NwChem (версия 6.3)

[darkchemist]

Помогите пожалуйста с правильным составление инпута для поиска переходного состояния. Я использовал следующий:

Код: Выделить всё

start molecule

title "ts1"

geometry units angstroms print xyz autosym
o       -0.043060000      1.666286000      0.006812000
n       -0.949051000     -0.542921000     -0.050711000
h        0.536254489     -1.512174227     -0.251776602
c       -0.178832000      0.495607000     -0.107686000
o        1.469097489     -0.808481227     -0.445969602
c        2.597400489     -0.740739227      0.424679398
h        2.926579489      0.299096773      0.478723398
h        2.346032489     -1.096936227      1.429665398
h        3.395947489     -1.353359227      0.003688398
c       -2.383896000     -0.460963000      0.164633000
h       -2.675073000     -1.132331000      0.975732000
h       -2.686820000      0.556189000      0.427246000
h       -2.922817000     -0.763406000     -0.737820000
end

basis
  * library 6-31G*
end

dft
  xc b3lyp
  mult 1
iterations 300
 direct
 convergence energy 1d-8
 grid fine
end

task dft saddle freq

однако на выходе получил слишком много мнимых частот.

[amge]

Не очень удачное начальное приближение. Попробуйте это (найденное Природой):

Код: Выделить всё

 O   0.08858816   1.97320476  -0.25153253
 N  -0.88796801  -0.22530557  -0.22584933
 H   0.21555736  -0.89230711  -0.50839148
 C  -0.09724140   0.80213168  -0.32521684
 O   1.22533914  -0.27056905  -0.74454446
 C   2.25803493  -0.27197805   0.24559421
 H   2.64301136   0.75489364   0.35799325
 H   1.89095301  -0.62571819   1.22708224
 H   3.07646111  -0.92593587  -0.09481791
 C  -2.31769322  -0.10014615   0.02813926
 H  -2.61019893  -0.76160682   0.85921745
 H  -2.58583654   0.93564837   0.29494871
 H  -2.89900697  -0.39231162  -0.86262257

darkchemist.L1.IRC.xyz

[darkchemist]

Спасибо, так получилось одна мнимая. Нормально ли что получаются еще 6 нулевых частот?

Код: Выделить всё

----------------------------------------------------------------------------
 Normal Eigenvalue ||    Projected Derivative Dipole Moments (debye/angs)
  Mode   [cm**-1]  ||      [d/dqX]             [d/dqY]           [d/dqZ]
 ------ ---------- || ------------------ ------------------ -----------------
    1    -1587.531 ||       0.168              -5.364            -0.143
    2       -0.000 ||      -0.013              -0.072            -0.006
    3       -0.000 ||       0.020               0.044             0.025
    4       -0.000 ||       0.012               0.078             0.002
    5       -0.000 ||      -0.105               0.017            -0.189
    6        0.000 ||       0.071              -0.007             0.128
    7        0.000 ||       0.018               0.091             0.010
    8      138.352 ||      -0.120               0.386             0.219
    9      165.140 ||      -0.023              -0.319             0.160

[amge]

Скорее всего, это три трансляции и три вращения молекулы как целого. Если так, то всего должно быть 3N частот.

[Гесс]

Их и есть. 38 (от 1ой мнимой до 39ой) при 13 атомах.