sdf -> ISIS Base

[Vanya Ivanov]

Коллеги, наверняка кто-то уже сталкивался с подобным,
при импорте sdf в формат db isis гладко проходит только поля типа структура, формула и мол вес,
однако, в разных sdf файлах есть еще масса записей типа: молекулярные дескрипторы, smile - натация и тд и тп.
Как организовать полный автоматический перевод всех записей с присвоением правильных типов полей (реал, интеджер, текст и тп)
может есть какое то решение?
Нужно заранее готовить форму под все поля? А если я не знаю точно сколько их?

[chemist]

Да, присвоение правильных типов полей (реал, интеджер, текст и тп) надо делать вручную.
Форма должна "открывать" те поля, которые Вы хотите видеть, все - так все.
Выложьте свой файл (или представительный его кусок), попробуем.

[Vanya Ivanov]

я понимаю, что здесь нет принципиальных сложностей, но как генерировать оптимальные для данной sdf записи - поля в isis?
В чем процесс? я просмотрю сам sdf, а потом сделать форму - isis с нужными типом данных и ручками их заполнять? Все 20 тыс?
Как заставить форму открывать нужные поля?
Как удалить из рисунка структуры атомы водорда?
Вот пример:

expl.sdf

[Vanya Ivanov]

что то заглохла темка, наверно коллега chemist на курорте раздумывает о конвертации полей и записей?

[chemist]

что то заглохла темка, наверно коллега chemist на курорте раздумывает о конвертации полей и записей?

На летнем выпасе . Извининяюсь, немного заело дело - пытался как-то покультурнее окучить PUBCHEM_COORDINATE_TYPE и PUBCHEM_BONDANNOTATIONS (они как бы просяится в таблицы), но получилось как всегда, к тому не не мог понять почему не импортируется третья запись в Вашем SDF-е, оказалось не хватает стоп-строки $$$$ в конце записи.
Посмотрите, всё ли на месте, если так подойдёт, можете импортировать SDF-ы с такими же полями (строки, начинающиеся с ">" и заключённые в "<...>"), если смотреть F3 Тотал Комммандером.
Удачи!

expl_example.zip

[Serty]

...Как удалить из рисунка структуры атомы водорда?

Есть ли какая нибудь простая утилитка для этого? Мне иногда это прходилось делать, и как правило через

[Vanya Ivanov]

It works!

Огромное спасибо. Наглядный пример - лучше многих объяснений.
А как присоединить к этой базе данные по биоскринингу? Данные разрешают скачивать или в текстовом или в xls формате.
можно ли присоединять к базе данных данные из форматированного текста?

[chemist]

А как присоединить к этой базе данные по биоскринингу? Данные разрешают скачивать или в текстовом или в xls формате.
можно ли присоединять к базе данных данные из форматированного текста?

Можно присоединить как текстовое поле с неограниченным количеством знаков (Variable Text). Правда, если эти данные не в SDF-файле, а отдельно, то придётся вручную их вводить для каждой записи. Приведите пример данных по биоскринигу, попробую присобачить.