Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
А что это за утилитка? Может мне её тоже внедрить?
Навскидку не вижу прямого решения, как выделить именно по номерам.
Навскидку не вижу прямого решения, как выделить именно по номерам.
Не бойтесь будущего, оно не настоящее.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Оу, окей.
Утилитка - самописная кривая хрень для поиска недо- или перекоординированных атомов.
Кемкрафту что-то похожее может быть полезно (если я ничего не пропустил в менюшках), например, в качестве structure checker'a. Реализуется, наверное, несложно, но надо как-то по-человечски показывать, где у юзера косяк.
Make quantum chemistry, not war
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Не очень понял. Может вы имете в виду атомы, расстояние между которыми меньше 0.5A?Утилитка - самописная кривая хрень для поиска недо- или перекоординированных атомов.
Не бойтесь будущего, оно не настоящее.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Нет. Допустим, углерод может образовать четыре связи. Если какой-то из углеродов связан только с тремя атомами(или пятью), и все связи (исходя, скажем, из ковалентных радиусов) одинарные, то либо пользователь хотел радикал, либо это ошибка. У меня таких атомов полтыщи и глазами тяжело углядеть, есть ли где дефекты. Но моя задачка довольно специфическая =)
Последний раз редактировалось Shorku Чт май 11, 2017 11:56 pm, всего редактировалось 2 раза.
Make quantum chemistry, not war
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Господа приветствую! Скажите пожалуйста, почему в последних (506 например)версиях не работает кнопка Show bond properties. Во всяком случае для Firefly. В более ранних версиях (445)- никаких проблем
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Виноват, видно допустил баг. Пришлите мне пример выходного файла на email, указанный на сайте программы.
Не бойтесь будущего, оно не настоящее.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Спасибо, отправил
Последний раз редактировалось alexp51 Сб май 13, 2017 10:58 pm, всего редактировалось 3 раза.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Вам не кажется что некрасиво светить email в открытом доступе? Просьба удалить сообщение.
Не бойтесь будущего, оно не настоящее.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Прошу прощения, вероятно не часто вступаю в контакт на форумах, потому не в курсе таких тонкостей. Еще раз прощу прощения....
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Коллеги спешу сообщить, что вопрос по кнопке Show bond properties снимается!
Он решается путем захода в Tools/Preferences/Gamess
Всем спасибо за внимание!
Он решается путем захода в Tools/Preferences/Gamess
Всем спасибо за внимание!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
У меня вопрос к тем, кто пользуется режимом 2d style. Я насоздавал 7 разных схем (вариантов этого стиля) для различных применений; может быть, любой химик найдёт среди них тот, который подходит ему, или сгенерирует собственный стиль. Но если эта система недостаточно гибкая и кому-то при генерации картинок приходится вручную добавлять/убирать атомы, я могу добавить кнопки + (expand) и – (collapse). Т.е. например если метильная группа в текущем стиле показывается как один атом с надписью CH3, можно будет кликнуть на этом атоме, нажать + и тогда покажутся три связанных водорода. Либо наоборот: если текущий стиль показывает группу OH как два атома (кислорода и водорода), можно будет кликнуть на кислороде, нажать – и останется только кислород с надписью OH. Стоит ли делать такую фичу?
Не бойтесь будущего, оно не настоящее.
-
- Сообщения: 23
- Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Добрый день! К сожалению, с ходу не нашел в help-e Chemrafta, есть ли возможность для нарисованной молекулы автоматически получить энантиомер с помощью какой-нибудь операции типа mirror plane?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Edit/Translate atomic coordinates/Custom coordinates transformation/Invert coordinates.Reginmaister писал(а): ↑Вт июн 20, 2017 5:10 pmДобрый день! К сожалению, с ходу не нашел в help-e Chemrafta, есть ли возможность для нарисованной молекулы автоматически получить энантиомер с помощью какой-нибудь операции типа mirror plane?
Не бойтесь будущего, оно не настоящее.
-
- Сообщения: 23
- Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Спасибо за молниеносный ответ! Все сработало
-
- Сообщения: 23
- Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Добрый день! Еще один небольшой вопрос возник: есть ли в Chemcraft возможность полуавтоматической перенумерации? Т.е., я хочу переставить местами много строчек, но лень делать это руками, а хочется написать что-то типа 1-17, 2-25, ..., чтобы программа сделала это автоматически.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Расставьте нужные номера на атомах в виде надписей, дважды кликая на каждом атоме, после чего выберите Edit/Update atomic sequence by...Reginmaister писал(а): ↑Пт июн 23, 2017 5:31 pmДобрый день! Еще один небольшой вопрос возник: есть ли в Chemcraft возможность полуавтоматической перенумерации? Т.е., я хочу переставить местами много строчек, но лень делать это руками, а хочется написать что-то типа 1-17, 2-25, ..., чтобы программа сделала это автоматически.
Не бойтесь будущего, оно не настоящее.
-
- Сообщения: 23
- Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Спасибо, понял!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Vit Nhoc, не могли бы вы посмотреть файлик. Там С960 икосаэдр. Однако попытки найти данную группу симметрии с помощью Chemcraft
не привели к желаемому. Если запустить поиск среди всех возможных групп (авто), то максимально что он находит это подгруппу I вместо Ih. В тоже самое время GaussView находит Ih без проблем, с разными границами точности
C960
не привели к желаемому. Если запустить поиск среди всех возможных групп (авто), то максимально что он находит это подгруппу I вместо Ih. В тоже самое время GaussView находит Ih без проблем, с разными границами точности
C960
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
sirius,
Если выбрать Edit/Set point group/Ih, то программа найдёт группу правильно. Если же выбрать Edit/Set point group/Auto, действительно будет найдена только группа I.
Можно решить эту проблему так: указать Edit/Set point group/Group identification algorithm/Random rotations mode. Тогда программа сможет и на Авто найти группу Ih, хотя бы со второй-третьей попытки.
Если такие замечания будут ещё, может быть я сделаю режим Random rotations mode режимом по умолчанию.
И ещё вопрос: что, в GaussView уже есть симметризатор не хуже чем в моей программе?
Если выбрать Edit/Set point group/Ih, то программа найдёт группу правильно. Если же выбрать Edit/Set point group/Auto, действительно будет найдена только группа I.
Можно решить эту проблему так: указать Edit/Set point group/Group identification algorithm/Random rotations mode. Тогда программа сможет и на Авто найти группу Ih, хотя бы со второй-третьей попытки.
Если такие замечания будут ещё, может быть я сделаю режим Random rotations mode режимом по умолчанию.
И ещё вопрос: что, в GaussView уже есть симметризатор не хуже чем в моей программе?
Не бойтесь будущего, оно не настоящее.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Да, опознание точечных групп в гаусвью ОЧЕНЬ быстрое. Молеклула siriusa у меня обрабатывалась в кемкрафте со скоростью 0.1% в несколько секунд (дожидаться конца не стал) в то время как гаусвью опознал симметрию за несколько секунд. Откровенной лажи за гаусвью пока не наблюдалось (я исключительно о симметрии).
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 16 гостей