Обрыв расчета в Gaussian

[Mugen37]

Здравствуйте! Столкнулся со следующей проблемой. Делаю геометрическую оптимизацию молекулы (точнее 3 молекул - тримера). Через несколько часов расчет останавливается, появляется сообщение об ошибке 2070. Пробую открыть из GaussView log-файл, программа перед открытием молекулы выдает следующее сообщение:

CConnectionGLOG::Parse_GLOG()

Last line read=3567

Когда оптимизировал близкую молекулу, но с меньшим числом атомов (264), то молекула оптимизируется и расчет не обрывается. А когда число атомов стало 270 (добавились 3 заряженные карбоксильные группы), то происходит вышеописанный обрыв расчета.

С чем эта ошибка может быть связана? И оптимизируется ли молекула при такой ошибке?

[enky]

Можно открыть выходной файл в текстовом редакторе. В конце него будет описание ошибки.

[EvgeniX]

Из того, что вы написали, совершенно ничего не понятно.
"CConnectionGLOG::Parse_GLOG() " - это проблема визуализации, а не расчёта
Прикрепите к сообщению input и output файлы.

[Mugen37]

Прикрепляю выходной файл. GIF файл не могу отправить (запрещено администратором)

[+H4P(5,10,15,20-PHCOO-)4]3.LOG

[enky]

Convergence failure -- run terminated.

Скорее всего не понравилась геометрия карбоксилов. Можно попробовать изменить их геометрию во входном файле, покрутить эти группы, ИМХО.

И оптимизируется ли молекула при такой ошибке?

Нет.

Через несколько часов расчет останавливается

Нормально так, несколько )))

Job cpu time: 0 days 15 hours 29 minutes 28.0 seconds.

[Гесс]

Для приложения инпута - поменяйте ему расширение. скажем на txt.

[Reizen]

Прикрепляю выходной файл

А-а, то есть у вас просто не сошлось электронное уравнение! На первом же (точнее даже - на нулевом) шаге геометрич.оптимизации.

Попробуйте (среди прочих советов, данных другими участниками):
1) упростить базис (убрав, например, обе звездочки). А после того, как программа сделает несколько шагов геометрич.оптимизации, вы сможете вставить получившуюся геометрию в качестве исходной в расчёт в нужном вам базисе.
2) заменить метод решения (поставьте SCF=QC или что-нибудь подобное; вообще, почитайте help по группе SCF и попробуйте что-нибудь, предусмотренное там для сложных случаев)

[Mugen37]

Convergence failure -- run terminated.

Скорее всего не понравилась геометрия карбоксилов. Можно попробовать изменить их геометрию во входном файле, покрутить эти группы, ИМХО.

Геометрию добавленных карбоксилов сделал такой же, какая в нижеприведенном inputе

Выкладываю input-файл (изменил расширение на .txt) похожей молекулы, она без 3 карбоксильных групп. Эта молекула у меня считается без вылета.

[+H4P(5-PH)(10,15,20-PHCOO-)3]3.txt

Это input к выложенному ранее выходному файлу

[+H4P(5,10,15,20-PHCOO-)4]3.txt

Еще у меня вопрос возник: а вообще есть ли в Gaussian'е ограничения по количеству атомов? например по pi-атомам?

[sanya1024]

Convergence criterion not met -- даже ССП не сошлось.

Ну что тут сказать? таки все плохо. Система огромная, заряд -6 (!), а базис -- 3-21G. И шо ви хочете? Такое количество электронов никак не удержать в таком убогом базисе, да еще без диффузных функций.

А зачем считать огромную систему в негодном базисе? просто чтобы был расчет? даже если сойдется (может и не сойтись), результат будет неинтерпретируемым. Проще говоря, фигня получится.

[Mugen37]

Ну что тут сказать? таки все плохо. Система огромная, заряд -6 (!), а базис -- 3-21G. И шо ви хочете? Такое количество электронов никак не удержать в таком убогом базисе, да еще без диффузных функций.

А зачем считать огромную систему в негодном базисе? просто чтобы был расчет? даже если сойдется (может и не сойтись), результат будет неинтерпретируемым. Проще говоря, фигня получится.

Две звезды при расчете я указываю программе. А по базису - какой вы можете предложить ?

[sanya1024]

Ну, я бы предложила как минимум 6-31+G(d,p), и то без гарантии. Ну шутка ли -- заряд -6. Вы можете себе представить такой анион в вакууме? такую дуру надо стабилизировать, хотя бы в PCM. На самом деле, даже и с зарядом -3 тоже надо стабилизировать. BTW, у системы с зарядом -3 какая получилась энергия HOMO?

[Mugen37]

система с -3 пока считается.

Пока мы считаем в 3-21G** из-за скорости вычислений. Попробуем 6-31G, но наверное такая система если и пойдет считать то по месяцу.

[sanya1024]

Не имеет смысла брать плохой, негодный базис из соображений скорости. Даже если получите результат -- он будет бессмысленным. Зачем Вам быстрый, но бессмысленный результат? все равно дольше провозитесь в попытках заставить такое ССП сойтись.

Отдельный вопрос -- зачем нужен такой дикий кластер. Гексаанион в вакууме -- это безумие, такого не бывает. В конденсированной фазе такое существует в окружении либо противоионов, либо растворителя (и противоионов). Да и будь он нейтральным -- в лоб такие большие системы никто не считает. Есть разные способы облегчить себе жизнь, возможно, некоторые из них реализованы даже в Гауссиане.

[Гесс]

Три порфириновых несвязанных фрагмента без центральных атомов металлов, но с молекулами воды, выложенные под углом, так чтоб фенилы первого и третьего порфирина прикрывали центральную полость центрального???
Это на основе рентгена такое? Вода - это растворитель в явном виде или лиганд для атомов металлов которых нет?

[Shorku]

Не имеет смысла брать плохой, негодный базис из соображений скорости. Даже если получите результат -- он будет бессмысленным. Зачем Вам быстрый, но бессмысленный результат? все равно дольше провозитесь в попытках заставить такое ССП сойтись.

Например, чтобы потом оптимизировать уже в нормальном, но пропустив пару десятков шагов. ССП обычно не сходится из-за кривой геометрии. И я чет не очень понимаю, в чем принципиальное различие 6-31 и 3-21.

[sanya1024]

Базис должен быть достаточно гибким. Например, если в базисе отсутствуют d функции для элементов 2 периода, то отклонение электронной плотности от направления связей не опишется. Аналогично и с водородными связями без p функций на водородах. Диффузные функции нужны, чтобы описывать анионы и перенос заряда. А базис 6-31 более гибкий по сравнению с 3-21 и позволяет эл. плотности распределиться более сообразно. В маленьком же базисе получается что-то вроде "орбиали не могут, а электроны не хотят".

[Shorku]

Базис должен быть достаточно гибким. Например, если в базисе отсутствуют d функции для элементов 2 периода, то отклонение электронной плотности от направления связей не опишется. Аналогично и с водородными связями без p функций на водородах. Диффузные функции нужны, чтобы описывать анионы и перенос заряда. А базис 6-31 более гибкий по сравнению с 3-21 и позволяет эл. плотности распределиться более сообразно. В маленьком же базисе получается что-то вроде "орбиали не могут, а электроны не хотят".

Вопрос не про поляризационные и диффузные функции. Вопрос про то, почему вдруг 6-31 более гибкий, чем 3-21, чего я тут не понимаю?

[sanya1024]

Ну Вы сравните, сколько гауссовых экспонент в 6-31 и сколько в 3-21. Из бОльшего кол-ва экспонент можно построить орбиталь более аккуратно -- это и есть гибкость базиса. Это же азы

А с геометрией у топикстартера все нормально... более-менее. Ничего особо кривого я не вижу. Подозреваю, что структуру просто выдернули из кристалла.

[Shorku]

Ну Вы сравните, сколько гауссовых экспонент в 6-31 и сколько в 3-21.

шеллов одинаково. гибкость и точность воспроизведения атомных орбиталей не есть одно и то же. цифры в названии означают лишь схему контрактации и только, а в целом оба базиса дубль-дзэта качества с одинаковым количеством независимых базисных функций. И да, я не спорю, что 6-31 лучше, чем 3-21.

[sanya1024]

Честно говоря, мне сейчас некогда спорить о терминах о какой точности воспроизведения атомных орбиталей можно говорить, когда этих орбиталей никто не видел, точной их формы не знает? и вообще, сейчас явится VTur и устроит флейм на пустом месте Но гибкость базиса для (качественного) описания эл. плотности -- понятие вполне реальное. Я неоднократно сталкивалась с ситуациями, когда ССП не сходилось просто потому, что это не позволял базис. Или сходилось (с геморроем) -- к фиг знает чему.

Еще раз: у топикстартера -- гексаанион. Для такой молекулы нужны диффузные функции. Можно для начала задачу и в 3-21++G попробовать свести. Но результат не гарантирован совершенно.