Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Vit Nhoc]

А что это за утилитка? Может мне её тоже внедрить?
Навскидку не вижу прямого решения, как выделить именно по номерам.

[Shorku]

А что это за утилитка? Может мне её тоже внедрить?
Навскидку не вижу прямого решения, как выделить именно по номерам.

Оу, окей.
Утилитка - самописная кривая хрень для поиска недо- или перекоординированных атомов.
Кемкрафту что-то похожее может быть полезно (если я ничего не пропустил в менюшках), например, в качестве structure checker'a. Реализуется, наверное, несложно, но надо как-то по-человечски показывать, где у юзера косяк.

[Vit Nhoc]

Утилитка - самописная кривая хрень для поиска недо- или перекоординированных атомов.

Не очень понял. Может вы имете в виду атомы, расстояние между которыми меньше 0.5A?

[Shorku]

Утилитка - самописная кривая хрень для поиска недо- или перекоординированных атомов.

Не очень понял. Может вы имете в виду атомы, расстояние между которыми меньше 0.5A?

Нет. Допустим, углерод может образовать четыре связи. Если какой-то из углеродов связан только с тремя атомами(или пятью), и все связи (исходя, скажем, из ковалентных радиусов) одинарные, то либо пользователь хотел радикал, либо это ошибка. У меня таких атомов полтыщи и глазами тяжело углядеть, есть ли где дефекты. Но моя задачка довольно специфическая =)

[alexp51]

Господа приветствую! Скажите пожалуйста, почему в последних (506 например)версиях не работает кнопка Show bond properties. Во всяком случае для Firefly. В более ранних версиях (445)- никаких проблем

[Vit Nhoc]

Господа приветствую! Скажите пожалуйста, почему в последних (506 например)версиях не работает кнопка Show bond properties. Во всяком случае для Firefly. В более ранних версиях (445)- никаких проблем

Виноват, видно допустил баг. Пришлите мне пример выходного файла на email, указанный на сайте программы.

[alexp51]

Спасибо, отправил

[Vit Nhoc]

Вам не кажется что некрасиво светить email в открытом доступе? Просьба удалить сообщение.

[alexp51]

Прошу прощения, вероятно не часто вступаю в контакт на форумах, потому не в курсе таких тонкостей. Еще раз прощу прощения....

[alexp51]

Коллеги спешу сообщить, что вопрос по кнопке Show bond properties снимается!
Он решается путем захода в Tools/Preferences/Gamess
Всем спасибо за внимание!

[Vit Nhoc]

У меня вопрос к тем, кто пользуется режимом 2d style. Я насоздавал 7 разных схем (вариантов этого стиля) для различных применений; может быть, любой химик найдёт среди них тот, который подходит ему, или сгенерирует собственный стиль. Но если эта система недостаточно гибкая и кому-то при генерации картинок приходится вручную добавлять/убирать атомы, я могу добавить кнопки + (expand) и – (collapse). Т.е. например если метильная группа в текущем стиле показывается как один атом с надписью CH3, можно будет кликнуть на этом атоме, нажать + и тогда покажутся три связанных водорода. Либо наоборот: если текущий стиль показывает группу OH как два атома (кислорода и водорода), можно будет кликнуть на кислороде, нажать – и останется только кислород с надписью OH. Стоит ли делать такую фичу?

[Reginmaister]

Добрый день! К сожалению, с ходу не нашел в help-e Chemrafta, есть ли возможность для нарисованной молекулы автоматически получить энантиомер с помощью какой-нибудь операции типа mirror plane?

[Vit Nhoc]

Добрый день! К сожалению, с ходу не нашел в help-e Chemrafta, есть ли возможность для нарисованной молекулы автоматически получить энантиомер с помощью какой-нибудь операции типа mirror plane?

Edit/Translate atomic coordinates/Custom coordinates transformation/Invert coordinates.

[Reginmaister]

Спасибо за молниеносный ответ! Все сработало

[Reginmaister]

Добрый день! Еще один небольшой вопрос возник: есть ли в Chemcraft возможность полуавтоматической перенумерации? Т.е., я хочу переставить местами много строчек, но лень делать это руками, а хочется написать что-то типа 1-17, 2-25, ..., чтобы программа сделала это автоматически.

[Vit Nhoc]

Добрый день! Еще один небольшой вопрос возник: есть ли в Chemcraft возможность полуавтоматической перенумерации? Т.е., я хочу переставить местами много строчек, но лень делать это руками, а хочется написать что-то типа 1-17, 2-25, ..., чтобы программа сделала это автоматически.

Расставьте нужные номера на атомах в виде надписей, дважды кликая на каждом атоме, после чего выберите Edit/Update atomic sequence by...

[Reginmaister]

Спасибо, понял!

[surius]

Vit Nhoc, не могли бы вы посмотреть файлик. Там С960 икосаэдр. Однако попытки найти данную группу симметрии с помощью Chemcraft
не привели к желаемому. Если запустить поиск среди всех возможных групп (авто), то максимально что он находит это подгруппу I вместо Ih. В тоже самое время GaussView находит Ih без проблем, с разными границами точности
C960

[Vit Nhoc]

sirius,
Если выбрать Edit/Set point group/Ih, то программа найдёт группу правильно. Если же выбрать Edit/Set point group/Auto, действительно будет найдена только группа I.
Можно решить эту проблему так: указать Edit/Set point group/Group identification algorithm/Random rotations mode. Тогда программа сможет и на Авто найти группу Ih, хотя бы со второй-третьей попытки.
Если такие замечания будут ещё, может быть я сделаю режим Random rotations mode режимом по умолчанию.
И ещё вопрос: что, в GaussView уже есть симметризатор не хуже чем в моей программе?

[Гесс]

Да, опознание точечных групп в гаусвью ОЧЕНЬ быстрое. Молеклула siriusa у меня обрабатывалась в кемкрафте со скоростью 0.1% в несколько секунд (дожидаться конца не стал) в то время как гаусвью опознал симметрию за несколько секунд. Откровенной лажи за гаусвью пока не наблюдалось (я исключительно о симметрии).