SIESTA на Core 2 Duo

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
mclaudt
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Ср сен 24, 2008 9:40 am

SIESTA на Core 2 Duo

Сообщение mclaudt » Сб сен 27, 2008 4:23 pm

Скомпилировал параллельную версию SIESTA
Ubuntu 7.10, Intel Core 2 Duo.
Использовал:
Intel Fortran Compiler
Intel C++ Compiler
MPICH2
LAPACK (не ATLAS-овский)
BLACS
SCALAPACK

Однако после запуска по команде "mpiexec -np 2 <...>" (то есть на два процессора) в выходном файле указано что выполняется serial version. И при расчете загрузка обоих CPU чередуется и никогда не бывает одновременно стопроцентной.

Вопрос: кто запускал SIESTA в параллельном режиме на настольном двухъядернике?
Сколько процессоров вы указывали в команде mpiexec?
Удавалось достичь максимальной загрузки обоих ядер?

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: SIESTA на Core 2 Duo

Сообщение Darth Vasya » Вс сен 28, 2008 8:55 pm

У меня под LAM-MPI отлично всё работает. Кстати, настоятельно рекомендую линковать не нетлибовские библиотеки, а нормальный MKL или хотя бы ACML.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

mclaudt
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Ср сен 24, 2008 9:40 am

Re: SIESTA на Core 2 Duo

Сообщение mclaudt » Вс сен 28, 2008 9:20 pm

Отлично! И что, не пишет в выходном файле "Serial mode"?
А, позвольте узнать, MKL какой версии? Он ведь бесплатен (под линукс)?
Я правильно понимаю, что MKL заменяет собой BLACS LAPACK BLACK и SCALAPACK?
Или все же SCALAPACK надо ставить отдельно?
Подскажите , пожалуйста, а то совсем в мануалах утоп. )

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: SIESTA на Core 2 Duo

Сообщение Darth Vasya » Пн сен 29, 2008 12:26 am

MKL 10, в ней есть всё необходимое для Сиесты.

make clean делали, перед тем как параллельную версию компилить?
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 12 гостей