Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Гесс]

Извиняюсь если это уже было, я забыл и не смог найти - в каких журналах мне проще всего написать статью по Chemcraft? Чтобы как можно меньше личной работы, просто отправить им файл и всё.

viewtopic.php?f=71&t=116474&start=60#p894294
Кстати там мы зацепились за расчетные программы. Кемкрафт все же визуалайзер. Давайте смотреть как цитируются визуализаторы!

The authors request that all published work which utilizes VMD include the primary VMD citation at a minimum (first entry in the BibTex file provided above):
Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., "VMD - Visual Molecular Dynamics", J. Molec. Graphics, 1996, vol. 14, pp. 33-38.

Pettersen, E.F., Goddard, T.D., Huang, C.C., Couch, G.S., Greenblatt, D.M., Meng, E.C., and Ferrin, T.E. "UCSF Chimera - A Visualization System for Exploratory Research and Analysis." J. Comput. Chem. 25:1605-1216 (2004).

Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison; "Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform" Journal of Cheminformatics 2012, 4:17.

Gabedit—A graphical user interface for computational chemistry softwares. Allouche, A.-R., Journal of Computational Chemistry, 32 (2011) 174–182. doi: 10.1002/jcc.21600

Ссылка на статьи по Jmol http://wiki.jmol.org/index.php/Literature, в рекомендуемом цитировании вообще нет статьи.

[AlexKsen]

Уважаемый автор, подскажите, как правильно ссылаться на Вашу программу в статьях. А то в нескольких статьях писал:
The UCSF Chimera package [36] and ChemCraft 1.8 (http://www.chemcraftprog.com) were used for analyses of results and molecular graphics.

[Гесс]

Уважаемый автор, подскажите, как правильно ссылаться на Вашу программу в статьях. А то в нескольких статьях писал:
The UCSF Chimera package [36] and ChemCraft 1.8 (http://www.chemcraftprog.com) were used for analyses of results and molecular graphics.

Эммм, а чем ответ с прошлой страницы плох? viewtopic.php?f=71&t=112677&p=896927#p896927

[Shorku]

А есть в планах чтение кемкрафтом файлов с молдинамическими тракекториями? В некоторых случаях там просто multiple xyz но с тремя-четырьмя дополнительными столбцами. У меня, конечно, есть простенькая парсилка этого дела, но каждый раз гонять через нее, чтобы потом смотреть в кемкрафте иногда довольно утомительно. Не знаю, был ли такой вопрос, или нет.

[Vit Nhoc]

А есть в планах чтение кемкрафтом файлов с молдинамическими тракекториями? В некоторых случаях там просто multiple xyz но с тремя-четырьмя дополнительными столбцами. У меня, конечно, есть простенькая парсилка этого дела, но каждый раз гонять через нее, чтобы потом смотреть в кемкрафте иногда довольно утомительно. Не знаю, был ли такой вопрос, или нет.

Пришлите мне на email такой файл, я сделаю его чтение.

[Vit Nhoc]

Вопрос тем, кто работает с cif-файлами: вам нужна опция для генерации таких файлов?

[Vit Nhoc]

Прошу протестировать новую Linux-версию:

http://chemcraftprog.com/files/Chemcraf ... lin.tar.gz

[VIPer]

Вопрос тем, кто работает с cif-файлами: вам нужна опция для генерации таких файлов?

думаю, не помешает. хотя и всех параметров там не будет, конечно, но хотя бы координаты в этом формате пригодятся точно.
а есть ли возможность делать наложение двух структур друг на друга (с тем, чтобы смотреть, каковы отличия, скажем, расчётной геометрии от РСА или двух молекул из РСА, которые в силу тех или иных причин немного друг от друга отличаются)?

[Vit Nhoc]

а есть ли возможность делать наложение двух структур друг на друга (с тем, чтобы смотреть, каковы отличия, скажем, расчётной геометрии от РСА или двух молекул из РСА, которые в силу тех или иных причин немного друг от друга отличаются)?

Tools/Structures Conparer/Merge two structures...

[VIPer]

Tools/Structures Conparer/Merge two structures...

спасибо

[Гесс]

При пересчете гессиана в орке каждые несколько шагов (типичная фича при поиске переходного состояния), при просмотре неокончившегося расчета, кемкрафт делает довольно невнятную вещь - он группирует шаги оптимизации вместе а под ними дает посчитанные на некоем шаге частоты. ИМХО это довольно неинтуитивно, я бы предложил вставлять раскрываемый при необходимости блок с частотами каждые n шагов оптимизации. Аутпут шлю на почту.

[Vit Nhoc]

При пересчете гессиана в орке каждые несколько шагов (типичная фича при поиске переходного состояния), при просмотре неокончившегося расчета, кемкрафт делает довольно невнятную вещь - он группирует шаги оптимизации вместе а под ними дает посчитанные на некоем шаге частоты. ИМХО это довольно неинтуитивно, я бы предложил вставлять раскрываемый при необходимости блок с частотами каждые n шагов оптимизации. Аутпут шлю на почту.

Мне непонятен вопрос. В этом файле напечатанные частоты соответствуют последнему шагу оптимизации, я правильно понимаю? Тогда и печатать их следует после всех шагов.

[Гесс]

Мне непонятен вопрос. В этом файле напечатанные частоты соответствуют последнему шагу оптимизации, я правильно понимаю? Тогда и печатать их следует после всех шагов.

нет, это частоты посчитанные псле 5 шагов (перед 6ым шагом оптимизации), они не окончательные, расчет идет дальше.
счас у меня в расчете больше 10 шагов и кемкрафт показывает новые частоты, которые опять выглядят как "окончательные", хотя расчет попрежнему идет. Частоты после 5 шагов кстати пропали. Не то чтоб они были жутко нужны, однако беее.

[Vit Nhoc]

как сделать чтобы в чертеже при обозначении позиции например поз.1 после цифры исчезли все нежелательные символы и цифры?

Я не очень понял ваш вопрос, может быть вам надо померять число знаков после точки через View/Structural paremeters/Style/Number of digits...

[Гесс]

Два Drezdens* спамера нас покинули.

[VIPer]

Tools/Structures Conparer/Merge two structures...

а есть ли возможность сделать больше двух структур к такому сравнению?
сейчас как-то вообще часто в статьях стал наблюдать (может, просто попадаться стали чаще, а так раньше и было), что приводят оверлеи нескольких структур, причём как-то их ещё и цветами удаётся разделить - где-то полностью заливают одну структуру одним цветом, другую другим; где-то чуть тонами отличают разноцветные атомы (если они выделены).

[Vit Nhoc]

Tools/Structures Conparer/Merge two structures...

а есть ли возможность сделать больше двух структур к такому сравнению?
сейчас как-то вообще часто в статьях стал наблюдать (может, просто попадаться стали чаще, а так раньше и было), что приводят оверлеи нескольких структур, причём как-то их ещё и цветами удаётся разделить - где-то полностью заливают одну структуру одним цветом, другую другим; где-то чуть тонами отличают разноцветные атомы (если они выделены).

Для этого вам надо вручную создать xyz-файл с множеством структур (см. пример такого файла в Chemcraft/Samples/MultXYZ), открыть его и выбрать Tools/Structures Comparer/Merge structures from...

[Vit Nhoc]

Я всё-таки прошу участников помочь мне с дилеммой. Мне кажется, название программы Chemcraft неудачное, слишком близка аналогия с игрушками от Blizzard. Не понимаю, почему раньше я не мог придумать более удачное название, сейчас у меня много вариантов (типа QChemTools, хотя, как мне подсказали, это тоже неподходящий вариант). Стоит ли менять имя программы? Тут для меня будут дополнительные пара бонусов, и ещё я отправляю статью в журнал JMGM, пока не поздно могу отложить это дело.

[uchebnik fiziki]

Название-то точно хорошее, как раз ассоциация с игрушками -- это круто.

[VIPer]

название вполне удачное, по моему мнению)