Новичок в GAMESS
Новичок в GAMESS
Здравствуйте, коллеги.
Скачал себе GAMESS у официалов. Ни разу не работал с пакетами квантово-химических расчетов, я сам физик.
Мне нужно считать волновые функции внешней орбитали (НОМО) и ее энергию. Больше ничего.
По сему вопрос: как составлять входной файл, что туда писать, чтобы на выходе из GAMESS было только разложение НОМО по GTO и ее энергия связи ?
Работаю в WINDOWS 64 bit. Cпасибо.
Скачал себе GAMESS у официалов. Ни разу не работал с пакетами квантово-химических расчетов, я сам физик.
Мне нужно считать волновые функции внешней орбитали (НОМО) и ее энергию. Больше ничего.
По сему вопрос: как составлять входной файл, что туда писать, чтобы на выходе из GAMESS было только разложение НОМО по GTO и ее энергия связи ?
Работаю в WINDOWS 64 bit. Cпасибо.
Re: Новичок в GAMESS
Интересная постановка вопроса...
http://www.msg.ameslab.gov/tutorials/tutorials.html Тут есть примеры, как составлять входные файлы. Еще примеры входных файлов в наборе тестовых задач (должен быть в дистрибутиве).
Что такое в вашем понимании энергия связи HOMO?
ПыСы а гамесс-то какой? US, UK или фаерлай?
ПыПыСы обратите внимание, что перед всякими анализами электронного строения вам бы нужна еще осмысленная геометрия (либо рентген, либо оптимизация)
ПыПыПыСы то, что Вы физик, не освобождает Вас от чтения мануала и туториалов, введение в квантово-химические расчеты - это по хорошему целый учебный курс, в одной форумной теме это не уложить.
http://www.msg.ameslab.gov/tutorials/tutorials.html Тут есть примеры, как составлять входные файлы. Еще примеры входных файлов в наборе тестовых задач (должен быть в дистрибутиве).
Что такое в вашем понимании энергия связи HOMO?
ПыСы а гамесс-то какой? US, UK или фаерлай?
ПыПыСы обратите внимание, что перед всякими анализами электронного строения вам бы нужна еще осмысленная геометрия (либо рентген, либо оптимизация)
ПыПыПыСы то, что Вы физик, не освобождает Вас от чтения мануала и туториалов, введение в квантово-химические расчеты - это по хорошему целый учебный курс, в одной форумной теме это не уложить.
Make quantum chemistry, not war
Re: Новичок в GAMESS
Я ожидал, что меня отправят читать мануалы и туториалы - я уже этим занимаюсь. Но попутно и очень полезно было бы услышать конкретные советы форумчан - людей, а лучше примеры.Shorku писал(а):Интересная постановка вопроса...
http://www.msg.ameslab.gov/tutorials/tutorials.html Тут есть примеры, как составлять входные файлы. Еще примеры входных файлов в наборе тестовых задач (должен быть в дистрибутиве).
Что такое в вашем понимании энергия связи HOMO?
ПыСы а гамесс-то какой? US, UK или фаерлай?
ПыПыСы обратите внимание, что перед всякими анализами электронного строения вам бы нужна еще осмысленная геометрия (либо рентген, либо оптимизация)
ПыПыПыСы то, что Вы физик, не освобождает Вас от чтения мануала и туториалов, введение в квантово-химические расчеты - это по хорошему целый учебный курс, в одной форумной теме это не уложить.
Гамесс скачан с той ссылки, что Вы указали. Я не знаю какой он - US, UK или какой еще... Я новичок.
НОМО - highest occupied molecular orbital, ее энергия связи - это потенциал ионизации этого НОМО электрона.
Re: Новичок в GAMESS
Ну, если Вы хотите потенциал ионизации, то какой - вертикальный или адиабатический?andreee20 писал(а): Я ожидал, что меня отправят читать мануалы и туториалы - я уже этим занимаюсь. Но попутно и очень полезно было бы услышать конкретные советы форумчан - людей, а лучше примеры.
Гамесс скачан с той ссылки, что Вы указали. Я не знаю какой он - US, UK или какой еще... Я новичок.
НОМО - highest occupied molecular orbital, ее энергия связи - это потенциал ионизации этого НОМО электрона.
Кстати, учтите, что энергия HOMO - это только оценка потенциала ионизации с ошибкой в 1-2 эВ (или больше, зависит много от чего), почитайте про теорему Купманса.
Make quantum chemistry, not war
Re: Новичок в GAMESS
Gordon - GAMESS (US)
Выбор чем то обоснован? Это не самый распространенный пакет в наших краях. Хотя если остаться на винде - приоритетная задача - то выбор невелик
Выбор чем то обоснован? Это не самый распространенный пакет в наших краях. Хотя если остаться на винде - приоритетная задача - то выбор невелик
Re: Новичок в GAMESS
Я загуглил СКАЧАТЬ GAMESS. Перешел по первой ссылке. Вот и весь выбор.Гесс писал(а):Gordon - GAMESS (US)
Выбор чем то обоснован? Это не самый распространенный пакет в наших краях. Хотя если остаться на винде - приоритетная задача - то выбор невелик
Re: Новичок в GAMESS
Если я правильно понял, имелось в виду не откуда, а почему именно "скачать гамесс", а не "скачать %some_other_software_name%". Гамесс не самый быстрый и не самый дружелюбный пакет, хотя и легко устанавливается/параллелится под виндой. Гесс, наверное, имел в виду это.andreee20 писал(а):Я загуглил СКАЧАТЬ GAMESS. Перешел по первой ссылке. Вот и весь выбор.Гесс писал(а):Gordon - GAMESS (US)
Выбор чем то обоснован? Это не самый распространенный пакет в наших краях. Хотя если остаться на винде - приоритетная задача - то выбор невелик
Make quantum chemistry, not war
Re: Новичок в GAMESS
Ага. Гесс именно это и имел в виду.
Я незнаю насколько отличаются ветви гамесса и сколько людей могут здесь подсказать по фишкам программы. Я - не могу. Моими бы рекомендациями бесплатного пакета были бы природа, орка или файерфлай, но все требует перехода на линукс (орку можно из командной строки винды но получается еще дурноватее чем линукс).
Поэтому я ограничусь общими коментариями. Как уже сказал уважаемый Shorku, энергия homo довольно приблизительно коррелирует с энергией ионизации. Если интересует таки энергия ионизации то логичнее посчитать незаряженную частицу и катион (оптимизированный или в геометрии незаряженной молекулы) и сравнить их полные энергии.
Также было бы неплохо знать о системах какого размера идет речь ну и пр инфу по максимуму.
"Только HOMO" не будет, будет инфа по всем орбиталям, но сначала нужна геометрия.
Я незнаю насколько отличаются ветви гамесса и сколько людей могут здесь подсказать по фишкам программы. Я - не могу. Моими бы рекомендациями бесплатного пакета были бы природа, орка или файерфлай, но все требует перехода на линукс (орку можно из командной строки винды но получается еще дурноватее чем линукс).
Поэтому я ограничусь общими коментариями. Как уже сказал уважаемый Shorku, энергия homo довольно приблизительно коррелирует с энергией ионизации. Если интересует таки энергия ионизации то логичнее посчитать незаряженную частицу и катион (оптимизированный или в геометрии незаряженной молекулы) и сравнить их полные энергии.
Также было бы неплохо знать о системах какого размера идет речь ну и пр инфу по максимуму.
"Только HOMO" не будет, будет инфа по всем орбиталям, но сначала нужна геометрия.
Re: Новичок в GAMESS
Системы будут ацетилен, бензол и т д.Гесс писал(а):Ага. Гесс именно это и имел в виду.
Я незнаю насколько отличаются ветви гамесса и сколько людей могут здесь подсказать по фишкам программы. Я - не могу. Моими бы рекомендациями бесплатного пакета были бы природа, орка или файерфлай, но все требует перехода на линукс (орку можно из командной строки винды но получается еще дурноватее чем линукс).
Поэтому я ограничусь общими коментариями. Как уже сказал уважаемый Shorku, энергия homo довольно приблизительно коррелирует с энергией ионизации. Если интересует таки энергия ионизации то логичнее посчитать незаряженную частицу и катион (оптимизированный или в геометрии незаряженной молекулы) и сравнить их полные энергии.
Также было бы неплохо знать о системах какого размера идет речь ну и пр инфу по максимуму.
"Только HOMO" не будет, будет инфа по всем орбиталям, но сначала нужна геометрия.
В итоге не всё так легко как я хотел, хотя бы потому что нужна геометрия...
Всем спасибо.
Re: Новичок в GAMESS
А зачем? Ну то есть поясните суть задачи. Такие простые соединения уже обсчитаны просто всеми возможными способами (http://cccbdb.nist.gov), есть и хомо-лумо во всех возможных вариантах, и геометрии, и много чего еще. А уж оценивать у таких простых соединений потенциалы ионизации из орбитальных энергий а) бессмысленно в принципе б) можно (и нужно) и методами получше - для бенчмарков например.andreee20 писал(а): Системы будут ацетилен, бензол и т д.
В итоге не всё так легко как я хотел, хотя бы потому что нужна геометрия...
Всем спасибо.
Последний раз редактировалось Shorku Пн окт 03, 2016 6:08 pm, всего редактировалось 3 раза.
Make quantum chemistry, not war
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 56 гостей