Сложные случаи с ПРИРОДой

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сложные случаи с ПРИРОДой

Сообщение EvgeniX » Пн июн 22, 2015 5:34 pm

Здравствуйте.

Сижу и чешу голову, как так?

1. Понятно, что случай экзотический, но зацените расходимость волновой функции для OLYP/BLYP:

Код: Выделить всё

$system memory=512 disk=-1024 path=/tmp $end
$control theory=DFT basis="basis.in" task=hessian $end
$dft functional=OLYP $end
$grid acc=1e-12 $end
$scf restrict=0 procedure=BFGS iterations=999,999 convergence=1e-10 $end
$thermo sigma=1 temperature=203, 223, 248, 263, 273, 283, 298 $end

$molecule charge=+1 mult=2 cartesian
 set=L2
  29   0.04459645   0.22307433  -0.28240287
   6  -0.46518320  -2.12769055   1.71154797
   8  -0.76809019  -3.32672954   1.66964221
   8  -0.36172742  -1.53005219   0.55938715
   6   2.64500189   0.51072079  -1.80834329
   1   2.14862943   0.07303440  -2.67661977
   1   2.52705979   1.59568989  -1.84014320
   7   2.02093148  -0.02208108  -0.55972862
   1   2.53056455   0.34908697   0.24219915
   1   2.16631603  -1.03154075  -0.52025932
   6  -2.21985984   1.73293698  -1.61125588
   1  -1.60667348   2.63421988  -1.67266536
   1  -2.05648565   1.12950528  -2.50626302
   7  -1.82813275   0.94491810  -0.40379649
   1  -2.42919874   0.12299018  -0.33410239
   1  -2.03960657   1.49723840   0.42734739
   1  -3.27442741   2.02308679  -1.56801319
   6  -0.23138851  -1.40670919   3.01200604
   1  -0.93167830  -0.57072836   3.11374068
   1  -0.36806300  -2.08681965   3.85461640
   1   0.78591299  -1.00212979   3.04413199
   1   3.71150279   0.26797923  -1.85102522
$end

Код: Выделить всё

date: Mon Jun 22 19:07:00 2015

 parallel on 4 processors
 node   0: 'n4413.nodes'
 node   1: 'n4413.nodes'
 node   2: 'n4413.nodes'
 node   3: 'n4413.nodes'

 Memory: 512m + 1024m (512m + 1024m)


 molecule input: ''
 22 atoms, 95 electrons

 Atomic Coordinates:
  29     0.04459645   0.22307433  -0.28240287
   6    -0.46518320  -2.12769055   1.71154797
   8    -0.76809019  -3.32672954   1.66964221
   8    -0.36172742  -1.53005219   0.55938715
   6     2.64500189   0.51072079  -1.80834329
   1     2.14862943   0.07303440  -2.67661977
   1     2.52705979   1.59568989  -1.84014320
   7     2.02093148  -0.02208108  -0.55972862
   1     2.53056455   0.34908697   0.24219915
   1     2.16631603  -1.03154075  -0.52025932
   6    -2.21985984   1.73293698  -1.61125588
   1    -1.60667348   2.63421988  -1.67266536
   1    -2.05648565   1.12950528  -2.50626302
   7    -1.82813275   0.94491810  -0.40379649
   1    -2.42919874   0.12299018  -0.33410239
   1    -2.03960657   1.49723840   0.42734739
   1    -3.27442741   2.02308679  -1.56801319
   6    -0.23138851  -1.40670919   3.01200604
   1    -0.93167830  -0.57072836   3.11374068
   1    -0.36806300  -2.08681965   3.85461640
   1     0.78591299  -1.00212979   3.04413199
   1     3.71150279   0.26797923  -1.85102522
 #
  formula: H13C4N2O2Cu
  internuclear distances:
  Cu1   |  O2   : 1.98675  N1   : 2.01070  N2   : 2.01070
  C1    |  O1   : 1.23742  O2   : 1.30206  C4   : 1.50521
  O1    |  C1   : 1.23742
  O2    |  Cu1  : 1.98675  C1   : 1.30206
  C2    |  H1   : 1.09172  H2   : 1.09182  N1   : 1.49412  H13  : 1.09461
  H1    |  C2   : 1.09172
  H2    |  C2   : 1.09182
  N1    |  Cu1  : 2.01070  C2   : 1.49412  H3   : 1.02009  H4   : 1.02064
  H3    |  N1   : 1.02009
  H4    |  N1   : 1.02064
  C3    |  H5   : 1.09182  H6   : 1.09172  N2   : 1.49412  H9   : 1.09461
  H5    |  C3   : 1.09182
  H6    |  C3   : 1.09172
  N2    |  Cu1  : 2.01070  C3   : 1.49412  H7   : 1.02064  H8   : 1.02009
  H7    |  N2   : 1.02064
  H8    |  N2   : 1.02009
  H9    |  C3   : 1.09461
  C4    |  C1   : 1.50521  H10  : 1.09527  H11  : 1.09143  H12  : 1.09527
  H10   |  C4   : 1.09527
  H11   |  C4   : 1.09143
  H12   |  C4   : 1.09527
  H13   |  C2   : 1.09461
     largest =    7.39886

 atom   6 core =  1,  0
 atom   7 core =  1,  0
 atom   8 core =  1,  0
 atom  29 core =  2,  1,  0
 at.d.=0

 Basis set input: 'basis.in'
    1  29 Cu :  84/234 : {8,7,5,3,1}/{23,18,13,8,4}
    2   6  C :  30/70  : {4,3,2,1}/{12,8,4,2}
    3   8  O :  30/70  : {4,3,2,1}/{12,8,4,2}
    4   8  O :  30/70  : {4,3,2,1}/{12,8,4,2}
    5   6  C :  30/70  : {4,3,2,1}/{12,8,4,2}
    6   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
    7   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
    8   7  N :  30/70  : {4,3,2,1}/{12,8,4,2}
    9   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   10   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   11   6  C :  30/70  : {4,3,2,1}/{12,8,4,2}
   12   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   13   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   14   7  N :  30/70  : {4,3,2,1}/{12,8,4,2}
   15   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   16   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   17   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   18   6  C :  30/70  : {4,3,2,1}/{12,8,4,2}
   19   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   20   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   21   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}
   22   1  H :  14/30  : {3,2,1}/{8,4,2}

 Basis set input: 'basis.in'
    1  29 Cu : 305/598 : {15,14,13,9,7,4,1}/{23,22,20,17,14,9,5}
    2   6  C :  80/156 : {7,6,5,3,1}/{12,10,9,6,3}
    3   8  O :  80/156 : {7,6,5,3,1}/{12,10,9,6,3}
    4   8  O :  80/156 : {7,6,5,3,1}/{12,10,9,6,3}
    5   6  C :  80/156 : {7,6,5,3,1}/{12,10,9,6,3}
    6   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
    7   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
    8   7  N :  80/156 : {7,6,5,3,1}/{12,10,9,6,3}
    9   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   10   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   11   6  C :  80/156 : {7,6,5,3,1}/{12,10,9,6,3}
   12   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   13   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   14   7  N :  80/156 : {7,6,5,3,1}/{12,10,9,6,3}
   15   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   16   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   17   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   18   6  C :  80/156 : {7,6,5,3,1}/{12,10,9,6,3}
   19   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   20   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   21   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}
   22   1  H :  14/41  : {3,2,1}/{8,6,3}

 +---------------------------------------
 | Number of atoms                     22
 | Charge of molecule                   1
 | Spin multiplicity                    2
 | Number of alpha electrons           48
 | Number of beta  electrons           47
 | Number of core  electrons           13
 | Theoretical Method                 DFT
 | Approximation to E(xc)            OLYP
 | Dimension of wavefunction basis    506
 | Dimension of   auxiliary  basis   1127
 | Hamiltonian: non-relativistic
 +---------------------------------------

 scf options: conv=1.0e-10, 1.0e-03; iter=999,999
 cut-off for S,T,V integrals: 1.0e-10 (1.0e-06)

 grid: accuracy=1.0e-12,1.0e-05, cut=1.0e-14,1.0e-07, t=0

 ANALYTICAL COMPUTATION OF SECOND DERIVATIVES


 Initial Guess
 time: atomic calculations              :     0.2  [     0.2     0.0     0.0     0.0 ]  25.0%     0.2
 time: Orthogonalize                    :     0.3  [     0.1     0.1     0.1     0.1 ]  99.0%     0.1
 time: Initial Guess                    :     1.7  [     0.4     0.4     0.4     0.4 ]  98.8%     0.4

 SCF Equations:
 time: One-Electron Integrals           :     0.5  [     0.2     0.1     0.1     0.1 ]  50.8%     0.2
 time: Inversion of V-Matrix            :     0.6  [     0.6     0.0     0.0     0.0 ]  25.0%     0.6
 time: Orthogonalize                    :     0.5  [     0.1     0.1     0.1     0.1 ]  99.0%     0.1

 it.       energy       energy change    gradient     time
 Grid:    33008 points
   0  -2058.5092614406   0.0000000000   0.18800322     16.8
   1  -2060.1895711718  -1.6803097312   0.19010367     22.9
   2  -2060.6522458788  -0.4626747070   0.11592766     29.0
   3  -2060.8706185313  -0.2183726525   0.05687927     35.1
   4  -2060.9583954848  -0.0877769535   0.04255558     41.2
   5  -2060.9964105863  -0.0380151015   0.03086957     47.2
   6  -2061.0305663669  -0.0341557806   0.02425077     53.2
   7  -2061.0506079677  -0.0200416008   0.01065420     59.3
   8  -2061.0558670370  -0.0052590693   0.00516560     65.3
   9  -2061.0581204437  -0.0022534067   0.00737022     71.4
  10  -2061.0587731923  -0.0006527486   0.00187670     77.4
  11  -2061.0590844741  -0.0003112818   0.00092821     83.5
  12  -2061.0591687307  -0.0000842566   0.00069507     89.6
  13  -2061.0591927962  -0.0000240654   0.00044814     95.7
  14  -2061.0592009946  -0.0000081984   0.00030185    101.8
  15  -2061.0592033829  -0.0000023883   0.00024716    107.9
  16  -2061.0592044449  -0.0000010621   0.00017475    113.9
  17  -2061.0592048588  -0.0000004139   0.00011750    119.9
  18  -2061.0592050502  -0.0000001914   0.00006995    126.0
  19  -2061.0592051518  -0.0000001016   0.00004048    132.0
  20  -2061.0592052229  -0.0000000711   0.00005143    138.1
  21  -2061.0592053215  -0.0000000986   0.00007323    144.1
  22  -2061.0592057157  -0.0000003942   0.00016127    150.2
  23  -2061.0591104787   0.0000952370   0.00704163    156.3
  24  -2061.0592063410  -0.0000958623   0.00086056    162.3
  25  -2061.0592121815  -0.0000058405   0.00135957    168.4
  26  -2061.0592046400   0.0000075415   0.00017744    174.5
  27  -2061.0592048992  -0.0000002593   0.00007847    180.6
  28  -2061.0592050164  -0.0000001172   0.00008442    186.7
  29  -2061.0592050933  -0.0000000769   0.00004920    192.7
  30  -2061.0592051036  -0.0000000103   0.00002086    198.8
  31  -2061.0592051115  -0.0000000078   0.00000858    204.9
 Grid:  1084484 points
  32  -2061.0584149064   0.0007902051   0.01021068    421.8
  33  -2061.0587217580  -0.0003068516   0.00070822    458.2
  34  -2061.0587543433  -0.0000325853   0.00065706    495.0
  35  -2061.0587753600  -0.0000210167   0.00089207    531.5
  36  -2061.0587865553  -0.0000111953   0.00158923    567.9
  37  -2061.0587958441  -0.0000092888   0.00180107    604.0
  38  -2061.0588308900  -0.0000350459   0.00273633    640.1
  39  -2061.0588489797  -0.0000180897   0.00307456    676.2
  40  -2061.0589920969  -0.0001431172   0.00472060    712.3
  41  -2061.0589277836   0.0000643133   0.00421995    748.4
  42  -2061.0594386032  -0.0005108197   0.00636607    784.6
  43  -2061.0585200846   0.0009185186   0.00507072    821.0
  44  -2061.0591232867  -0.0006032021   0.00596616    857.2
  45  -2061.0588314681   0.0002918187   0.00836561    893.3
  46  -2061.0576099291   0.0012215389   0.00608397    929.4
  47  -2061.0587705518  -0.0011606227   0.00184806    965.5
  48  -2061.0587851648  -0.0000146130   0.00125373   1001.7
  49  -2061.0587753672   0.0000097976   0.00043927   1037.8
  50  -2061.0587742062   0.0000011610   0.00039996   1073.9
  51  -2061.0587745668  -0.0000003606   0.00021680   1110.0
  52  -2061.0587749402  -0.0000003734   0.00022617   1146.5
  53  -2061.0587758760  -0.0000009359   0.00026113   1182.6
  54  -2061.0587760240  -0.0000001480   0.00007923   1218.7
  55  -2061.0587762259  -0.0000002018   0.00011819   1254.8
  56  -2061.0587781185  -0.0000018926   0.00070748   1290.9
  57  -2061.0587810126  -0.0000028941   0.00077937   1327.0
  58  -2061.0587899478  -0.0000089352   0.00153115   1363.1
  59  -2061.0587749037   0.0000150440   0.00450058   1399.2
  60  -2061.0588210495  -0.0000461458   0.00257965   1435.5
  61  -2061.0589819854  -0.0001609359   0.00706632   1471.9
  62  -2060.9713081289   0.0876738565   0.08316847   1508.0
  63  -2061.0160691032  -0.0447609743   0.03688596   1544.1
  64  -2060.9429859282   0.0730831751   0.06405371   1580.3
  65  -2060.1649098389   0.7780760892   0.18545450   1616.4
  66  -2056.8807405997   3.2841692392   0.65254245   1652.6
  67  -2054.6101027208   2.2706378790   0.58169537   1688.7
  68  -2011.7984209037  42.8116818171   2.38698525   1724.9
  69  -2033.9849695451 -22.1865486414   0.94691408   1761.2
  70  -2041.9812719679  -7.9963024229   1.08252547   1797.6
  71  -2001.4252375375  40.5560344304   3.47470321   1833.7
  72  -2032.4891761087 -31.0639385711   1.32951760   1869.9
  73  -2026.1349163623   6.3542597463   1.81285418   1906.0
  74  -2040.9228935451 -14.7879771828   0.79185261   1942.2
  75  -2031.4122160269   9.5106775182   1.34808412   1978.3
  76  -2036.8352387464  -5.4230227194   1.17009186   2014.5
  77  -2027.6933358671   9.1419028792   1.45186737   2050.7
  78  -2027.0513200296   0.6420158376   1.42639806   2087.1
  79  -2022.3449575179   4.7063625117   1.34142131   2123.4
  80  -2020.2341385932   2.1108189247   1.46484568   2159.6
  81  -2011.0299623742   9.2041762190   1.63022906   2195.8
  82  -2005.2045720232   5.8253903510   1.25226119   2231.9
  83  -1990.8579975744  14.3465744488   1.40638431   2268.1
  84  -1984.1333412867   6.7246562878   2.12184488   2304.3
  85  -1931.2015570430  52.9317842437   1.18248247   2340.5
  86  -1977.2172324255 -46.0156753826   0.96985542   2376.6
  87  -1965.5398679918  11.6773644338   1.84653505   2413.1
  88  -1949.1778177878  16.3620502040   1.00098596   2449.4
  89  -1962.4109236683 -13.2331058805   1.16120709   2485.6
  90  -1921.2974592969  41.1134643714   1.46287197   2521.8
  91  -1943.2469234468 -21.9494641500   1.13441526   2558.0
  92  -1898.7234861003  44.5234373466   1.94269703   2594.1
  93  -1906.4530638588  -7.7295777586   2.31957325   2630.3
  94  -1924.0843394272 -17.6312755684   1.83529576   2666.5
  95  -1686.7966477763 237.2876916509   8.80747338   2702.7
  96  -1673.4974008609  13.2992469154   5.63528239   2739.3
  97   -937.6586895325 735.8387113285   4.52536669   2775.5
  98  -1222.0793380944-284.4206485620   7.38510996   2811.7
  99  -1614.9964022540-392.9170641596   3.33284749   2847.9
 100   -923.7529348957 691.2434673583   8.07411773   2884.1
 101   -866.9683378508  56.7845970450  10.13737679   2920.3
 102     25.4566988072 892.4250366580  30.63445523   2956.6
 103     29.0486339432   3.5919351360  43.82300487   2992.8
 104    -12.4336405727 -41.4822745159  30.43780016   3029.1
 105   -580.4235153725-567.9898747998  31.09508741   3065.6
 106   -675.2905188812 -94.8670035087  35.22081435   3101.9
 107   -328.8703813224 346.4201375588  11.53725739   3138.1
 108  -1322.9013885354-994.0310072129  22.24732643   3174.3
 109   -276.00212718591046.8992613495  19.71998501   3210.6
 110   -238.4016474516  37.6004797343   5.27283766   3246.8
 111   -207.9175347870  30.4841126646  15.87998903   3283.0
 112   -341.9398738877-134.0223391008  29.81048861   3319.2
 113   -162.6684118761 179.2714620117  18.10194543   3355.6
 114   -520.5267898238-357.8583779477  35.63290144   3392.1
 115   -310.5751170780 209.9516727458  28.38126582   3428.3
 116   -981.0421585483-670.4670414703  45.29390881   3464.6
 117   -111.4250281414 869.6171304070   4.87053935   3500.8
 118   -509.2270247378-397.8019965964  23.26079888   3537.1
 119   -630.6149201555-121.3878954178  33.86014796   3573.3
 120   -157.1102576481 473.5046625075  11.61471978   3609.5
 121   -152.5734940734   4.5367635746   6.00209696   3645.8
 122  -1180.7928672187-1028.2193731453  13.22162733   3682.2
 123   -265.0351272965 915.7577399222  42.71749553   3718.7
 124   -138.7732855322 126.2618417643   3.92180649   3755.0
 125   -927.7555488351-788.9822633029  21.94079098   3791.2
 126   -107.9059951321 819.8495537030   6.04512331   3827.5
 127    -88.1426984925  19.7632966395   4.67488146   3863.8
 128   -104.5899447121 -16.4472462196   4.03256535   3900.0
 129   -141.8713725896 -37.2814278774   6.19284394   3936.3
 130   -172.0428961634 -30.1715235738   7.69713525   3972.6
 131   -207.5252352177 -35.4823390543   6.16074423   4009.1
 132   -309.6131573447-102.0879221270   8.38886863   4045.5
 133   -462.6701461897-153.0569888451   9.06314394   4081.8
 134   -348.8024857900 113.8676603997  11.54914897   4118.1
 135   -529.0074437155-180.2049579255  13.25312754   4154.4
 136   -444.7500672043  84.2573765112  16.82634574   4190.7
 137   -189.5844017818 255.1656654225  12.36310844   4226.9
 138    -98.0456349339  91.5387668479   3.81050746   4263.2
 139   -116.0391147801 -17.9934798462   4.02066631   4299.5
 140   -170.8157166848 -54.7766019047   7.64777774   4336.1
 141   -200.0169258391 -29.2012091543   8.33940883   4372.5
 142   -259.2219423676 -59.2050165284   9.47331901   4408.7
 143   -606.6015042151-347.3795618475  17.32897085   4445.0
 144   -655.6018518053 -49.0003475903  41.81564041   4481.3
 145   -941.2551361821-285.6532843768  31.13232534   4517.6
 146   -675.8191884442 265.4359477379  37.70316511   4553.9
 147   -169.9024889098 505.9166995344   8.91759136   4590.2
 148   -188.2897767680 -18.3872878582  16.62170850   4626.5
 149   -238.0297729322 -49.7399961642  36.54041156   4663.1
 150   -322.3411305326 -84.3113576004  30.96081723   4699.4
 151   -733.1325920696-410.7914615369  19.66790225   4735.7
 152   -926.3540124488-193.2214203793  33.19813209   4772.0
 153   -533.2974303058 393.0565821431  38.23702149   4808.3
 154   -162.9358576799 370.3615726259   5.71738730   4844.7
 155   -199.5190752422 -36.5832175623   6.40206951   4881.0
 156   -236.7704459356 -37.2513706934   6.56211471   4917.3
 157   -256.2833794925 -19.5129335569   6.82511961   4953.7
 158   -251.0000041491   5.2833753434   9.61104764   4990.3
 159   -202.4698743813  48.5301297678   6.94813050   5026.7
 160   -218.4401403132 -15.9702659318  13.05906977   5063.0
 161   -267.6069535289 -49.1668132157  13.55383098   5099.3
 162   -471.3022209653-203.6952674364  11.44138546   5135.7
 163   -472.1012161156  -0.7989951503  14.48357679   5172.0
 164   -304.1178245449 167.9833915707   9.37525703   5208.3
 165   -185.1330366223 118.9847879226   4.15856241   5244.6
 166   -201.2271722084 -16.0941355861   5.68485503   5281.1
 167   -248.2181450620 -46.9909728536   6.57486661   5317.7
 168   -258.2212952321 -10.0031501701   9.90170723   5354.0
 169   -234.7867067489  23.4345884832   6.88614395   5390.3
 170   -216.1366006476  18.6501061013   6.89709800   5426.7
 171   -246.7546707246 -30.6180700771  14.13664916   5463.0
 172   -334.0780314420 -87.3233607173  11.58307618   5499.3
 173   -468.5145654227-134.4365339807  12.40509058   5535.7
 174   -375.0085895628  93.5059758600  14.76313301   5572.1
 175   -280.8698253032  94.1387642595  10.04367762   5608.6
 176   -208.2433855250  72.6264397783   6.76676558   5645.1
 177   -218.7617198700 -10.5183343450   4.54492590   5681.5
 178   -249.8758396645 -31.1141197946   4.98554495   5717.8
 179   -250.2838821701  -0.4080425055   7.42036913   5754.1
 180   -227.2656320722  23.0182500979   6.62141713   5790.5
 181   -224.2442736886   3.0213583836   7.52262512   5826.8
 182   -273.8969042984 -49.6526306098  10.70879131   5863.2
 183   -362.5785480343 -88.6816437359  11.34743287   5899.5
 184   -408.2400933911 -45.6615453568  12.06990323   5936.2
 185   -397.0480978675  11.1919955236  13.40157944   5972.6
 186   -252.0564841284 144.9916137391   8.31537799   6009.0
 187   -211.6732229424  40.3832611860   6.88517686   6045.3
 188   -233.5855707825 -21.9123478401   6.07462320   6081.7
 189   -239.4803075369  -5.8947367545   6.10447318   6118.0
 190   -241.4025888757  -1.9222813387   6.68569157   6154.4
 191   -239.6359785499   1.7666103258   8.43788890   6190.7
 192   -244.9494760997  -5.3134975498  12.98419539   6227.1
 193   -322.4595491763 -77.5100730766   8.24106550   6263.8
 194   -353.1189863416 -30.6594371653   9.64527585   6300.2
 195   -375.4490187041 -22.3300323626  11.05132419   6336.5
 196   -355.0240701194  20.4249485847  11.39978341   6372.9
Полная энергия доходит до +29 Хартри! :-)

2. Если в строчке

Код: Выделить всё

$scf restrict=0 procedure=BFGS iterations=999,999 convergence=1e-10 $end
ключевое слово convergence поставить раньше iterations, то из-за числа "1e-10" секция входного файла не будет прочитана до конца и расчёт не пойдёт.

3. Если в маленькую задачку:

Код: Выделить всё

$system memory=2048 disk=50 path=/tmp $end
$control theory=RIMP2 four=1 basis="basis4.in" task=energy $end
$grid acc=1e-9 $end
$scf restrict=0 conv=1e-10 $end

$molecule charge=0 mult=1 cartesian
 set=L22
   6   0.00019820  -0.27105963  -0.49946877
   1  -0.49673873  -1.25135803  -0.51592016
   1  -0.39133522   0.29616255  -1.35571802
   7  -0.34535244   0.42674023   0.74301809
   1   0.12520784   1.33341575   0.76638407
   1   0.02808578  -0.09223403   1.54003954
   1   1.07993460  -0.44166690  -0.67833465
$end
не добавить строчку

Код: Выделить всё

$integral direct=1 $end
, то ПРИРОДА жалуется, что задача не влезает в память, более крупные задачи влезают без проблем.

4. При распараллеливании RI-MP2-задачи, если в выходном файле в секции

Код: Выделить всё

 time: integral estimates               :     6.1  [     0.8     0.8     0.8     0.8     0.8     0.8     0.8     0.8 ]  99.9%     0.8
     2892490 blocks,    103625770 integrals on node  0
     3681560 blocks,     91256706 integrals on node  1
     3384450 blocks,     99587430 integrals on node  2
     3284560 blocks,     94073242 integrals on node  3
     3050281 blocks,     86236315 integrals on node  4
     3839829 blocks,    104329957 integrals on node  5
     3357365 blocks,     80347849 integrals on node  6
     3755357 blocks,     94130627 integrals on node  7
    27245892 blocks,    753587896 integrals total
на какое либо процесс (ядро) приходится 0 блоков (слишком маленькая задача на указанное число узлов), то задача беспросветно зависает. Похоже, не хватает проверок для "холостых" узлов.

5. Как и в первом случае, что-то не то со сходимостью волновой функции

Код: Выделить всё

$system memory=2048 disk=50 path=/tmp $end
$control theory=CCSD basis="basis.in" task=energy $end
$grid acc=1e-12 $end
$scf restrict=0 conv=1e-10 $end
$integral direct=1 $end

$molecule charge=0 mult=1 cartesian
 set=L1
   6   0.00026675  -0.27111030  -0.49955320
   1  -0.49683616  -1.25150073  -0.51602882
   1  -0.39142200   0.29615992  -1.35590184
   7  -0.34459943   0.42669508   0.74303037
   1   0.12484289   1.33388853   0.76664448
   1   0.02769118  -0.09223271   1.54055607
   1   1.08005679  -0.44189984  -0.67874718
$end

Код: Выделить всё

 +---------------------------------------
 | Number of atoms                      7
 | Charge of molecule                   0
 | Spin multiplicity                    1
 | Number of alpha electrons            9
 | Number of beta  electrons            9
 | Number of core  electrons            2
 | Theoretical Method                CCSD
 | Dimension of wavefunction basis     53
 | Hamiltonian: non-relativistic
 +---------------------------------------

 scf options: conv=1.0e-10, 1.0e-03; iter=48,16
 cut-off for S,T,V integrals: 1.0e-10 (1.0e-08)

 grid: accuracy=1.0e-12,1.0e-05, cut=1.0e-14,1.0e-07, t=0

 Initial Guess
 time: atomic calculations              :     0.0  [     0.0     0.0     0.0     0.0 ]  11.6%     0.0
 time: Orthogonalize                    :     0.0  [     0.0     0.0     0.0     0.0 ] 100.0%     0.0
 time: Initial Guess                    :     0.0  [     0.0     0.0     0.0     0.0 ]  48.2%     0.0

 S,T,V Integrals:
 time: One-Electron Integrals           :     0.0  [     0.0     0.0     0.0     0.0 ]  48.2%     0.0
 s=8.1e-03
 time: integral estimates               :     0.0  [     0.0     0.0     0.0     0.0 ]  54.3%     0.0

 Hartree-Fock Equations:
 it.       energy         change         gradient     change       time     integrals
   0    -94.8019682040   0.0000000000   0.24708204   0.20337853     11.6       778673
   1    -95.1835622499  -0.3815940460   0.06346461   0.04518073     23.7      1098143
   2    -95.2351408142  -0.0515785643   0.05250557   0.01961141     35.9      1098143
   3    -95.2280700144   0.0070707998   0.08452344   0.02597188     48.0      1098143
   4    -95.2332076598  -0.0051376454   0.07810973   0.01866356     60.1      1098143
   5    -95.2339566551  -0.0007489953   0.08194613   0.01049089     72.3      1098143
   6    -95.2358510458  -0.0018943907   0.04106633   0.01426889     84.4      1098143
   7    -95.2307519293   0.0050991165   0.13714784   0.01388675     96.6      1098143
   8    -95.2371963532  -0.0064444239   0.06832694   0.01575085    108.7      1098143
   9    -95.2319596980   0.0052366552   0.15520936   0.01829672    120.8      1098143
  10    -95.2353088392  -0.0033491412   0.15828749   0.04350820    133.0      1098143
  11    -95.2265722236   0.0087366156   0.55515762   0.02699868    145.1      1098143
  12    -95.2314853777  -0.0049131541   0.26468863   0.10856317    157.2      1098143
  13    -95.0670218203   0.1644635575   2.03889069   0.10645599    169.4      1098143
  14    -95.2264108890  -0.1593890688   0.47033245   0.40483911    181.5      1098143
  15    -93.4932543477   1.7331565413   4.17203101   0.35298942    193.7      1098143
  16    -95.2094887139  -1.7162343661   1.05287074   0.50000000    205.8      1098143
  17    -93.7957182303   1.4137704836   5.62765652   0.30124344    217.9      1098143
  18    -94.9739161084  -1.1781978781   2.69499673   0.50000000    230.1      1098143
  19    -94.9225973155   0.0513187930   3.54065147   0.32070180    242.2      1098143
  20    -93.9389850367   0.9836122787   7.70816603   0.50000000    254.3      1098143
  21    -92.4348779515   1.5041070852  14.47537716   0.50000000    266.5      1098143
  22    -92.4499015888  -0.0150236373  15.67997110   0.50000000    278.6      1098143
  23    -92.5105947445  -0.0606931558  17.02586858   0.50000000    290.8      1098143
  24    -92.9553301332  -0.4447353887  17.23387278   0.50000000    303.0      1098143
  25    -93.2822480489  -0.3269179157  16.77084738   0.50000000    315.3      1098143
  26    -90.8637262006   2.4185218483  45.57793628   0.50000000    327.5      1098143
  27    -88.0716577543   2.7920684463  52.00835988   0.50000000    339.7      1098143
  28    -88.2481188880  -0.1764611337  22.96475996   0.50000000    351.8      1098143
  29    -88.8839520879  -0.6358331999  36.30091367   0.50000000    363.9      1098143
  30    -90.3132740882  -1.4293220003  29.75348956   0.50000000    376.0      1098143
  31    -91.0864287095  -0.7731546213  28.72370083   0.50000000    388.2      1098143
  32    -89.9957483371   1.0906803724  47.31570398   0.50000000    400.3      1098143
  33    -89.9555850425   0.0401632947  26.50083353   0.50000000    412.4      1098143
  34    -89.3892971584   0.5662878840  49.71428643   0.50000000    424.5      1098143
  35    -87.7926069004   1.5966902580  56.79818831   0.50000000    436.7      1098143
  36    -87.6600384257   0.1325684747  45.00956371   0.50000000    448.8      1098143
  37    -88.0419908736  -0.3819524479  46.37593625   0.50000000    460.9      1098143
  38    -85.9678935781   2.0740972955  69.01214649   0.50000000    473.0      1098143
  39    -86.2436748473  -0.2757812692  58.86736273   0.50000000    485.1      1098143
  40    -84.8225876958   1.4210871515  79.81572563   0.50000000    497.3      1098143
  41    -83.6972602982   1.1253273976  66.28579254   0.50000000    509.4      1098143
  42    -83.6850388821   0.0122214160  39.09181081   0.50000000    521.5      1098143
  43    -85.2033839375  -1.5183450553  43.72843676   0.50000000    533.7      1098143
  44    -86.1225513159  -0.9191673785  38.43677550   0.50000000    545.8      1098143
  45    -82.7307640700   3.3917872459  66.41290777   0.50000000    558.0      1098143
  46    -81.2822687234   1.4484953466  96.91739045   0.50000000    570.1      1098143
  47    -81.3106478227  -0.0283790993 117.09411778   0.50000000    582.2      1098143

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Сложные случаи с ПРИРОДой

Сообщение amge » Вт июн 23, 2015 8:21 am

1. Действительно, не сходится. Побороть в этом случае можно
task=optimize+hessian
$scf restrict=0 convergence=1e-10 $end
2. А у меня что-то слова iterations и convergence вообще не дружат. Ошибка
*** error in '$scf' : unknown name erations
вне зависимости от порядка этих слов.
3,4. Да, RI-методы (и ridft тоже) почему-то не терпят холостых узлов. Это, конечно, бага, но бороться легко: пускать маленькие задачки на одном ядре.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Сложные случаи с ПРИРОДой

Сообщение EvgeniX » Вт июн 23, 2015 12:22 pm

amge писал(а):1. Действительно, не сходится. Побороть в этом случае можно
task=optimize+hessian
Поборол с помощью сохранения волновой функции в самом начале оптимизации и последующей её загрузки (для уже оптимизированного соединения приближение волн.функции изначально плохое получается. Т.е. по сути аналогичное решение.
amge писал(а):2. А у меня что-то слова iterations и convergence вообще не дружат. Ошибка
*** error in '$scf' : unknown name erations
Вот и я про то же, фокусы какие-то, я ещё сокращения разные пробовал (conv, convergence и т.п.). :-)
amge писал(а):3,4. Да, RI-методы (и ridft тоже) почему-то не терпят холостых узлов. Это, конечно, бага, но бороться легко: пускать маленькие задачки на одном ядре.
В 3-м случае задача с меньшим базисом запускается, с большим тоже!!! А с этим не влезает в память (и узлов меньше-больше пробовал), сколько памяти не укажи (без direct=1) :-)
Последний раз редактировалось EvgeniX Вт июн 23, 2015 2:05 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Сложные случаи с ПРИРОДой

Сообщение amge » Вт июн 23, 2015 12:52 pm

EvgeniX писал(а):В 3-м случае задача с меньшим базисом запускается, с большим тоже!!! А с этим не влезает в память (и узлов меньше-больше пробовал), сколько памяти не укажи (без direct=1) :-)
И в самом деле, и у меня вылетает непонятным с сообщением типа
0: write VMNN(11753704:14042536)?

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Сложные случаи с ПРИРОДой

Сообщение YuraM » Чт сен 01, 2016 11:08 am

не могу получить сходимость волновой функции - пытался почти все

$system mem=1800 disk=-3000
$end
$control
task=optimize
theory=DFT four=1
basis=basis4.in
print=+esr
save=m1_HfCl2_1.chk $end
$guess read=1 $end
$dft functional=pbe $end
$optimize steps=450 tolerance=0.0001,0.0018 $end
$scf
convergence=1e-6,1e-3
iterations=150,150
$end
$grid
accuracy=1e-10 $end
$molecule
mult=1
charge=0
cart
set=L3
72 0.008433410 0.025500880 0.381499460
17 2.175617090 -0.496083250 -0.206629770
17 -2.184050500 0.470582380 -0.174869680
$end
Кто смел тот и съел

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Сложные случаи с ПРИРОДой

Сообщение YuraM » Чт сен 01, 2016 11:09 am

нужен именно этот базис и grid...
Кто смел тот и съел

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей