Проблема с файлом контрольной точки в Gaussian 09w

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Андрей Васин
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср ноя 16, 2016 10:14 am

Проблема с файлом контрольной точки в Gaussian 09w

Сообщение Андрей Васин » Ср ноя 16, 2016 11:22 am

Добрый день уважаемые коллеги, начал работать с программой Gaussian 09w A-02 SMP ver. 7.0 (для Windows) и при расчёте кристаллической решётки апатит германата столкнулся с тем, что, насколько я понял, программа не может получить данные из файла контрольной точки (с расширением .chk). Если не использовать команды типа "Guess=Read" и "Geom=Allcheck", то расчёт запускается нормально. Файлы input (в виде текстового документа) и .log прилагаются. Заранее благодарю всех отписавшихся.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
VIPer
Сообщения: 387
Зарегистрирован: Вт фев 13, 2007 10:17 pm

Re: Проблема с файлом контрольной точки в Gaussian 09w

Сообщение VIPer » Ср ноя 16, 2016 12:15 pm

попробуйте убрать пробел из имени файла и пути к rwf и chk вообще, либо всё в кавычки поставьте, там где пробел.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с файлом контрольной точки в Gaussian 09w

Сообщение Гесс » Ср ноя 16, 2016 1:14 pm

Как называется чекпоинт файл который вы до этогосоздали в C:\g09w\ ?
Переименуйте так чтоб не было пробелов и укажите это имя при считывании в инпуте.

Из общего - расчет периодических систем в гауссиане идея вообще плохая, а систем такого размера - однозначно плохая. Подумайте о кодах нацеленных на периодические расчеты.
Кроме того жуткий зоопарк ключей в инпуте opt=(calcfc,cartesian,maxcycle=200,restart) freq=anharmonic b3lyp/genecp guess=read maxdisk=50GB geom=(connectivity,allcheck) 10f 6d extrabasis integral=grid=600974 iop(4/5=7) scf=(conver=4,xqc,maxcycle=200) вызывает подозрения. Вы либо оооочень хорошо знаете что вы делаете либо совсем наоборот.

Андрей Васин
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср ноя 16, 2016 10:14 am

Re: Проблема с файлом контрольной точки в Gaussian 09w

Сообщение Андрей Васин » Ср ноя 16, 2016 2:05 pm

To Гесс. Спасибо, чекпоинт файл назыается также. В общем задача была оптимизировать структуру элементарной ячейки с моделированием ИК-спектра. Restart был добавлен для того,чтобы перезапустить расчёт из контрольной точки в случае если условие сходимости (которое я в этот раз сделал более грубым) не будет выполнено так как при 1-ой попытке расчёта (с более грубой grid) после 11-и дней расчёт не сошёлся. А какие программы вы порекомендуете для расчёта таких систем?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с файлом контрольной точки в Gaussian 09w

Сообщение Гесс » Ср ноя 16, 2016 3:19 pm

Как "также"? Гауссиан не любит пробелы в названии или после названия чекпоинт файла. Это должно решаться простой переименовкой файла и редактированием названия в инпуте.
Restart вызывает перезапуск, его ненадо вставлять в инпут который запускается в первый раз. Да и вообще restart редко когда нужен, обычно достаточно считывать данные из чекпоинта.
Расчет мог несойтись по многим разным причинам и сетка лишь одна из них. Вы одновременно меняет scf-алгоритм, критерий сходимости, почему то число scfциклов, сетку интегрирования, делаете чтото через iopы, заказываете очень дорогой ангармонический спектр, расчет в картезиановых координатах вместо внутренних и кучу прочей мелочи. Я не уверен что это заработает как вам хочется даже когда вы решите проблему со сходимостью. Даже если мы скажем что вы будете проходить scf процедуру за день, то оптимизация займет недели, а ангармонические частоты - страшно подумать.
Я пока не занимаюсь периодическими расчетами, но насколько я знаю, к наиболее популярным относятся бесплатный Quantum ESPRESSO, платные VASP и WIEN2k, а также Crystal и Castep условия которых я не помню.
Как минимум большинство этих кодов plane-wave, то есть заточенные к периодическим системам в противовес орбитальным прогам обычно используемых для конечных молекул.
Чисто на всякий случай упомяну что если у вас нет лицензии на Гауссиан то публикация с гауссианом вызовет сложности.

Андрей Васин
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср ноя 16, 2016 10:14 am

Re: Проблема с файлом контрольной точки в Gaussian 09w

Сообщение Андрей Васин » Ср ноя 16, 2016 3:40 pm

Также в смысле 63 gapatite.chk. Про пробелы понял, спасибо. Советы учту.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с файлом контрольной точки в Gaussian 09w

Сообщение Гесс » Ср ноя 16, 2016 3:41 pm

касательно использованного IOP - Read intermediate SCF results which are on the checkpoint file - может быть не лучшей идеей если scf осцилировал или сходился к чему то нездоровому.

Ну назовите его в обоих местах 63_gapatite.chk, может и заведется.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 63 гостя