) форму электронной плотности и рассчитать её подвижность.

И что это даст в общем случае?

Если нет возможности посчитать, то просто прикинуть заряды ()распределение) этих областей (их знаки).
Так же визуально оцениваются стерические затруднения. Как-то просто линейкой по экрану монитора мерял.
Если есть возможность посчитать. Найти лапласианы и их карты (области сгущения заряда, области истощения заряда). При реакциях эти области должны быть комплиментарны.
Сейчас ничего под рукой нет, но посмотрите
Бейдер. Атомы в молекулах. (глава 7).

[VTur]

СидЮ сейчас с библиотекой своих мерзавчиков, смотрю, изменения дальше от реакционного центра, чем за 2 атома не влияют. Правда у меня катализ, кое-чего даже относительно полезное из продуктов есть.

СН3 группа влияет только на один ближайший валентный атом, поэтому и используется как защита. Конформация молекулы через одну связь при замене водорода метилом сохраняется.

[Сержл]

СидЮ сейчас с библиотекой своих мерзавчиков, смотрю, изменения дальше от реакционного центра, чем за 2 атома не влияют. Правда у меня катализ, кое-чего даже относительно полезное из продуктов есть.

СН3 группа влияет только на один ближайший валентный атом, поэтому и используется как защита. Конформация молекулы через одну связь при замене водорода метилом сохраняется.

Про защиту- это только про O-Me и N-Me (в большей части случаев), а тут ароматика.

[VTur]

СидЮ сейчас с библиотекой своих мерзавчиков, смотрю, изменения дальше от реакционного центра, чем за 2 атома не влияют. Правда у меня катализ, кое-чего даже относительно полезное из продуктов есть.

СН3 группа влияет только на один ближайший валентный атом, поэтому и используется как защита. Конформация молекулы через одну связь при замене водорода метилом сохраняется.

Про защиту- это только про O-Me и N-Me (в большей части случаев), а тут ароматика.

Я читал в "В мире науки", что природа выключает гены метилированием.

[amik]

Коллеги, извините, что вмешиваюсь в дискуссию
Не цитируйте друг друга в смежных постах Не в первый раз уже говорится
Еще лучше, если сами отредактируете собственные посты (никуда они уже не денутся) читать же невозможно

[Marxist]

Иногда можно. Нужно оценить (хотя бы нарисовать) форму электронной плотности и рассчитать её подвижность.

И что это даст в общем случае?

Если нет возможности посчитать, то просто прикинуть заряды ()распределение) этих областей (их знаки).
Так же визуально оцениваются стерические затруднения. Как-то просто линейкой по экрану монитора мерял.
Если есть возможность посчитать. Найти лапласианы и их карты (области сгущения заряда, области истощения заряда). При реакциях эти области должны быть комплиментарны.

Так Вы не ответили на мой вопрос -- зачем считать все эти радости? что они нам дадут в общем случае? Эти расчёты имеют смысл только для близкородственных систем.

[Сержл]

Я читал в "В мире науки", что природа выключает гены метилированием.

Не сразу гены, сразу кэпирование, можно так накэпировать до рака, просто алкилирующие агенты сильно создают предпосылки для онкологии.

[абр]

А вот у нас м-I лучше, чем о- или п-, поскольку разваливается медленнее. Так что заранее не скажешь, что лучше (о чем и говорили предыдущие ораторы )

[pH<7]

Заместители могут влиять на растворимость, рекомендуют о-метил иметь под рукой, если амид совсем дубовый:

http://orgprepdaily.wordpress.com/2007/ ... he-bricks/

[Сержл]

Заместители могут влиять на растворимость, рекомендуют о-метил иметь под рукой, если амид совсем дубовый:

http://orgprepdaily.wordpress.com/2007/ ... he-bricks/

Да, у Мну тоже так. Один дубовый, просто фенил, 50 мг в 5 мл метанола не загонишь, о-Ме аналог 5 г в 5 мл.

[абр]

Да, у Мну тоже так. Один дубовый, просто фенил, 50 мг в 5 мл метанола не загонишь, о-Ме аналог 5 г в 5 мл.

Это только для удобства химика важно. Для применения все равно важна растворимость в воде, а для высокоактивных в-в и 10 мкг/70 кг более чем достаточно.

[Cherep]

Пока всё что нашёл.
Stockwell, B. R. Nat. Rev. Genet. 2000, 1, 116–125.
Этот обзор я когдато читал (5 лет назад!) и вроде в нём чтото (не много, но) было об определении мишени. Саму статью, я видимо, посеял.

[Cherep]

Продолжаю.
R Flaumenhaft Chemical Biology в
Comprehensive Medicinal Chemistry II, Volume 3 : Drug Discovery Technologies Editors-in-Chief: John B. Taylor and David J. Triggle Elsevier, 2006 рр 129-149. Конкретнее по методам нахождеия макромолекулы-мишени страницы 138-140
ссылка на книгу (все тома) в соответсвующем подфоруме. Можно в гигапедии посмотреть, там вроде есть ссылки на каждый том по отдельности...

[VTur]

Иногда можно. Нужно оценить (хотя бы нарисовать) форму электронной плотности и рассчитать её подвижность.

И что это даст в общем случае?

Если нет возможности посчитать, то просто прикинуть заряды ()распределение) этих областей (их знаки).
Так же визуально оцениваются стерические затруднения. Как-то просто линейкой по экрану монитора мерял.
Если есть возможность посчитать. Найти лапласианы и их карты (области сгущения заряда, области истощения заряда). При реакциях эти области должны быть комплиментарны.

Так Вы не ответили на мой вопрос -- зачем считать все эти радости? что они нам дадут в общем случае? Эти расчёты имеют смысл только для близкородственных систем.

Образование химической связи идет там, куда электронной плотности легче смещаться. Лапласиан даст Вам нуклеофильные и электрофильные области молекул. Исходя из распределения заряда, можно прикинуть какие силы будут действовать между выбранными областями сближающихся молекул. Ну, а карта эл. плотности подскажет, есть ли стерические затруднения. Из-за индуктивных эффектов размер атомов в молекулах непостоянен.

[Marxist]

Образование химической связи идет там, куда электронной плотности легче смещаться. Лапласиан даст Вам нуклеофильные и электрофильные области молекул. Исходя из распределения заряда, можно прикинуть какие силы будут действовать между выбранными областями сближающихся молекул. Ну, а карта эл. плотности подскажет, есть ли стерические затруднения. Из-за индуктивных эффектов размер атомов в молекулах непостоянен.

Ой-вэй. Я Вам про Фому, вы мне про Ерёму. Нам же известна только одна молекула -- наш лиганд. Структура рецептора в общем случае неизвестна. Для распределения заряда по поверхности совершенно не обязательно считать лапласиан, оно прикидывается за доли секунды. Наличие или отсутствие стерических затруднений определяется оптимальностью конформации молекулы. Можно много чего сделать, но можно делать гораздо меньше, если количество информации не меняется.

[VTur]

Возможно, так. Если знаем активный центр исходной молекулы, на котором пойдет реакция, можно прикинуть области распределения заряда на гипотетическом реагенте в месте реакции.
На счет стерических затруднений. Из В.д.В. радиусов для радикалов часто следует обратное.
А как Вы быстро оцениваете области распределения заряда?

[Ahha]

Коллеги, я правильно понял, что вы предполагаете, что между лигандом и рецептором обязательно должна произойти какая-то реакция? По крайней мере, так можно понять по вашим постам. Просто на всякий случай, это не всегда так, иногда достаточно нековалентного связывания, при котором, кроме распределения заряда, например, еще играют роль пресловутые гидрофобные взаимодействия. В общем, играют все три фактора:

а) конформация

б) "распределение заряда"

в) "распределение гидрофобных/гидрофильных зон"

Кроме того, еще много чего, но это уже сильно позднее, когда выясняется фармакокинетика.