Нужна Ваша помощь по моделировании структуры в HyperCHEM

[redfermi2012]

Здравствуйте! Нужна Ваша помощь по следующему вопросу. При моделировании структур кофеина (1,3,7-триметилксантин), теофиллина (1,3-диметилксантин), метилурацила (6-метилпиримидин-2,4(1H,3H)-дион) и пентоксила (4-Метил-5-оксиметилурацил) в программе HeperCHEM возник вопрос: указывать двойные связи или дополнительно и их ароматичность.Однозначного ответа насчет ароматичности данных структур я не получил (в литературе есть полностью противоречущие друг другу сведения). Будут ли существенно различаться результаты расчетов, если, например, не указать, что связь ароматична, а указать, что она двойная, а на самом деле это не так?Например, если исследовать электронные спектры молекул, проводить вычисление геометрии возбужденного триплетного состояния и т.д. Если результаты будут существенно отличаться, то что Вы можете посоветовать в данном случае? Как избежать ошибок? Заранее благодарен за ответы.

[starless]

Всегда рисуйте кекулизованные формы, если это возможно, и после этого проверяйте типы атомов. В нормальных расчётных программах (не знаю, как в гиперкеме) автоматическое распознавание типов в таких простых структурах прекрасно работает.

[sanya1024]

Для квантовой химии (полуэмпирика, неэмпирика) это без разницы. Для мол. механики -- зависит от силового поля.

[redfermi2012]

Большое спасибо за Вашу помощь!!!

Для квантовой химии (полуэмпирика, неэмпирика) это без разницы. Для мол. механики -- зависит от силового поля.

А для какого силового поля не имеет значения?

[sanya1024]

Думаю, для UFF какого-нибудь... его в HyperChem нет. Для тех полей, что там есть, легко проверить: нарисовать бензол с чередующимися связями и с "ароматикой" и соптимизировать интересующим силовым полем.