Ошибка BAD DELOCALIZED COORDINATES GENERATED

[logos2012]

Здравствуйте, помогите разобраться в проблеме.

Запускаю процесс оптимизации геометрии комплекса каталитический центр - субстрат (протокатеховая кислота). Программа - Firefly / Gamess. Входной файл следующий:

$contrl exetyp=check runtyp=OPTIMIZE SCFTYP=UHF coord=zmtmpc nzvar=213 $end
$contrl ICHARG=0 MULT=1 $end
$system memory=140000000 timlim=90000 $end
$BASIS GBASIS=sto ngauss=2 $end
$ZMAT AUTO=.T. DLC=.T. nonvdw(1)=15,64 nonvdw(1)=15,8 $end
$ZMAT nonvdw(1)=15,10 nonvdw(1)=15,16 nonvdw(1)=15,17 nonvdw(1)=15,18 $end
$statpt opttol=1d-5 nstep=195 hssend=.t. $end
$DATA
Lebedev_PCA_intradiol_begin_0_(Pol-Rib)_ex.mop
C1
C 0.000000 0 0.000000 0 0.000000 0 0 0 0
C 2.428741 1 0.000000 0 0.000000 0 1 0 0
C 1.407049 1 89.850444 1 0.000000 0 2 1 0
C 1.420784 1 29.744970 1 177.679531 1 1 2 3
C 1.406720 1 119.899640 1 359.096133 1 3 2 4
C 1.423555 1 119.736595 1 5.316919 1 1 4 2
C 1.480853 1 119.628717 1 180.844078 1 3 2 4
O 1.372748 1 119.688008 1 181.875016 1 1 4 2
C 4.014043 1 62.406569 1 243.560886 1 1 4 2
N 1.382503 1 33.801558 1 240.587928 1 9 1 4
C 1.395635 1 107.520999 1 234.323247 1 9 10 1
C 1.359837 1 110.441771 1 1.061902 1 10 9 11
N 1.398867 1 106.159863 1 359.646285 1 11 9 10
C 1.464240 1 129.202311 1 177.485207 1 11 9 10
Fe 1.878451 1 82.738460 1 92.787906 1 8 1 4
O 1.810989 1 129.950259 1 5.515160 1 15 8 1
O 1.848314 1 159.221497 1 175.632226 1 15 8 1
N 1.908462 1 89.939408 1 94.797994 1 15 8 1
C 1.358139 1 123.853850 1 34.824965 1 18 15 8
C 1.383613 1 124.997637 1 203.257748 1 18 15 8
N 1.387557 1 106.690189 1 171.008930 1 19 18 15
C 1.392647 1 107.527974 1 189.400072 1 20 18 15
C 1.473206 1 129.016591 1 180.289048 1 22 20 18
C 1.364061 1 99.297639 1 2.603451 1 17 15 8
C 6.836193 1 116.366763 1 229.362477 1 1 4 2
C 1.399681 1 73.107435 1 252.990187 1 25 1 4
C 1.399700 1 120.846961 1 186.331929 1 24 17 15
C 1.397041 1 119.927504 1 1.158280 1 26 25 27
C 1.417558 1 118.451606 1 4.470925 1 24 17 15
C 1.485374 1 119.914439 1 182.067388 1 26 25 27
C 5.504684 1 20.765965 1 346.907422 1 1 4 2
C 1.407324 1 114.157118 1 323.908303 1 31 1 4
C 1.410886 1 119.119125 1 42.759604 1 31 32 1
C 1.371944 1 121.489642 1 0.615822 1 32 31 33
C 1.376087 1 119.974512 1 359.163800 1 33 31 32
C 1.434730 1 121.522639 1 359.924210 1 34 32 31
O 1.387739 1 116.994889 1 181.585135 1 35 33 31
O 5.085622 1 112.649087 1 302.002818 1 15 8 1
C 1.452229 1 121.864933 1 180.322491 1 31 32 34
O 1.230097 1 130.289668 1 179.159306 1 39 31 32
O 1.363362 1 118.312082 1 359.475784 1 39 31 32
H 1.102948 1 119.745700 1 179.221166 1 2 3 5
H 1.096216 1 119.926067 1 188.466450 1 4 1 6
H 1.096034 1 119.406510 1 182.519111 1 5 3 2
H 1.094382 1 120.345533 1 172.547098 1 6 1 4
H 1.099872 1 110.229222 1 69.318663 1 7 3 2
H 1.097382 1 112.387495 1 189.470581 1 7 3 2
H 1.098694 1 110.851245 1 310.525793 1 7 3 2
H 1.094689 1 122.572501 1 181.493584 1 9 10 12
H 1.096928 1 125.437541 1 180.182476 1 12 10 9
H 0.987372 1 125.195177 1 176.020743 1 13 11 9
H 1.097602 1 113.058197 1 149.683378 1 14 11 9
H 1.133602 1 110.970911 1 269.854263 1 14 11 9
H 1.096381 1 110.554665 1 28.169300 1 14 11 9
H 0.959268 1 107.328570 1 330.677497 1 16 15 8
H 1.099520 1 124.563698 1 350.546040 1 19 18 15
H 1.096843 1 121.678035 1 8.028864 1 20 18 15
H 0.987406 1 125.327347 1 179.393152 1 21 19 18
H 1.098776 1 112.169815 1 224.934298 1 23 22 20
H 1.098438 1 110.222098 1 344.847647 1 23 22 20
H 1.099429 1 111.051509 1 104.130782 1 23 22 20
H 1.095876 1 119.345447 1 180.919058 1 25 26 28
H 1.094913 1 120.286289 1 357.256294 1 27 24 17
H 1.095877 1 119.704667 1 178.791112 1 28 26 25
H 1.152203 1 123.354446 1 3.988824 1 29 24 17
H 1.098022 1 111.930725 1 204.523967 1 30 26 25
H 1.097879 1 111.833009 1 325.394702 1 30 26 25
H 1.099002 1 110.151515 1 84.983403 1 30 26 25
H 1.096175 1 119.440386 1 180.553687 1 32 31 33
H 1.098183 1 119.373443 1 179.101376 1 33 31 32
H 1.094552 1 120.240559 1 180.169726 1 34 32 31
H 0.950121 1 105.335817 1 205.674882 1 37 35 33
H 0.953295 1 106.731809 1 179.706053 1 41 39 31
$end

На выходе выдает следующую ошибку:


ERROR: BAD DELOCALIZED COORDINATES GENERATED!!!
419 PRIMITIVE INTERNAL COORDINATES ARE BEING USED.
207 LINEARLY INDEPENDENT COMBINATIONS OF THESE ARE FOUND.
213 COORDINATES ARE NEEDED TO HAVE A TOTAL OF 3N-6.

IF THE NUMBER OF LINEARLY INDEPENDENT COOORDS IS TOO SMALL,
ADD SOME COORDINATES BY -NONVDW- TO CONNECT MONOMER PIECES
(ESPECIALLY IF YOU ARE SHORT BY A MULTIPLE OF 6), OR ELSE
USE -IXZMAT- TO ADD EXTRA PRIMITIVE COORDINATES.

IF THE NUMBER OF LINEARLY INDEPENDENT COOORDS IS TOO BIG,
TRY USING -IRZMAT- TO REMOVE SOME PRIMITIVE COORDINATES.

THE FOLLOWING IS DEBUGGING INFORMATION.
TO BE KEPT, A DLC EIGENVALUE MUST EXCEED 1.0000E-05
THE FIVE LARGEST EIGENVALUES DISCARDED=
4.6762E-16 7.0792E-16 8.3728E-16 2.3698E-15 1.1266E-14
THE FIVE SMALLEST EIGENVALUES KEPT =
1.6903E-03 5.4012E-03 7.5202E-03 8.6728E-03 1.0590E-02

Что нужно сделать, чтобы исключить ошибку? Если возможно - ответить простым языком, так моделированием начал заниматься недавно.

Заранее спасибо.

[VTur]

Правда посмотреть строение вашей краказяблы мне сейчас не на чем, поэтому несу отсебятину
Если дело только в задании координат, то можно предложить:
а) уменьшите развернутые углы градусов на 5 - изогните молекулу, линейная зависимость уменьшится
б) первое не помогло - перенумеруйте атомы (переставьте строки для декартовых координат), присвоив 1 самому крайнему, и старайтесь сделать так, чтобы при увеличении на единицу атомы образовали последовательную цепочку. В Гауссиане такие двугранные углы соответсвуют идентификатору 0. У Вас, возможно, много двугранных углов -1 или +1

[sanya1024]

Вообще-то, контакты в группе $ZMAT надо задавать так: nonvdw(1)=15,64, 15,8, 15,10, 15,1, 15,17, 15,18 (задан массив пар атомов, к-рые полагаем в данной молекуле связанными, пробелы добавлены для удобочитаемости). Дело вот в чем: ключом nonvdw(1)=15,64, Вы задаете первую пару связанных атомов (15 и 64). Если затем следует nonvdw(1)=15,8 -- это означает что теперь первая пара связанных атомов -- 15 и 8, а предыдущее значение (15 и 64) забыто. И т.д. Т.е., в Вашем варианте инпута Вы несколько раз задали только одну пару атомов -- вряд ли Вы этого хотели.
Еще одно предложение -- не морочиться с z-матрицами, а задавать геометрию в декартовых координатах. Тогда любое ненулевое nzvar плюс $ZMAT AUTO=.T. DLC=.T. плюс контакты nonvdw(1) в должном количестве позволят корректно сгенерить делокализованные координаты автоматически.

[logos2012]

Спасибо за совет, попробуем