ChemBioOffice и ИК-спектроскопия

[Иван_2911]

Доброго времени суток! Помогите пожалуйста в следующем вопросе:
Очень нужно построить ИК-спектр молекулы. Молекулу построил, расчет выполняю через Gaussian с помощью метода функционала плотности DFT/B3LYP ,базис 6-31G. Расчет длится около 2-3 часов, завершается успешно, в ChemBio 3D можно просмотреть результаты расчета. Среди результатов есть таблица, по которой должен строиться расчетный ИК-спектр, то есть зависимость пропускания(Transmittance (%)) от волнового числа (Wavenumbers). (см.прикрепленный файл). Но графическое представление спектра программа так и не может выдать, объясняет это следующим сообщением: "error: Cannot produce IR Spectrum because the geometry is not at a stationary point! (one or more negative frequency detected)". Из этого сообщения я понял, что построить спектр по получившимся данным программе мешает присутствие волновых чисел с отрицательным знаком (см.прикрепленный файл).
Вопрос состоит в том, как мне уйти от этой ошибки и получить графический ИК-спектр? Может быть дело в построении модели молекулы? и что значит "геометрия не в стационарной точке"(перевод сообщения об ошибке)?
Очень надеюсь на помощь, заранее благодарю!

P.S. Пробовал производить расчеты другими методами, отличными от DFT, но от ошибки не избавился

[duke2003]

используйте Gaussian View для визуализации спектра.

[tabaki321]

Добрый день
Наличие мнимых частот (отрицательный знак) означает, что необходимо продолжить оптимизацию геометрии. Скорее всего надо задать более строгие критерии сходимости. При этом рассчитанный вами гессиан (с отрицательными частотами) можно будет использовать при продолжении оптимизации (это существенно ускорит спуск к минимуму). Как это делают в гауссиане не знаю, так как никогда им не пользовался. Визуализацию спектра можно проводить и в chemcraft-е (о чем Вы наверное и без меня знаете); он построит спектр и при наличии отрицательных частот (но толку от такого спектра немного, так как структура не оптимизирована).

Вот нашел в одном файле, что структуру оптимизировали и рассчитывали спектр в гауссиане со следующими ключ. словами:
opt=Tight Int=UltraFine freq=(intmodes) b3lyp/6-31g(d)

[alxyppv]

Судя по набору частот, Вы или вообще не проводили оптимизацию, или она привела Вас к какой-то очень странной структуре. Но первое мне почему-то кажется более вероятным Без предварительной оптимизации расчет гессиана с целью получения ИК спектра не имеет смысл. Стационарная точка - тока с нулевый градиентом (в том числ мимнимум энергии, но м.б. и переходное состояние). Если Вас предупреждают, что geometry is not at a stationary point, это значит что градиент слишком большой

[АлександрI]

в ChemBio 3D можно просмотреть результаты расчета.

Можно, но для этого надо иметь лицензию дорогущую. Поделитесь опытом, как вам удалось её получить. Я как-то на Форуме упомянул, что имел контакт с этой фирмой: пренеприятнейшая история...

[surius]

opt=Tight Int=UltraFine freq=(intmodes) b3lyp/6-31g(d)

Внёсу и свои 5 копеек: сильно рекомендую вам не связываться с сеткой интегрирования. С одной стороны это нужно для совсем крайних случаев, а с другой, если вы решила считать ещё что либо, вам придётся таскать за собой эту кастомную сетку, в противном случае сравнивать результаты не выйдет- ибо DFT.
А так, как уже говорили товарищи ранее, переоптимизируйте.

[ Post made via Android ]