Новичок в GAMESS

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
andreee20
Сообщения: 4
Зарегистрирован: Вс окт 02, 2016 3:14 pm

Новичок в GAMESS

Сообщение andreee20 » Вс окт 02, 2016 3:21 pm

Здравствуйте, коллеги.
Скачал себе GAMESS у официалов. Ни разу не работал с пакетами квантово-химических расчетов, я сам физик.
Мне нужно считать волновые функции внешней орбитали (НОМО) и ее энергию. Больше ничего.

По сему вопрос: как составлять входной файл, что туда писать, чтобы на выходе из GAMESS было только разложение НОМО по GTO и ее энергия связи ?
Работаю в WINDOWS 64 bit. Cпасибо.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Новичок в GAMESS

Сообщение Shorku » Вс окт 02, 2016 3:28 pm

Интересная постановка вопроса...
http://www.msg.ameslab.gov/tutorials/tutorials.html Тут есть примеры, как составлять входные файлы. Еще примеры входных файлов в наборе тестовых задач (должен быть в дистрибутиве).

Что такое в вашем понимании энергия связи HOMO?

ПыСы а гамесс-то какой? US, UK или фаерлай?
ПыПыСы обратите внимание, что перед всякими анализами электронного строения вам бы нужна еще осмысленная геометрия (либо рентген, либо оптимизация)
ПыПыПыСы то, что Вы физик, не освобождает Вас от чтения мануала и туториалов, введение в квантово-химические расчеты - это по хорошему целый учебный курс, в одной форумной теме это не уложить.
Make quantum chemistry, not war

andreee20
Сообщения: 4
Зарегистрирован: Вс окт 02, 2016 3:14 pm

Re: Новичок в GAMESS

Сообщение andreee20 » Вс окт 02, 2016 3:50 pm

Shorku писал(а):Интересная постановка вопроса...
http://www.msg.ameslab.gov/tutorials/tutorials.html Тут есть примеры, как составлять входные файлы. Еще примеры входных файлов в наборе тестовых задач (должен быть в дистрибутиве).

Что такое в вашем понимании энергия связи HOMO?

ПыСы а гамесс-то какой? US, UK или фаерлай?
ПыПыСы обратите внимание, что перед всякими анализами электронного строения вам бы нужна еще осмысленная геометрия (либо рентген, либо оптимизация)
ПыПыПыСы то, что Вы физик, не освобождает Вас от чтения мануала и туториалов, введение в квантово-химические расчеты - это по хорошему целый учебный курс, в одной форумной теме это не уложить.
Я ожидал, что меня отправят читать мануалы и туториалы - я уже этим занимаюсь. Но попутно и очень полезно было бы услышать конкретные советы форумчан - людей, а лучше примеры.
Гамесс скачан с той ссылки, что Вы указали. Я не знаю какой он - US, UK или какой еще... Я новичок.
НОМО - highest occupied molecular orbital, ее энергия связи - это потенциал ионизации этого НОМО электрона.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Новичок в GAMESS

Сообщение Shorku » Вс окт 02, 2016 4:33 pm

andreee20 писал(а): Я ожидал, что меня отправят читать мануалы и туториалы - я уже этим занимаюсь. Но попутно и очень полезно было бы услышать конкретные советы форумчан - людей, а лучше примеры.
Гамесс скачан с той ссылки, что Вы указали. Я не знаю какой он - US, UK или какой еще... Я новичок.
НОМО - highest occupied molecular orbital, ее энергия связи - это потенциал ионизации этого НОМО электрона.
Ну, если Вы хотите потенциал ионизации, то какой - вертикальный или адиабатический?
Кстати, учтите, что энергия HOMO - это только оценка потенциала ионизации с ошибкой в 1-2 эВ (или больше, зависит много от чего), почитайте про теорему Купманса.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Новичок в GAMESS

Сообщение Гесс » Вс окт 02, 2016 9:21 pm

Gordon - GAMESS (US)
Выбор чем то обоснован? Это не самый распространенный пакет в наших краях. Хотя если остаться на винде - приоритетная задача - то выбор невелик

andreee20
Сообщения: 4
Зарегистрирован: Вс окт 02, 2016 3:14 pm

Re: Новичок в GAMESS

Сообщение andreee20 » Пн окт 03, 2016 10:07 am

Гесс писал(а):Gordon - GAMESS (US)
Выбор чем то обоснован? Это не самый распространенный пакет в наших краях. Хотя если остаться на винде - приоритетная задача - то выбор невелик
Я загуглил СКАЧАТЬ GAMESS. Перешел по первой ссылке. Вот и весь выбор.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Новичок в GAMESS

Сообщение Shorku » Пн окт 03, 2016 12:36 pm

andreee20 писал(а):
Гесс писал(а):Gordon - GAMESS (US)
Выбор чем то обоснован? Это не самый распространенный пакет в наших краях. Хотя если остаться на винде - приоритетная задача - то выбор невелик
Я загуглил СКАЧАТЬ GAMESS. Перешел по первой ссылке. Вот и весь выбор.
Если я правильно понял, имелось в виду не откуда, а почему именно "скачать гамесс", а не "скачать %some_other_software_name%". Гамесс не самый быстрый и не самый дружелюбный пакет, хотя и легко устанавливается/параллелится под виндой. Гесс, наверное, имел в виду это.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Новичок в GAMESS

Сообщение Гесс » Пн окт 03, 2016 2:37 pm

Ага. Гесс именно это и имел в виду.
Я незнаю насколько отличаются ветви гамесса и сколько людей могут здесь подсказать по фишкам программы. Я - не могу. Моими бы рекомендациями бесплатного пакета были бы природа, орка или файерфлай, но все требует перехода на линукс (орку можно из командной строки винды но получается еще дурноватее чем линукс).
Поэтому я ограничусь общими коментариями. Как уже сказал уважаемый Shorku, энергия homo довольно приблизительно коррелирует с энергией ионизации. Если интересует таки энергия ионизации то логичнее посчитать незаряженную частицу и катион (оптимизированный или в геометрии незаряженной молекулы) и сравнить их полные энергии.
Также было бы неплохо знать о системах какого размера идет речь ну и пр инфу по максимуму.
"Только HOMO" не будет, будет инфа по всем орбиталям, но сначала нужна геометрия.

andreee20
Сообщения: 4
Зарегистрирован: Вс окт 02, 2016 3:14 pm

Re: Новичок в GAMESS

Сообщение andreee20 » Пн окт 03, 2016 5:15 pm

Гесс писал(а):Ага. Гесс именно это и имел в виду.
Я незнаю насколько отличаются ветви гамесса и сколько людей могут здесь подсказать по фишкам программы. Я - не могу. Моими бы рекомендациями бесплатного пакета были бы природа, орка или файерфлай, но все требует перехода на линукс (орку можно из командной строки винды но получается еще дурноватее чем линукс).
Поэтому я ограничусь общими коментариями. Как уже сказал уважаемый Shorku, энергия homo довольно приблизительно коррелирует с энергией ионизации. Если интересует таки энергия ионизации то логичнее посчитать незаряженную частицу и катион (оптимизированный или в геометрии незаряженной молекулы) и сравнить их полные энергии.
Также было бы неплохо знать о системах какого размера идет речь ну и пр инфу по максимуму.
"Только HOMO" не будет, будет инфа по всем орбиталям, но сначала нужна геометрия.
Системы будут ацетилен, бензол и т д.
В итоге не всё так легко как я хотел, хотя бы потому что нужна геометрия...
Всем спасибо.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Новичок в GAMESS

Сообщение Shorku » Пн окт 03, 2016 6:04 pm

andreee20 писал(а): Системы будут ацетилен, бензол и т д.
В итоге не всё так легко как я хотел, хотя бы потому что нужна геометрия...
Всем спасибо.
А зачем? Ну то есть поясните суть задачи. Такие простые соединения уже обсчитаны просто всеми возможными способами (http://cccbdb.nist.gov), есть и хомо-лумо во всех возможных вариантах, и геометрии, и много чего еще. А уж оценивать у таких простых соединений потенциалы ионизации из орбитальных энергий а) бессмысленно в принципе б) можно (и нужно) и методами получше - для бенчмарков например.
Последний раз редактировалось Shorku Пн окт 03, 2016 6:08 pm, всего редактировалось 3 раза.
Make quantum chemistry, not war

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 56 гостей