расчет gaussian

[antonen]

У меня возникла неожиданная проблема.
Предположим есть два бензольных кольца, расположенных в одной плоскости. Мне надо, чтобы одно так и оставалось в плоскости, а второе совершило поворот на 180 градусов. Мне казалось, что задачка элементарная, но никак не могу решить Вместо того, чтобы двигаться вверх, молекула движется вверх-вбок, либо ВООБЩЕ не движется, что совершенно непонятно. Еще один момент - координаты берутся из zmt файла, атомов много, поэтому вариант написать для каждого атома переменные не подходит.
Заранее спасибо

[ИСН]

Что значит "переменные для каждого атома"? Угол между кольцами - это одна переменная из z-матрицы, надо только понять, какая именно.

[antonen]

Про переменные сказал, т.к. возможный вариант задавать перемещение не углами, а координатами, для малых молекул работает, для больших очень сложно.

Как Вы предлагаете задать с помощью одного угла? Я перепробовал кучу углов, все равно вбок скатывается. Может быть попробовать задать два диэдральных угла между первым кольцом и двумя атомами в мета положении второго?

[ИСН]

(я тут не великий отец, так что очень запросто может оказаться, что мы говорим про Фому и Ерёму, соответственно; но всё же)
Что значит "вбок скатывается"? Происходит изменение геометрии, но не такое, как нужно?
Один угол - это торсионный (AKA двугранный) угол между двумя атомами первого кольца и двумя атомами второго.

[antonen]

Объясню подробнее: допустим задаю изменение торсионного угла с1с4с1с4 на 30 градусов. Но эти 30 градусов получаются не вертикально вверх, как требуется, а градусов на 10 вверх и остальное в сторону. Как задать именно вертикальное движение? Не получается что-то никак

[Yu/2]

Вот сгенерил автоматически z-матрицу. Она конечно не ахти, но сдесь может и сгодится. Угол между кольцами контролируется торсионным углом D10. Но при такой z-матрице крутить этот угол надо с малым шагом и оптимизировать геометрию на каждом шаге, иначе ...

Удачи в освоении z-матриц.

C
C 1 B1
C 2 B2 1 A1
C 3 B3 2 A2 1 D1
C 4 B4 3 A3 2 D2
C 1 B5 2 A4 3 D3
H 2 B6 1 A5 6 D4
H 3 B7 2 A6 1 D5
H 4 B8 3 A7 2 D6
H 5 B9 4 A8 3 D7
H 6 B10 1 A9 2 D8
C 1 B11 6 A10 5 D9
C 12 B12 1 A11 6 D10
C 12 B13 1 A12 6 D11
C 13 B14 12 A13 1 D12
H 13 B15 12 A14 1 D13
C 14 B16 12 A15 1 D14
H 14 B17 12 A16 1 D15
C 17 B18 14 A17 12 D16
H 15 B19 13 A18 12 D17
H 17 B20 14 A19 12 D18
H 19 B21 17 A20 14 D19

B1 1.39516000
B2 1.39471206
B3 1.39542701
B4 1.39482508
B5 1.39482907
B6 1.09965530
B7 1.09968019
B8 1.09968011
B9 1.09976099
B10 1.09960403
B11 1.54000000
B12 1.39516000
B13 1.39482907
B14 1.39471206
B15 1.09965530
B16 1.39513795
B17 1.09960403
B18 1.39482508
B19 1.09968019
B20 1.09976099
B21 1.09968011
A1 120.00863221
A2 119.99416459
A3 119.99399231
A4 119.99845680
A5 119.98077039
A6 120.01279489
A7 119.98114211
A8 120.01134336
A9 120.00799702
A10 120.00431986
A11 119.99722313
A12 120.00431986
A13 120.00863221
A14 119.98077039
A15 120.00002272
A16 120.00799702
A17 120.00470467
A18 120.01279489
A19 119.98395077
A20 120.02485852
D1 -0.05684321
D2 0.03411439
D3 0.03234809
D4 179.95324796
D5 179.96185208
D6 -179.99643617
D7 -180.00000000
D8 179.98917535
D9 -179.97984142
D10 0.01503696
D11 180.99023737
D12 -179.97292593
D13 -0.05202606
D14 -179.97984142
D15 -0.00555025
D16 -0.03760873
D17 179.96185208
D18 179.97501195
D19 -179.95632569

[antonen]

К сожалению, это не тот угол, что нужен. Тут фактически у колец одна ось, и одно из колец вращается вокруг нее. Мне же нужно совсем другое, Мне надо чтобы одно кольцо оставалось в плоскости, а второе вдоль оси поднималось вверх. Т.е., чтобы проекция 1,4атомов на плоскость всегда совпадала с 1,4 атомами другого кольца.

[Yu/2]

ничего не понял.

[antonen]

Что-то не получается у меня объяснить все по-человечески
То что Вы предложили - система бифенила, в котором кольца фращаются вокруг одной оси с1с4с1с4. Для моих целей удобнее скорее пользоваться дифенилметановой системой. Т.е. мне надо регулировать другой угол между фенильными кольцами. Где то можно картинки вставлять? А то на пальцах все коряво получается

[Cherep]

Где то можно картинки вставлять? А то на пальцах все коряво получается

Можно и ещё как. Инструкция

[antonen]

Вот нарисовал матрицу, думаю картинки теперь ни к чему.
Вот только она не работает Оптимизируется до бесконечности, а потом вылетает с превышением числа циклов. Где здесь собака порылась?
Кстати, почему приходится убирать симметрию? 2 бензольных кольца, они обязаны быть симметричными. Однако вылетает с ошибкой Пришлось убрать.
Простая моделька, а столько проблем
Заранее спасибо.

pm3 opt=z-matrix nosymm

C 0 0. 0. 0.
C 1 R1
C 2 R2 1 A1
C 3 R3 2 A2 1 D2 0
C 4 R4 3 A3 2 D2 0
C 5 R5 4 A4 3 D2 0
X 3 C1 2 CA1 1 CD1 0
X 7 C2 3 CA2 2 CD2 0
C 8 C1 7 CA2 3 CD3 0
C 9 R6 8 CA1 7 CD2 0
C 10 R7 9 A5 8 CD1 0
C 11 R8 10 A6 9 D2 0
C 12 R9 11 A7 10 D2 0
C 13 R10 12 A8 11 D2 0
H 1 R21 2 A9 3 D1 0
H 2 R22 1 A10 6 D1 0
H 4 R23 3 A11 2 D1 0
H 5 R24 4 A12 3 D1 0
H 6 R25 5 A13 4 D1 0
H 10 R26 9 A14 14 D1 0
H 11 R27 10 A15 9 D1 0
H 12 R28 11 A16 10 D1 0
H 13 R29 12 A17 11 D1 0
H 14 R30 13 A18 12 D1 0
H 3 R31 2 A19 1 D1 0
H 9 R32 10 A20 11 D1 0
Variables:
R1 1.4
R2 1.4
R3 1.4
R4 1.4
R5 1.4
R6 1.4
R7 1.4
R8 1.4
R9 1.4
R10 1.4
R21 1.08
R22 1.08
R23 1.08
R24 1.08
R25 1.08
R26 1.08
R27 1.08
R28 1.08
R29 1.08
R30 1.08
R31 1.08
R32 1.08
A1 120.
A2 120.
A3 120.
A4 120.
A5 120.
A6 120.
A7 120.
A8 120.
A9 120.
A10 120.
A11 120.
A12 120.
A13 120.
A14 120.
A15 120.
A16 120.
A17 120.
A18 120.
A19 120.
A20 120.
D1 180.
D2 0.
Constants:
C1 1.5
C2 10.
CA1 120.
CA2 90.
CD1 180.
CD2 90.
CD3 0.

[Raiden]

Не знаю в чем именно проблема. Я так понимаю у вас проблема с дифинилом? Если крутить дифинил, то проблем особых нет, вот z-матрица:

C
C 1 RC1C1
X 1 1.000000000 2 90.000000000
C 1 RC1C2 2 VC2C1C1 3 90.000000000
C 1 RC1C2 2 VC2C1C1 3 -90.000000000
C 4 RC2C3 1 VC3C2C1 2 DC3C2C1C1
C 5 RC2C3 1 VC3C2C1 2 DC3C2C1C1
C 1 RC4C1 3 90.000000000 2 180.000000000
H 4 RC2H2 1 VH2C2C1 2 DH2C2C1C1
H 5 RC2H2 1 VH2C2C1 2 DH2C2C1C1
H 7 RC3H3 5 VH3C3C2 1 DH3C3C2C1
H 6 RC3H3 4 VH3C3C2 1 DH3C3C2C1
X 8 1.000000000 1 90.000000000 3 0.000000000
H 8 RC4H4 13 90.000000000 1 180.000000000
X 2 1.000000000 1 90.000000000 3 D
C 2 RC1C2 1 VC2C1C1 15 90.000000000
C 2 RC1C2 1 VC2C1C1 15 -90.000000000
C 16 RC2C3 2 VC3C2C1 1 DC3C2C1C1
C 17 RC2C3 2 VC3C2C1 1 DC3C2C1C1
C 2 RC4C1 15 90.000000000 1 180.000000000
H 16 RC2H2 2 VH2C2C1 1 DH2C2C1C1
H 17 RC2H2 2 VH2C2C1 1 DH2C2C1C1
H 19 RC3H3 17 VH3C3C2 2 DH3C3C2C1
H 18 RC3H3 16 VH3C3C2 2 DH3C3C2C1
X 20 1.000000000 2 90.000000000 15 0.000000000
H 20 RC4H4 25 90.000000000 2 180.000000000
Variables:
RC1C1 = 1.600000000
RC1C2 = 1.400000000
RC2C3 = 1.400000000
RC4C1 = 2.800000000
RC2H2 = 1.100000000
RC3H3 = 1.100000000
RC4H4 = 1.100000000
VC2C1C1 = 120.000000000
VC3C2C1 = 120.000000000
DC3C2C1C1 = 180.000000000
VH2C2C1 = 120.000000000
DH2C2C1C1 = 0.000000000
VH3C3C2 = 120.000000000
DH3C3C2C1 = 180.000000000
D = 0.000000000

Группа симметрии D2h при D кратном 180 и D2 во всех других случаях. Возможно в этом и проблема, что при изменении симметрии Gaussian выдает ошибку. Но если значение D фиксировать проблем быть не должно вообще.

[Tehnologer]

Я дико извиняюсь, но о чем тут вообще хоть речь-то идет? Ссылку бросте, для общего развития. А то чувствую себя как этот...

[Tehnologer]

спасибо

[Rt19]

Здесь речь идет о расчете молекулы квантово-химической программой. Уточните вопрос.