Если сравнивать кемкрафт с гиперкемом, последний гораздо лучше подходит для преподавания компьютерной химии. Дело в том, что, как по мне, такое преподавание обязательно должно сопровождаться практическим сопоставлением различных методов расчета, чтобы показать, что в общем случае даже в относительно простых задачах количественный результат будет несколько варьироваться от метода к методу. Ну и да, как-то надо объяснять и демонстрировать обучаемым, что в некоторых задачах использование тех или иных методов заведомо бессмысленно.
Гиперкем все эти возможности дает: там есть и молмех, и ПЭ, и ab initio, и даже дфт какой-то вроде был. И да, сколько я помню, там даже есть параметры, которые можно подкручивать. Возможно, их меньше, чем в условной орке или гауссиане, но они есть. В кемкрафте похоже есть только ПЭ, да и та "не подкручивается" (я так понял, если что - миль пардон). Обучать на таком черном ящике вычислительной химии по принципу "нажми кнопку - скопируй результат" - бессмысленно.
А вот это уже бессмысленно с самого начала. Гиперкем, кстати, насколько я знаю, никто вроде никогда не продвигал как инструмент для преподавания органики (опять же, если ошибаюсь - миль пардон). Очень опасно, кстати, делать заявления в стиле "зачем заучивать, если есть программа на все случаи жизни" - хотя бы потому, что как я выше писал, бывают "случаи жизни", когда ПЭ может и не помочь, а человек, обучавшийся по кемкрафту, об этом может и не догадываться. Плюс уже выше кто-то писал про тонкости с конформационным поиском, когда таким вот кавалерийским наскоком можно найти совсем не то, что есть на самом деле.
Резюмируя, пока новая версия кемкрафта может быть заменой гиперкему только в одном случае: что-то несложное нарисовать, по-быстрому соптимизировать во что-то относительно разумное и уже это разумное пихать в более сложные расчеты.