Gaussian и Linux

[linh8210]

Уважаемые коллеги!
Нам в лаборатории нужно построить кластер из 3 компьютеров и установить на кластере Gaussian. Но мы не знаем как сделать кластер и какой Linux, Gaussian нам нужен.
Подскажите нам пожалуйста, очень прощу!

[linh8210]

нашел здесь несколько вариантов!

ftp://ненадо тут таких ссылок

[VIPer]

да, я оттуда пробовал сборки gaussian09-em64t-legacy-D-01.x86_64.rpm, gaussian09-em64t-sse4_2-D-01.x86_64.rpm - в них линда уже установлена была, насколько я понял, но насколько рабочая, не знаю.

[linh8210]

я уже скачал gaussian09-em64t-legacy-D-01.x86_64.rpm, gaussian09-em64t-sse4_2-D-01.x86_64.rpm. Скажите, пожалуйста, они работают на Linux Redhat 86 и 64?

Как их установить? Как допустить их на кластер? Мы не знаем как соединять компьютеры на кластер.

Спасибо.

[VIPer]

я поставил на чистую openSUSE 13.2 KDE, там тоже система установки приложений редхата, у меня встало, прописал переменные окружения в /home/$username$/.bashrc, как везде советуют. на red hat само собой должно работать. по сути установка сводится к распаковке. он кладёт в /usr/lacal/chem/ папку с программой и ярлык (не знаю, зачем он там нужен, мне он особо не пригодился), и кажется в /usr/bin/ что ли кладёт.. не помню этот момент, врать не буду, но если открыть rpm как архив, там сразу по содержимому будет понятно куда он что распихивает. а, да, ещё надо права дать папке с программой sudo chmod -R 777 /usr/local/chem/g09-64-D01.
кластерами не богат, что там не знаю
но предполагаю, что нужно как минимум начать установку дистра на все компьютеры/ноды кластера.. а как там дальше настройка уже идёт, не подскажу, к сожалению.

[VIPer]

уважаемые коллеги! кто-нибудь преуспел в настройке и запуске расчётов с помощью linda на нескольких компьютерах в сети?
есть две машины, обе под openSUSE 13.2 KDE, установлен пакет g09 c оптимизацией SSE4-2 и линдой.
насколько понял из мануала, можно несколькими способами запускать параллельный расчёт.
пробую в input указать %LindaWorkers=node1:4,node2:6 (запускаю на node1, на нём 4 ядра, на второй машине 6 ядер).
процесс запускается только на одном ядре нода1. в ауте пишет:
[cut]%mem=4GB
%LindaWorkers=quad:4,dell-xeon:6
SetLPE: input flags=""
SetLPE: new flags="-mp 6 -nodelist 'quad dell-xeon' -opt 'Tsnet.quad.speedfactor: 4' -opt 'Tsnet.dell-xeon.speedfactor: 6'"
Will use up to 10 processors via Linda.[/cut]
добавляю nprocshared=4, запускается на ноде1 на 4 ядрах. при этом в ауте пишет:
[cut]%NProcShared=4
Will use up to 4 processors via shared memory.
%mem=4GB
%LindaWorkers=quad:4,dell-xeon:6
SetLPE: input flags=""
SetLPE: new flags="-mp 6 -nodelist 'quad dell-xeon' -opt 'Tsnet.quad.speedfactor: 4' -opt 'Tsnet.dell-xeon.speedfactor: 6'"
Will use up to 10 processors via Linda.[/cut]
я в принципе понял конечно, что в nprocshared должно быть сколько ядер на каждой ноде, а то что после двоеточия в LindaWorkers указывается - как бы коэффициент (при этом не знаю, может ли он быть дробным?), чтобы получать общее количество ядер на ноде, умножив на nprocshared. но у меня так как-то не особо работает.
но при любых комбинациях не получается на второй машине запустить расчёт. при этом на мастер-ноде он запускается, и ошибок никаких не выводит. куда копать - не знаю, честно говоря.
пробовал через указание в скрипте -w="node1:4,node2:6" -p="10" - то же самое по сути.
%UseSSH тоже ничего не даёт.
вторая машина по SSH доступна, через него подключаюсь и мониторю через top процессы.
буду признателен за любую помощь!