Поиск слабой водородной связи в Gaussian09 между двумя молекулами

[PhenolHater]

В общем требуется найти или опровергнуть наличие слабой водородной связи между молекулами трифенилфосфита и бензола между двумя атомами 46 H и 3 O. Проблема в том что молекулы по итогам расчетов разлетаются на такое расстояние, при котором искомой связи по идее не наблюдается. Как определить в каком положении соотносить молекулы и можно ли их как-то зафиксировать чтобы не разлетались? Скриншот с расстояниями ниже.

[Гесс]

ИМХО - некорректная постановка вопроса.
В квантах вообще нет связей, поэтому вывод о наличии связи вы будете делать сами исходя в первую очередь из расстояни и взаимных расположений.
Эти самые расстояния будут жесточайше зависеть от метода расчета. В частности MP2 будет переоценивать водородную связь, а половина DFT функционалов - недооценивать.
Принимая во внимание фенилы и бензол - влияние будет оказывать и дисперсия, которую DFT вообще игнорит, а MP2 опять же переоценивает.
В гауссиане масса способов зафиксировать молекулы друг относительно друга, только какой в этом смысл? Вы хотите приморозить их так как вам нравится?

[PhenolHater]

...
В гауссиане масса способов зафиксировать молекулы друг относительно друга, только какой в этом смысл? Вы хотите приморозить их так как вам нравится?

Кстати о DFT, расчет идет в b3lyp/6-31g(d). Ну по сути да, на расстоянии около 2х ангстрем.

[Гесс]

"около" не будет. Будет точно та йифра что вы будете фиксировать.

Из вариантов:
А) заморозка конкретных атомов:
вместо
С 8.314 3.145 2.388 (координаты условно)
пишете
С -1 8.314 3.145 2.388 (добавляя минус единицу через пробел от символа элемента, для каждого атома что хотите зафиксировать)
Б) заморозка длин связей или углов
Opt меняется на Opt=Modredundant
а после окончания координат через пустую строку дописывается чтото типа
B 5 18 F
где B - отвечает за bond (расстояние между атомами), F - frozen, 5 и 18 - номера атомов между которыми фиксируется расстояние. Подробнее смотреть http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm http://glab.cchem.berkeley.edu/glab/faq ... ndant.html http://flex.phys.tohoku.ac.jp/texi/gview/modred.htm
В) через Z-matrix. Трудоемкий метод для большого числа атомов.

В любом случае мне по прежнему непонятен смысл такой заморозки в данном случае.
И имхо такое слабо взаимодействие некорректно считать 1) с таким малым базисом 2) да и вообще в ДФТ.

[PhenolHater]

...
Б) заморозка длин связей или углов
Opt меняется на Opt=Modredundant
а после окончания координат через пустую строку дописывается чтото типа
B 5 18 F
где B - отвечает за bond (расстояние между атомами), F - frozen, 5 и 18 - номера атомов между которыми фиксируется расстояние. Подробнее смотреть http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm http://glab.cchem.berkeley.edu/glab/faq ... ndant.html http://flex.phys.tohoku.ac.jp/texi/gview/modred.htm

Воспользуюсь, спасибо за помощь.

[amge]

Проблема в том что молекулы по итогам расчетов разлетаются на такое расстояние, при котором искомой связи по идее не наблюдается.

А дисперсионная коррекция включена? Если нет, то включите. Может, будут меньше разлетаться.

[Гесс]

Проблема в том что молекулы по итогам расчетов разлетаются на такое расстояние, при котором искомой связи по идее не наблюдается.

А дисперсионная коррекция включена?

Имхо оно будет давать радикально разные геометрии с и без поправки и скорее всего геометрия будет меняться с изменением функционала.

[PhenolHater]

Проблема в том что молекулы по итогам расчетов разлетаются на такое расстояние, при котором искомой связи по идее не наблюдается.

А дисперсионная коррекция включена? Если нет, то включите. Может, будут меньше разлетаться.

В этом случае потребуется взять другой функционал или можно как-то в исходный добавить коррекцию?

[Гесс]

можно к B3LYP у добавить. В строке ключей EmpiricalDispersion=GD3BJ см http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_dft.htm

[kbob]

Я бы посоветовал использовать SAPT http://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.4867135
он реализован в http://www.psicode.org/psi4manual/master/sapt.html

[Гесс]

Я бы посоветовал использовать SAPT http://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.4867135
он реализован в http://www.psicode.org/psi4manual/master/sapt.html

Там насколько я понимаю "канонический" SAPT.
Который скажем для димера антрацена дает очень ошибочные цифры на SAPT0 и SAPT2 а SAPT2+3 уже убийственно дорог.
Автору подойдет DFT-SAPT, но тут я пас, сам не делал.

[madschumacher]

[cut]

Я бы посоветовал использовать SAPT http://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.4867135

Что это за уё*****й дизайн сайта Jornal of Chemical Physics? Куда дели старый вариант (он же был самый няшный из всех существовавших и существующих до сих пор сайтов)!!!! Что за херня?! Давно это убожество появилось?!
это Яндекс купил AIP?![/cut]