Error termination in NtrErr (in MP2)

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11972
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Гесс » Пт июн 19, 2020 11:44 am

А шо ж вы на нее 32-битный гауссиан поставили?
У вас в аутпуте написано: Gaussian 09: IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009
Это ну очень похоже на https://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=3291843
буква W соответствует винде, а цифра 32 разрядности.
64-битный гауссиан не должен этим страдать.
The 64-bit version of G09W is not limited in the number of processors (or cores) that can be accessed for shared memory parallel calculations. It does not have the 32-bit addressing limitations that the 32-bit G09W version has, so for all practical purposes, the 64-bit version of G09W can access an unlimited amount of memory and disk space.
Я не знаю есть ли пиратские версии 64битного гауссиана под винду (под линукс есть точно), но я в любом случае не рекомендую это делать, вы поптом просто можете поиметь проблемы с публикацией результатов. Есть свободные альтернативы начиная с орки.
Если же у вас реально легальный 32битный гауссиан на винду и нет возможности переходить на 64-бит, то тут только удешевлять задачу.
Я не знаю чем мотивирован выбор MP2, и не имею желания вникать в причины этого выбора или убеждать его менять. Так как оптимизация закончена то конечную геометрию (благо теперь она C2-симметрична) можно засунуть в расчет частот с меньшим базисом (формально идея не очень чистая, но это активно применялось), скажем спуститься с 6-311g** до 6-311g* или даже до 6-31g*.
Ну есть еще один сомнительный вариант, делать частоты численно, но это очень долго и я не дам зуб что в конце не вылезет та же самая бяка.

Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Пт июн 19, 2020 11:54 am

Понял. Спасибо большое за советы.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11972
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Гесс » Пт июн 19, 2020 3:42 pm

Aqurr писал(а):
Пт июн 19, 2020 11:14 am
Указал 16GB (%mem=16GB), неужели это мало?
Для DFT-расчетов этого бы хватило. Но у вас не настолько малая система, большой базис и что самое ужасное - MP2 - который ОЧЕНЬ прожорлив к памяти. Расчетные ноды на современных кластерах - 64Гб оперативы, иногда больше для еще более прожорливых задач.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1807
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение amge » Пн июн 22, 2020 11:52 am

Занудства ради: ошибка, видимо, связана с дисковой, а не оперативной памятью. "Gaussian is limited to 16 GB of scratch space on the 32-bit nodes." Но от этого не легче, к диску MP2 тоже очень прожорлив.

Если уж уперлось в МР2 (кстати, чем DFT не устраивает?), можно пробовать другие программы, где есть ri-MP2. Точно есть в Природе. Вроде бы, в Орке. С ri ресурсов нужно меньше. В орке есть DLPNO-MP2. Подозреваю, что тоже легче.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 809
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение madschumacher » Пн июн 22, 2020 2:54 pm

amge писал(а):
Пн июн 22, 2020 11:52 am
Вроде бы, в Орке.
Есть, много сортов и расцветок.
amge писал(а):
Пн июн 22, 2020 11:52 am
В орке есть DLPNO-MP2. Подозреваю, что тоже легче.
Для него есть только аналитические градиенты, частоты надо будет считать численно со всеми вытекающими.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 0 гостей