Учет растворителя в гауссиане

[Зара]

surius, мне было бы очень интересно посмотреть ӕту подборку, спасибо, что откликнулись

[Darth Vasya]

Yurii, попробовал понять, что вы имели в виду донести своими статьями... эээ... а нельзя как-нибудь для дурачков покомпактнее объяснить?

Почему же не хочу? Просто я только начинаю заниматься расчетом с учетом растворителей и о преимуществе того или другого метода могу судить только из прочитанной литературы. Поӕтому я и хочу с вами посоветоваться. Darth Vasya, а чем вам кажется лучше взять растворитель в явном виде?

1) CPMD, CP2k + метадинамика (+ возможно, QM/MM); 2) какая-нибудь та же SIESTA (чтобы быстрее работало) + Blue Moon ансамбль/термодинамическое интегрирование; 3) у GROMACS есть интерфейсы к Гамессу и к Гауссиану (для QM/MM со всеми вытекающими) плюс куча всяких фич для эффективного исследования поверхностей свободной энергии.

Я к тому, что зацикливаться на Гауссиане и PCM не стоит, в мире есть ещё много прекрасного

[surius]

Заза, обещанная подборка в exchange: учет сольватации в КХ расчетах (для ЗАЗА)

[Yurii]

Yurii, попробовал понять, что вы имели в виду донести своими статьями... эээ... а нельзя как-нибудь для дурачков покомпактнее объяснить?

Не каждому пианисту бог даровал способность сочинять музыку. Но в этом нет ничего зазорного.

[buraten]

Скажите пожалуйста, как вычисляется энергия кавитации

[surius]

Yurii, будте так добры, не могли бы Вы научить меня вежливому отношению к людям, скромности и если останется время... квантовой химии

[helicase]

Скажите пожалуйста, как вычисляется энергия кавитации

Чаще всего - аналитически с использованием теории масштабной частицы. Скажем, по формуле Пьеротти, являющейся результатом "применения" статистической теории флюидов твердых сфер (scaled particle theory) к реальным жидкостям. Для это задают эффективные радиусы полости, растворителя, плотность жидкости, температуру, давление. Размер полости расчитывают исходя из vdW обьема молекулы либо ее поверхности. Другие способы расчета (не в рамках PCM) - методы мол. динамики и Монте-Карло, позволяющие расчитывать среди прочего т/д функции сольватации молекулярных полостей (гипотетических молекул "с отключенными взаимодействиями").

[Yurii]

Yurii, будте так добры, не могли бы Вы научить меня вежливому отношению к людям, скромности и если останется время... квантовой химии

Сначала Вам , химере , Darth Vasya end eukar необходимо усвоить азы элементарной логики. Как я должен был отвечать на издевательское "для дурачков"? Хотя, как я думаю, логика здесь НЕ ПРИ ЧЕМ. Вообщем мне более или менее все ясно. Существует такая сказка про Маугли, в которой симпатичнейшего тигра Ширхана окружают не менее симпатичнейшие зверющки. Только не совсем понял, кто играет роль Ширхана?

[surius]

Yurii, сила Ваших аналогий поражает! То что мы ( Вам , химере , Darth Vasya end eukar) все здесь шакалы это ясно, благо росли в одной стране и мультак про Маугли знаком. Роль Ширхана предлагаю отдать кому-нибудь из администрации... (и вам не жалко и им приятно, наверное?).
А вообще, хотя я и не люблю дипломатию, все же хочу предложить закончить эту перепалку, пока эта тема не переросла в "разборку" типа "GAMESS эффективность работы, тему не закрыли, а заза в итоге так и не получила ответов на интересующие ее вопросы

[Yurii]

Yurii, сила Ваших аналогий поражает! То что мы ( Вам , химере , Darth Vasya end eukar) все здесь шакалы это ясно, благо росли в одной стране и мультак про Маугли знаком. Роль Ширхана предлагаю отдать кому-нибудь из администрации... (и вам не жалко и им приятно, наверное?).
А вообще, хотя я и не люблю дипломатию, все же хочу предложить закончить эту перепалку, пока эта тема не переросла в "разборку" типа "GAMESS эффективность работы, тему не закрыли, а заза в итоге так и не получила ответов на интересующие ее вопросы

Я имел ввиду как словесную так и очковую (от -60 до -81) реакцию на мое довольно мягкое парирование беспардонного "для дурачков". По поводу Ващего замечания о перепалке: полностью согласен. Но не я заварил эту кашу, а расхлебывть в очередной раз приходится мне.

[eukar]

продолжаем уничтожать интересные темы...
И так будет до тех пор, пока у некоторых не кончится словесное недержание.

[eukar]

По просьбам пользователей открываю. Надеюсь, больше личных разборок не будет. Тем более что теперь они запрещены и в личке тоже.

[surius]

По просьбам пользователей открываю. Надеюсь, больше личных разборок не будет. Тем более что теперь они запрещены и в личке тоже.

Спасибо

[Зара]

По просьбам пользователей открываю. Надеюсь, больше личных разборок не будет. Тем более что теперь они запрещены и в личке тоже.

eukar, surius - спасибо!

[Lexx]

Up

В общем решил тоже позаниматься немного учетом влияния растворителя.
Собственно, никакой смысловой нагрузки на эти расчеты не возлагается. Просто в некоторой задаче, получил такой результат: аминоацильная группа (NHAc), находящаяся по соседству с катионным центром дестабилизирует систему, когда находится в сопряжении с этим центром. Это по расчетам. В то же время, эксперимент показывает, что система этой группой стабилизируется. Возникло подозренрие на растворитель.
Решил в расчетах попробовать учесть растворитель. Для начала выбрал PCM. Но вот беда: при оптимизации с учетом растворителя, градиенты уменьшаются, а энергия системы растет, либо вообще не меняется. Это баг GAMESS?

Да, расчеты проводились в GAMESS.

[Izberg]

Здравствуйте!

Про расчетах с использованием модели РСМ в G03 выдаются характеристики вида:

Код: Выделить всё

Variational PCM results
 =======================
 <psi(f)|   H    |psi(f)>                     (a.u.) =    -323.758958
 <psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)>                     (a.u.) =    -323.772860
 Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =    -323.760512
 --------------------------------------------------------------------
 (Polarized solute)-Solvent               (kcal/mol) =      -8.72
 --------------------------------------------------------------------
 Cavitation energy                        (kcal/mol) =      15.65
 Dispersion energy                        (kcal/mol) =      -8.48
 Repulsion energy                         (kcal/mol) =       0.57
 Total non electrostatic                  (kcal/mol) =       7.75

при переходе к G09 данная секция в выходном файле отсутвует.

Существует ли возможность ее вернуть или G09 не предусматривает вывод таких данных?

[helicase]

Используйте DoVacuum в описании модуля PCM. При этом первая итерация будет рассчитана для газовой фазы, а в конце расчета должна выводиться ΔG сольватации.
По умолчанию будет рассчитываться только электростатический вклад, так что если вы хотите включить в расчет остальные вклады, нужно использовать флаги Dis, Rep, Cav.

[Neitrino]

Опции директивы SCRF

SCRF - методы учета эффектов сольватации, использующие модель реактивного поля. В программе реализованы следующие методы:

Dipole - модель Онзагера
РСМ - модель поляризационного континуума Томаси
IPCM - модель поляризационного континуума, основанная на линиях изоплотности
SCIPCM - самосогласованная модель поляризационного континуума

К сожалению я не занимаюсь расчетами с учетом сольватации..., однако могу дать несколько работ и одну презентацию , где люди чего-то про приемущества того или иного метода говорят:!:
В общем если интересно скину в exchange

Это самый грамотный ответ, особенно предыдущий. Без всяких дополнительных вопросов умников и с конкретным примером. Сразу видно, что человек разбирается в программе Gaussian03.

[EvgeniX]

В общем если интересно скину в exchange

Очень интересно. Не могли бы повторно опубликовать файл?

[Neitrino]

Используйте DoVacuum в описании модуля PCM. При этом первая итерация будет рассчитана для газовой фазы, а в конце расчета должна выводиться ΔG сольватации.
По умолчанию будет рассчитываться только электростатический вклад, так что если вы хотите включить в расчет остальные вклады, нужно использовать флаги Dis, Rep, Cav.

В общем, я запарился. Кто-нибудь поможет мне разобраться. Не могу получить результаты, подобные в G03. Вот данные которые я использовал:

%nprocshared=2
%chk=C:\G09W\tests\test\methanol_p_dft_solv1.chk
# opt=calcall freq rb3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water,pcm)
geom=connectivity

thermochemistry and spectra

0 1
C 0.00000000 0.00000000 0.00000000
H 0.00000000 0.00000000 1.07000000
H 1.00880567 0.00000000 -0.35666667
H -0.50440284 0.87365134 -0.35666667
O -0.67410846 -1.16759011 -0.47666667
H -0.67410846 -1.16759011 -1.43666667

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5 6 1.0
6

NonEq=write Rep Cav Dis CavityFieldEffects DoVacuum