Gromacs - нужна помощь!!

[6apu_aJlu6acoB]

Здравствуйте, формучане

Я новичок! Хочу заняться моделированием систем (полимер метилметакрилата с хромофорами) в программе Gromacs. На первом же этапе создания топологии молекулы (команда pdb2gmx) выскочила ошибка (см. картинку). Как я правильно понял, она указывает, что в данное силовое поле (oplsaa) не добавлено описание полимера и хромофора.

В общем, я не знаю, как добавить описание моих молекул в силовое поле. Может кто-нибудь сталкивался с этой проблемой. Хоть как-нибудь помогите, туториалы и тд. Может есть программы которые это делают...

А может я неправильно интерпретирую ошибку, тогда, пожалуйста, исправьте меня и если можете помогите.

[Гесс]

ярковыраженно нехватает инпута. Громакс определил у вас 22 residue как он их определил мне неизвестно. Как они у вас обозначены - неизвестно. Есть ли подобные residue в библиотеке oplsaa - понятия не имею, я оплсаа не считал. У громакса очень активный имейллист, в нем у вас есть шанс получить квалифицированный ответ причем намного быстрее чем тут.

[uchebnik fiziki]

Вообще ошибка расписана настолько подробно, насколько можно: у вас какая-то ерунда с типами остатков. Очень помогает в таких случаях гуглить сообщение об ошибке и проходить тьюториалы по подготовке систем.

[6apu_aJlu6acoB]

Обновил) скинул зипом, так как файл больше 500 весит

[amge]

Я так понимаю, проблема в том, чтобы присвоить атомам вашего полимера нужные, характерные для Oplsaa типы атомов. Это общая проблема молекулярной механики: если молекулы не биополимеры, то присваивать типы атомов приходится вручную. Не вариант, если молекула огромная (типа вашей) или молекул много. Можно попробовать поискать, может есть автоматизированное решение для связки громакс-Oplsaa. Я знаю такое для Tinker-MMFF94. Если эта связка вам подходит, то могу рассказать.

[6apu_aJlu6acoB]

Да-да, меня как раз интересует, как задать эти параметры вручную

[Гесс]

тогда, если вы не намеряны прописывать их как самостоятельный остаток (как сделано для аминокислот) у вас будет число остатков равное числу атомов, либо вся молекула один residue, помоему второй вариант правильный.
название residue в файле топологии и в .гро должны совпадать.

[6apu_aJlu6acoB]

тогда, если вы не намеряны прописывать их как самостоятельный остаток (как сделано для аминокислот) у вас будет число остатков равное числу атомов, либо вся молекула один residue, помоему второй вариант правильный.
название residue в файле топологии и в .гро должны совпадать.

А Вы не знаете как примерно хотя бы это описывать?

[amge]

Да-да, меня как раз интересует, как задать эти параметры вручную

Ну, если вы в самом деле не намерены прописывать звенья полимера как самостоятельный остаток (я не имел дела с громаксом и совсем не знаю, как это делается), то вот, прикладываю файлик с MMFF94-типами атомов. Всего-то 12 типов. Смотрите, как они называются у вас в /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/atomtypes.atp и прописываете для каждого из 6690 атомов (их номера есть в проложенном файле). Только, боюсь, вам такой рецепт не понравится .

[6apu_aJlu6acoB]

Да-да, меня как раз интересует, как задать эти параметры вручную

Ну, если вы в самом деле не намерены прописывать звенья полимера как самостоятельный остаток (я не имел дела с громаксом и совсем не знаю, как это делается), то вот, прикладываю файлик с MMFF94-типами атомов. Всего-то 12 типов. Смотрите, как они называются у вас в /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/atomtypes.atp и прописываете для каждого из 6690 атомов (их номера есть в проложенном файле). Только, боюсь, вам такой рецепт не понравится .

Спасибо!
А чтоб прописать их как самостоятельный остаток надо тоже потрудиться?

[Гесс]

надо начать откуда то отсюда http://www.gromacs.org/Documentation/Ho ... orce_Field и по мере непонятностей мучать архив громксовского имейллиста, при том что там проходит по нескольку десятков писем в неделю то думаю за 10 лет они пережевали любые вопросы.

[amge]

Раз уж у меня появился инпут для тинкера, пустил его на оптимизацию геометрии. 11 ч тинкер считал, правда, на одном и довольно медленном ядре. Что бросилось в глаза - клубок полимера по сравнению с исходным стал более круглым и компактным.

Прикладываю sdf-файл с исходной и конечной геометриями.

Upd Кстати, у меня еще есть автоматически сгенеренный файл с зарядами на атомах. Не знаю, насколько заряды, сгенеренные для MMFF94 подходят для oplsaa, но имейте в виду, если что.

[6apu_aJlu6acoB]

надо начать откуда то отсюда http://www.gromacs.org/Documentation/Ho ... orce_Field и по мере непонятностей мучать архив громксовского имейллиста, при том что там проходит по нескольку десятков писем в неделю то думаю за 10 лет они пережевали любые вопросы.

Спасибо! Начну потихоньку что к чему)

[6apu_aJlu6acoB]

Раз уж у меня появился инпут для тинкера, пустил его на оптимизацию геометрии. 11 ч тинкер считал, правда, на одном и довольно медленном ядре. Что бросилось в глаза - клубок полимера по сравнению с исходным стал более круглым и компактным.

Прикладываю sdf-файл с исходной и конечной геометриями.

Upd Кстати, у меня еще есть автоматически сгенеренный файл с зарядами на атомах. Не знаю, насколько заряды, сгенеренные для MMFF94 подходят для oplsaa, но имейте в виду, если что.

Спасибо, что Вам не лень было посчитать даже))
А почему Вы пользуетесь тинкером, а не громаксом?

P.s. Начала использовать громакс, так как там можно приложить электрическое поле, что в десмонде пока нет(

[amge]

Спасибо, что Вам не лень было посчитать даже))
А почему Вы пользуетесь тинкером, а не громаксом?

У меня же инпут все равно готов был. А запустить на счет - это дело нескольких секунд. А дальше уже компьютер, причем ночью.
Почему тинкером? В нем есть хороший генератор конформеров (я много занимаюсь конформационным анализом). И для меня критически важно, чтобы расчет обычных органических молекул можно было осуществлять полностью автоматически, начиная с голых xyz-координат, без всяких топологий, связей и типов атомов (только символ элемента). Для тинкера я знаю рецепт, как это делать, причем с весьма приличным силовым полем MMFF94. Для громакса, возможно, тоже можно, но я не знаю как, и после очень беглого ознакомления показалось, что там это сложнее.

[amge]

Кстати, вот здесь смотрели? Там утилиты TopolGen и topolbuild.

[6apu_aJlu6acoB]

Кстати, вот здесь смотрели? Там утилиты TopolGen и topolbuild.

Спасибо большое) сейчас попробую разобраться что к чему)

А в тинкере есть опция electric field? (чтобы приложить электрическое поле)

[amge]

А в тинкере есть опция electric field? (чтобы приложить электрическое поле)

Не увидел. Где-то в потрохах наложение электрического поля используется, но чтобы обычный юзер мог это делать - не нашел такой возможности.