Как заморозить углы в рачётах при помощи pc gamess?

[Rusia]

Возник следующий вопрос: как задать расчёт барьера таутомерного перехода? причём нет желания морозить 10 разичных длин связей для одного атома. (создавать 10 молекул) а задать через з-матрицу одну координату, которая будет менятья с определённым шагом.

Нужно просто название команды- дальше думаю сам смогу уже разобраться в мануале.

[Rusia]

Пока создал несколько файлов, но надеюсь, что подскжите, как запустить расчёт барьера таутомерии.

[VTur]

При таутомерии замораживать ничего не надо. Нужно иметь две оптимизированные геометрии: начальную и конечную. И искать путь из первой во вторую. В Гаусиане используйте Opt(tight, QST2). Барьер будет найден автоматически. Во входном файле две геометрии, и всё.

[Rusia]

При таутомерии замораживать ничего не надо. Нужно иметь две оптимизированные геометрии: начальную и конечную. И искать путь из первой во вторую. В Гаусиане используйте Opt(tight, QST2). Барьер будет найден автоматически. Во входном файле две геометрии, и всё.

Ну это понятно. Но есть вариант- я морожу на расстоянии 1,9 ангстрем, дальше происходит полная оптимизация, потом идёт расчёт уже на расстоянии 1,8 ангстрем от атомов. Разве нельзя задать это 1 инпутом?

И ещё гаусиана у меня нету.

[VTur]

При таутомерии замораживать ничего не надо. Нужно иметь две оптимизированные геометрии: начальную и конечную. И искать путь из первой во вторую. В Гаусиане используйте Opt(tight, QST2). Барьер будет найден автоматически. Во входном файле две геометрии, и всё.

Ну это понятно. Но есть вариант- я морожу на расстоянии 1,9 ангстрем, дальше происходит полная оптимизация, потом идёт расчёт уже на расстоянии 1,8 ангстрем от атомов. Разве нельзя задать это 1 инпутом?
И ещё гаусиана у меня нету.

Можно и так.
Можно по-другому. Найдите переходное состояние любым методом, посмотрите какая внутренняя координата меняется больше всего. Её морозьте и спускайтесь в обе стороны с ПС к реагентам и продуктам. Так будет быстрее.

[Hitman]

Решил написать здесь, чтобы не создавать новую тему. Вопрос такой: я имею набор внутренних координат,
в виде z-матрицы, как можно узнать их общее количество и какая координата чему соответствует?
Например, у меня есть структура (см. файл), я пролучил из нее Z-матрицу. Где в этой матрице будет угол
С2 9 - С5 12 S1 1- C613, собственно который я и хотел заморозить? Заранее спасибо!
mol 1
atom 1 S1 S S2 h 0 -0.3708043338 -1.9525349805 0.8805563077 2 12 s 13 s
atom 2 N1 N N3 h 0 -4.0215870187 0.9174409683 -0.5904535397 3 8 s 10 s 19 s
atom 3 N2 N N3 h 0 -3.5433553888 -0.7554536254 0.7814005595 2 8 s 9 s
atom 4 N3 N N3 h 0 1.9132373917 -0.9033181104 -1.1807280122 3 14 s 15 s 27 s
atom 5 N4 N N3 h 0 3.7292372931 -0.0641408595 0.0040541477 3 15 s 16 s 29 s
atom 6 N5 N N3 h 0 1.8190524402 1.2690427018 -0.3832768667 2 15 s 17 s
atom 7 N6 N N3 h 0 2.9169865565 3.1776926445 0.7939295704 1 17 s
atom 8 C1 C CR h 0 -4.4886597682 -0.1874263451 0.0699619222 3 2 s 3 s 18 s
atom 9 C2 C CR h 0 -2.4063905046 0.0117627702 0.5792679566 3 3 s 10 s 12 s
atom 10 C3 C CR h 0 -2.6795074995 1.0640982092 -0.2786450814 3 2 s 9 s 11 s
atom 11 C4 C C4 h 0 -1.8654668108 2.2056369935 -0.7969787174 4 10 s 20 s 21 s 32 s
atom 12 C5 C C4 h 0 -1.1172945786 -0.2928334524 1.2657879014 4 1 s 9 s 22 s 23 s
atom 13 C6 C C4 h 0 -0.3515872231 -1.9555323182 -0.9512083629 4 1 s 14 s 24 s 25 s
atom 14 C7 C C4 h 0 0.5272965926 -0.8981303588 -1.6315618506 4 4 s 13 s 26 s 28 s
atom 15 C8 C CR h 0 2.4818856156 0.1255872462 -0.4993214321 3 4 s 5 s 6 s
atom 16 C9 C C4 h 0 4.4876254732 -1.3005200907 -0.0573457835 4 5 s 30 s 31 s 33 s
atom 17 C10 C ** h 0 2.4244371714 2.2660365621 0.2444702039 2 6 s 7 s
atom 18 H1 H H h 0 -5.5172748645 -0.5224614340 -0.0083030056 1 8 s
atom 19 H2 H HN h 0 -4.5591165161 1.5264745802 -1.1912191769 1 2 s
atom 20 H3 H H h 0 -1.9332023637 2.2864954300 -1.8924451535 1 11 s
atom 21 H4 H H h 0 -0.8085197803 2.0800316504 -0.5389948889 1 11 s
atom 22 H5 H H h 0 -0.3744798537 0.4852603354 1.0623171276 1 12 s
atom 23 H6 H H h 0 -1.2659512963 -0.3469722173 2.3519007968 1 12 s
atom 24 H7 H H h 0 -1.3783248311 -1.8496338385 -1.3261172265 1 13 s
atom 25 H8 H H h 0 -0.0139855924 -2.9683199454 -1.2149297944 1 13 s
atom 26 H9 H H h 0 0.5029898474 -1.0738314192 -2.7183133654 1 14 s
atom 27 H10 H HN h 0 2.3706457292 -1.8005781620 -1.1192823381 1 4 s
atom 28 H11 H H h 0 0.1400860892 0.1065397399 -1.4550531065 1 14 s
atom 29 H12 H HN h 0 4.1205527820 0.7271665759 0.4990187597 1 5 s
atom 30 H13 H H h 0 4.6854976059 -1.6042316353 -1.0968753937 1 16 s
atom 31 H14 H H h 0 5.4521298999 -1.1355628108 0.4326032460 1 16 s
atom 32 H15 H H h 0 -2.1977283154 3.1656863746 -0.3740928460 1 11 s
atom 33 H16 H H h 0 3.9772621203 -2.1217593952 0.4700739247 1 16 s
endmol 1
Z-matrix
S 00000.0000 0 00000.0000 0 00000.0000 0 0 0 0
N 00004.8712 1 00000.0000 0 00000.0000 0 1 0 0
N 00002.2156 1 00037.4795 1 00000.0000 0 2 1 0
N 00003.2506 1 00098.3341 1 00174.9178 1 1 2 3
N 00002.3250 1 00110.0096 1 00123.2388 1 4 1 3
N 00002.3160 1 00093.2009 1 00062.8198 1 4 1 3
N 00002.4968 1 00149.4815 1 00003.1723 1 6 4 5
C 00001.3124 1 00035.1260 1 00207.8781 1 3 2 1
C 00001.3864 1 00070.6656 1 00027.9298 1 3 2 1
C 00001.3849 1 00110.4308 1 00359.8421 1 9 3 8
C 00001.4948 1 00133.4471 1 00177.5032 1 10 9 3
C 00001.4919 1 00121.9049 1 00177.9047 1 9 3 8
C 00001.8318 1 00072.9541 1 00115.0925 1 1 2 8
C 00001.4574 1 00061.9088 1 00287.3994 1 4 1 12
C 00001.3267 1 00030.8166 1 00359.0326 1 6 4 5
C 00001.4517 1 00094.5360 1 00162.2525 1 5 4 14
C 00001.1728 1 00001.3625 1 00002.4848 1 7 6 15
H 00001.0846 1 00126.0512 1 00180.0379 1 8 3 9
H 00001.0103 1 00158.9792 1 00336.4521 1 2 1 13
H 00001.1005 1 00111.5769 1 00129.7472 1 11 10 9
H 00001.0952 1 00110.8727 1 00009.8328 1 11 10 9
H 00001.0948 1 00110.8317 1 00003.8696 1 12 9 10
H 00001.0975 1 00110.3891 1 00123.6223 1 12 9 10
H 00001.0981 1 00109.3544 1 00300.0074 1 13 1 12
H 00001.0996 1 00104.1542 1 00185.8072 1 13 1 12
H 00001.1011 1 00109.0091 1 00124.3778 1 14 4 15
H 00001.0089 1 00089.5923 1 00266.2558 1 4 1 13
H 00001.0910 1 00106.9007 1 00008.5973 1 14 4 15
H 00001.0120 1 00146.4509 1 00189.6630 1 5 4 27
H 00001.1009 1 00111.6401 1 00061.4180 1 16 5 15
H 00001.0943 1 00108.2471 1 00356.6440 1 16 5 29
H 00001.1004 1 00111.6273 1 00249.9890 1 11 10 9
H 00001.1013 1 00111.8822 1 00115.3359 1 16 5 29

[amge]

у меня есть структура (см. файл), я пролучил из нее Z-матрицу. Где в этой матрице будет угол С2 9 - С5 12 S1 1- C613, собственно который я и хотел заморозить?

В этой Z-матрице такого угла нет. А чтобы его заморозить, нужно, чтобы был (если группа $zmat etc. не определена). Поэтому Z-матрицу нужно просто подредактировать, заменив 13-ю строку на следующую:
C 00001.8318 1 00102.281 1 00051.926 1 1 12 9
и замораживать 13*3-6=33-ю координату (51.926)

[Hitman]

у меня есть структура (см. файл), я пролучил из нее Z-матрицу. Где в этой матрице будет угол С2 9 - С5 12 S1 1- C613, собственно который я и хотел заморозить?

В этой Z-матрице такого угла нет. А чтобы его заморозить, нужно, чтобы был (если группа $zmat etc. не определена). Поэтому Z-матрицу нужно просто подредактировать, заменив 13-ю строку на следующую:
C 00001.8318 1 00102.281 1 00051.926 1 1 12 9
и замораживать 13*3-6=33-ю координату (51.926)

Спасибо, а можешь объяснить, как ты определил что на что нужно заменить? Просто у меня полно таких структур,
которые нужно обсчитать.

[amge]

а можешь объяснить, как ты определил что на что нужно заменить? Просто у меня полно таких структур, которые нужно обсчитать.

Просто зачитал z-матрицу молденом (подойдет и любой другой квантово-химический вьювер) и померил углы 13-1-12 и 13-1-12-9.

Если структур реально много (сотни), можно автоматизировать процесс, составляя на основе z-матрицы группу $zmat и заменяя в ней подходящую координату на ту, которую нужно заморозить. В этом случае вычислять углы не нужно. Но составлять группу $zmat вручную муторно, нужно программку написать. И если координату нужно не просто фиксировать, а сканировать (последовательно менять), определять ее начальное значение все равно придется.

Другой вариант (я бы его и выбрал, особенно если нужно сканировать координаты во многих молекулах) -- счтитать "Природой", в ней чистый DFT-расчет в очень приличном базисе во много раз быстрее, чем в GAMESS. К тому же в "Природе", чтобы заморозить диэдральный угол 13-1-12-9, достаточно сказать fix=3,13,1,12,9 При этом в каком виде задана начальная геометрия -- в декартовых координатах, или через какую угодно z-матрицу, или через их смесь, неважно, важна только нумерация атомов. Может, другие программы так же умеют.

[pokoleg]

К тому же в "Природе", чтобы заморозить диэдральный угол 13-1-12-9, достаточно сказать fix=3,13,1,12,9 При этом в каком виде задана начальная геометрия -- в декартовых координатах, или через какую угодно z-матрицу, или через их смесь, неважно, важна только нумерация атомов. Может, другие программы так же умеют.

Так же умеет Гауссиан, в строке задания сказать фразу Opt=modredundant, а после задания геометрии сказать D 13 1 12 9 значение F. Форма задания молекулы геометрии роли тоже не играет, лишь бы нумерация была правильной. Единственный момент - изначальная геометрия должна быть хотя бы примерно близка к конечной. Не идеально, но и не совсем из другого угла. Программа сначала для старта вывернет заданный угол в заданное значение, а уж потом начнёт разбираться с остальными атомами, и куда кого из них при мощном перетрясе может занести - не угадаешь. Может статься, что из такого старта атомы проще оторвать друг от друга и разнести в стороны, чем долго плясать до той геометрии, что Вы изначально задумывали.

И ещё гаусиана у меня нету.

Если Вам не принципиален вопрос интеллектуальной собственности, то

Код: Выделить всё

http://torrents.ru/forum/viewtopic.php?t=856991

[oyar]

Я проблема в том, что я никак не могу запустить даже простую молекулу, замороженную через ifreez, чтобы хоть один угол не двигался, если задавать геометрию через z-матрицу...

Как Вы задаете геометрию -- через z-матрицу или в декартовых координатах -- gamess мало волнует. Его волнует содержимое переменной nzvar. Если он не нулевое, то он считывает из массива zmat(1) переменные, определяющие внутренние координаты. И именно их морозит опция ifreez. Почитайте мануал внимательно.

Я так понимаю, что если nzvar нулевое (массив атомов задан в декартовых координатах),
то в массиве IFREEZ(1) идут только координаты. Я пробовал так морозить атомы, -
IFREEZ(1)=1,2,3,4,5,6,7,8,9 и т.д., но они не морозились. Кто-то подскажет в чем тут дело?
Заранее благодарен.