Quantum Espresso: поделитесь успешным опытом сборки 64bit

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Metalian
Сообщения: 115
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Quantum Espresso: поделитесь успешным опытом сборки 64bit

Сообщение Metalian » Чт апр 03, 2014 10:00 am

Требуют от меня (и совершенно справедливо) начать считать периодикой, и решил я освоить Quantum Espresso.
Но бинарников его разработчики не выкладывают, только сорцы. Попробовал собрать.
Машина AMD FX 8150 / 32Gb RAM / дешевая видюха на Nvidia (остальное, думаю, не важно).
Для начала была у меня достаточно грязная версия Ubuntu (обновленная до 13.10, исходно была 12.10, кажется, с некоторым количеством 32-битных библиотек и 32-битным mpich2, собранным ради FireFly). Линкеру не нравились некоторые библиотеки. Потыркавшись со сносом и повторной установкой из репозитория разных видов пакетов, забил, снес систему и поставил 64-битный Mint 16. Поставил из репозитория 64-битный OpenMPI, а также добавил всякие там ATLAS, ScaLAPACK и т.д. Компиляторы - gfortran / gcc 4.8.1. Во-первых, configure почему-то упорно не находит Parallel Environmet. Будь то 1.6.4, будь то 1.4.5. Попробовал MPICH2 1.4.1 - все равно не видит. Хотя mpi-компиляторы вполне себе находит. Во-вторых (думаю, пусть будет хотя бы однопроцессорная версия на первое время), при сборке ld ругается на несовместимые библиотеки. Проверяю командой file все библиотеки, на которые ругается ld - все оказываются x86_64. Данную опцию в параметрах configure на всякий случай прописываю (хотя тип машины и так определяется правильно) - разумеется, то же самое. Нахожу на форумах упоминания, что несовместимости могут быть при использовании разных версий компиляторов. Решаю пересобрать из сорцов все зависимости, заодно контролируя все. Собираю OpenMPI 1.8. Ставлю ACML. Почему-то при этом configure не видит ни BLAS, ни LAPACK, да и whereis не находит. Ладно, собираю из сорцов BLAS и LAPACK. Хотел еще и fftw3, но система не дала снести текущую версию, так что забил (или надо было тоже собрать, и в opt загнать в компанию к BLAS и LAPACK?). Потом надо было собрать ScaLAPACK. В какой-то момент компилятор выругался. Гуглением пришел к необходимости добавить в систему один 32-битный пакет (сейчас не вспомню уже, какой). Добавил. ScaLAPACK все равно не собирается, теперь ругается на целую кучу несовместимых библиотек (а они 64-битные, и ScaLAPACK собирается 64-битный).
В упор не могу понять, что я не так делаю, да и, собственно, на данном этапе проще поставить с нуля систему, лишь бы за несколько дней максимум получить работающую программу.
В принципе, мне все равно, что ставить: Debian (Ubuntu, Mint), AltLinux, SuSe, хоть Gentoo или FreeBSD (единственное ограничение - должна быть возможность драйвер для видюхи поставить, в Debian-семействе это решается легко, в остальных хуже, а в ScientificLinux я так и не смог загрузиться в консоли, чтобы из нее поставить драйвер), лишь бы ценой разумного минимума итераций получить то, что надо, и чтобы оно нормально работало. А как ставить пакеты: из репозитория, из портов или из сорцов - дело десятое.
Если у кого-то есть удачный опыт сборки Quantum Espresso, то поделитесь, пожалуйста, своим алгоритмом действий.
Прошу не предлагать ставить 32-битную систему!

Metalian
Сообщения: 115
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Quantum Espresso: поделитесь успешным опытом сборки 64bi

Сообщение Metalian » Пн апр 07, 2014 3:05 pm

Все, разобрался. Как-то собралось и без Scalapack, но с OpenMPI. Будем играться.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя