Оптимизация рутениевого красителя

[Sol]

Здравствуйте! Пожалуйста, не могли бы помочь в расчетах... При оптимизации красителя, связи рутения пропадают (изначально соединен с шестью атомами азота)... от чего это зависит? как нужно оптимизировать? Из расчетов хотелось бы взять энергии уровней... Большое спасибо!

[amge]

При оптимизации красителя, связи рутения пропадают (изначально соединен с шестью атомами азота)

Никуда они не пропадают. В процессе оптимизации даже немного короче получаются. Наиболее существенное изменение геометрии - фрагменты Ru-N=C=S становятся почти линейными.

Может, глюк вашего вьювера?

[Гесс]

Ага. Тоже посмотрел. Все там на месте, ну или не тот файл приложен.

Визуализировали чем?

Еще я не уверен в осмысленности применения lanl2dz ко всей молекуле.

Энергии каких уровней?

[surius]

Я бы пожалуй пригляделся к def2-SVPD или к def2-TZVP, если позволяют ресурсы.
А еще я сейчас может крамольную штуку скажу, но если вы переживаете что в GW5 у рутения нет связей с азотами бипиридилов, так это нормально, они там просто так для удобства восприятия. Если вдруг связь выходит за некий предустановленый интервал длин связей, то вьювер ее не отображает, но электроны все еще там )

[Sol]

Спасибо за ответы! Да, здесь проглядела (визуализация в GW5).

Еще я не уверен в осмысленности применения lanl2dz ко всей молекуле.
Энергии каких уровней?

В одной статье использовали lanl2dz, что и решила попробовать... Что бы могли посоветовать? Уровни триплетов хотелось бы посмотреть

[Гесс]

Статью можно посмотреть?
lanl2dz обычно используют для металла но не для органики.
Энергии триплетов? А чем вы их считать планируете - TDDFT?

[Sol]

Энергии триплетов? А чем вы их считать планируете - TDDFT?

Да, TDDFT

[Гесс]

Мда, к моей большой неожиданности в том что вы прислали действительно используется lanl2dz для всей молекулы (как минимум утверждается). Это немного необычно для меня но в крайнем случае влияние базиса на органике можно проверить постфактум. В таком случае я не вижу у вас никаких особых проблем на данный момент.

[Sol]

В таком случае я не вижу у вас никаких особых проблем на данный момент.

Спасибо за ответы!) Попробовала с tddft получить спектры, получилось что-то нереальное Не подскажите в чем моя ошибка?

[Гесс]

Эммм, а давайте конкретнее, что именно нереальное там получилось?
С формальной точки зрения там посчитано все как вы ему сказали:
10 синглетов и 10 триплетов.
9 из 10 триплетов - низколежащие (о том насколько низко - позже)

Скорее всего под "нереальным" вы понимаете отрицательные энергии возбуждения для первых 9 состояний, и потом огромные длины волн для толпы идущих следом синглетов. При том что вы указали в расчете синглет (как основное состояние из которого считать возбуждения) это означает что
1) ваш синглет выше чем куча триплетов и вообще не является граундстейтом как минимум на этом уровне теории/базисе (что в общем то нельзя назвать жестоко неожиданным для комплексов переходных металлов. Граунд стейтом может оказаться даже не триплет, хотя это и маловероятно).
2) зазор между первым и вторым синглетом - крохотный, (0.0318 eV) соответственоо длина волны для этого перехода - огромна 38980.95 nm.

Резюме - посчитайте этот же инпут с указание заряд-мультиплетность 0 3
посчитайте свою оптимизацию с этой же мультиплетностью и на всякий случай - как квинтет. Сравните энергии.
Ну и нам расскажите.

[Sol]

посчитайте этот же инпут с указание заряд-мультиплетность 0 3.

У меня вышла ошибка, программа не сумела сгенерировать внутренние координаты...Что с этим можно сделать?

[Гесс]

вы так не пугайте )))
Проблема действительно во внутренних координатах но возникла она через 38 шагов оптимизации.
Потому что атомы 35 - 53 - 54 выстроились четко на одну линию (Ru-N-C) что в свою очередь сделало бессмысленными все диэдральники куда входит эта тройка.
Решений у этого может быть несколько.
Например можно сказать NewDefinition и надеяться что в новом сете внутренних координат проблемных углов не будет.
Впрочем есть более надежный хотя и менее быстрый способ:opt=cartesian заставит гауссиан отказаться от внутренних координат и проблема с углами в 180 градусов исчезнет.

Зато есть 2 позитивные новости
1) хотя у вас все еще ни одного YES по критериям сходимости - изменение энергии уже очень мало, то есть вы скорее всего уже недалеко от минимума1
2) полная энергия этого минимума - порядка -2043.3825 хартри, что на 15 ккал/моль ниже чем синглет (-2043.3581195 хартри)

[amge]

Еще, наверное, можно просто вновь запустить расчет, начиная с последней геометрии. Тогда, по идее, автоматически сгенерированные внутренние координаты должны быть подходящими для линейных фрагментов.

Вдобавок к тому, что сказал Гесс про NewDefinition, можно попробовать в каждом вашем инпуте говорить Geom=NewRedundant. Тогда, насколько я понял из мануала, для каждого шага оптимизации будут перевычисляться новые внутренние координаты, и проблема с линеаризацией должна исчезнуть.

[Sol]

Доброго времени суток! Спасибо за комментарии! Попробовала в инпуте вставить opt=cartesian, расчет не заканчивался удачно (Error termination request processed by link 9999).

можно попробовать в каждом вашем инпуте говорить Geom=NewRedundant

В этом случае с оптимизацией все нормально, но не получается получить энергии. Что бы могли посоветовать?

[Гесс]

можно попробовать в каждом вашем инпуте говорить Geom=NewRedundant

В этом случае с оптимизацией все нормально, но не получается получить энергии. Что бы могли посоветовать?

в аутпуте с оптимизацией все хорошо, теплота образования -2043.3827275 хартри, что вам не нравится?

Попробовала в инпуте вставить opt=cartesian, расчет не заканчивался удачно (Error termination request processed by link 9999).

Без аутпута гадать сложно.
Из общих соображений: если вместо # указывать #P то аутпут становится полнее.
А geom=connectivity обычно бесполезен.
В tdddft у вас тоже все неплохо, поситалось 10 триплетов, очевидно сгенерировать синглеты из исходного триплета гауссиан не смог но они нам не очень то и нужны.
Единственный некрасивый пик там это "первое возбуждение", которое состоит в обмене электронами на полузанятых орбиталях, то есть вообще говоря должно иметь ту же энергию.ч

[Sol]

Доброго времени суток! Можно еще спросить, в некоторых расчетах видела, что для определенных атомов используют один базис, для других, соответственно, другой базис (в данном случае для Н, С, O и N один базис, для Ru другой)... И мне немного непонятно каким образом это делается... То есть нужно оптимизировать всю молекулу два раза? или для начало без атома Ru... Можете подсказать алгоритм действий? Заранее огромное спасибо! И прошу прощения за такие вопросы)

[Гесс]

Нет, просто указываете два разных базиса в расчете. Кейворд Gen на месте базиса и список базисов и элементов под геометрией.
Общая методология с примерами: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_gen.htm
Примеры https://www.researchgate.net/post/Can_I ... e_molecule
Учтите что lanl2dz это псевдопотенциальный базис, поэтому кроме Gen надо использовать и GenECP или его эквивалент pseudo=read
Пример с lanl2dz есть по второй ссылке для системы с атомом цезия.
Расчет в двух базисах это очень типично для металлокомплексов, об этом я упоминал выше, и был сильно удивлен что в статье что вы прислали использовался lanl2dz для всего.

[surius]

Нет, просто указываете два разных базиса в расчете. Кейворд Gen на месте базиса и список базисов и элементов под геометрией.

По волнам моей памяти... Если есть нужда, то можно процесс немного автоматизировать путем использования внешнего файла базисных наборов.
кастомный функционал