Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

[Vit Nhoc]

Здравствуйте,
У меня возникла идея разослать пользователям моей программы Chemcraft email, с просьбой прислать мне 2-20 примеров входных и выходных файлов, которые позволили этим пользователям провести какие-то актуальные исследования (с хорошими предсказаниями и согласием с экспериментом). Далее я буду всем раздавать архив с этими файлами (ещё не решил, будет ли этот архив доступным для всех или только для зарегистрированных пользователей Chemcraft). Может быть, потребуется, чтобы вместе с этими файлами пользователи присылали doc-файлы с кратким описанием сути исследования, и комментариями (зачем в этих входных файлах, например, добавлены какие-нибудь IOPS-ы).
Что вы думаете об этой идее? С одной стороны, я постоянно вижу, что большая проблема квантовой химии – большинство людей, пытающихся делать расчёты, являются скорее профанами. Такой архив мог бы быть для них полезным. С другой стороны, я слышал что такой подход (свободно раздавать свои выходные файлы) считается не очень этичным. Что думаете?

[Гесс]

С другой стороны, я слышал что такой подход (свободно раздавать свои выходные файлы) считается не очень этичным. Что думаете?

Для опубликованной работы это вполне нормально. В статье должно быть представлено достаточно данных чтобы читатель мог воспроизвести описанные расчеты. То есть, чисто теоретически, основываяст на статье читатель должен быть способен поиметь такой же аутпут как у авторов (с погрешностями на машину). Практически это разумеется весьма редко соблюдается.
А вот результатами текущей неопубликованной работы (которую планируется опубликовать) я думаю большинство делиться не будет.

Незнаю, мне кажется результат будет какой-то ужасающей солянкой, а попытка систематизировать выльется в "иллюстрированный мануал", вопрос только к какой программе. Логично что файлы типа "беспроблемная оптимизация в B3LYP с базисом входящим в список поддерживаемых программой" малоинтересны, но тогда подборка будет по "сложным случаям и ошибкам с их решениями". В случае гауссиана подавляющее большинство ошибок и так гуглится, в случае других программ коды ошибок зачастую настолько общи и неспецифичны...

Обычно примеры инпутов даются в мануалах либо в тестовых папках программ. Вот весьма полезный сайт по орке (при том что мануал у нее тоже забит примерами) https://orcaforum.cec.mpg.de/viewtopic.php?f=8&t=715

[EvgeniX]

Хе хе... У меня есть примеры (со всеми датам отправки/публикаций), где исследования позволили получить некоторым иностранным корифеям новые данные (с большой долей вероятности рецензенты). Только я их присылать не буду ))

[Vit Nhoc]

Незнаю, мне кажется результат будет какой-то ужасающей солянкой, а попытка систематизировать выльется в "иллюстрированный мануал", вопрос только к какой программе. Логично что файлы типа "беспроблемная оптимизация в B3LYP с базисом входящим в список поддерживаемых программой" малоинтересны, но тогда подборка будет по "сложным случаям и ошибкам с их решениями". В случае гауссиана подавляющее большинство ошибок и так гуглится, в случае других программ коды ошибок зачастую настолько общи и неспецифичны...

Жаль, если в текущем варианте идея не очень удачная. Мне надо придумать какое-то оптимальное решение. Я хочу зарабатывать не только на Chemcraft, но и на какой-то продаже инфорамации, которая будет помогать новичкам осваивать квантовую химию. Я начал писать программу CChemBeg (computational chemistry for beginners) - интерактивный справочник по квантовой химии. По идее, если это программа станет коммерческой, за несколько лет она выростет до уровня полезнейшего для всех проекта. Пока я только озвучил идею этой программы в таком виде:

http://chemcraftprog.com/cchembeg.html

Прошу помочь найти решение.

[VTur]

Вы собираетесь продолжить написание программы извлечения данных или написать программу анализа (обработки) данных? Это не одно и тоже.
Обработка даных требует привлечения некоторых дополнительных моделей.

[ Post made via Android ]

[Vit Nhoc]

Вы собираетесь продолжить написание программы извлечения данных или написать программу анализа (обработки) данных? Это не одно и тоже.
Обработка даных требует привлечения некоторых дополнительных моделей.

[ Post made via Android ]

Ни то ни другое. Я хочу написать программу - интерактивный справочник по квантовой химии. Человек запустит его и узнает, какими методами надо считать его молекулы, на какую можно рассчитывать точность и т.д.
По идее, можно просто написать книгу, но её быстро украдут и выложат в открытый доступ, т.е. на ней не удастся заработать. А я хочу сделать именно коммерческий проект - тогда с каждым годом он будет становиться всё серьёзнее и полезнее.

[Гесс]

какими методами надо считать его молекулы

я не представляю как программа сможет это определять.

Вот на вопрос "какие методы могут быть использованы для получения цифры" + ограничения метода (по размеру системы, по клоздшеллнутости, по расчетам сопряженных систем) + в какие программы метод имплементирован + образцы инпутов - это принципиально возможно но проект надо будет непрерывнейше апдейтить в первую очередь по мере появления фич в пакетах. Я могу накидать пару списков для нескольких относительно "типичножелаемых" задач, но вообще я сомневаюсь что еще остались универсалы знающие все методы и условия их применения.
А обсуждение может легко и изысканно вылиться в традиционный срач по частным случаям. - это перекликается со следующим пунктом:
К тому же обычно нельзя дать общие рекомендации. Скажем можно сказать что ДФТ орбитали это хороший старт для КАС-расчета. Или что геометрия полученная в дисперсионнокорректированном ДФТ хороша для Каплдкласетрного синглпоинта. Или что ЛПНО-ЦЦСД не врет относительно канонического ЦЦСД. Или что расчет во внутренних координатах это хорошая идея. Или что Контерпоизкоррекшн улучшает результат. Или что не играет роли как экстраполировать к CBS. Или что при расчетах анионов надо использовать сильнонадиффуженные базисы. И это даже будет в значительном числе случаев правдой. Но всегда можно найти примеры где все совсем наоборот.

[Vit Nhoc]

А как вы относитесь к идее квантовохимического wiki-проекта?
Мне раньше давали ссылку на какой-то такой проект, но я её забыл и не смог нагуглить – видно проект не очень востребован. Вместо такого проекта можно записаться в админы Википедии и там создавать статьи. Но с квантовой химией это всё вряд ли будет особо работать, потому что wiki-проекты могут зарабатывать (краудфандингом) только на том, что способно спасти мир.
А что если сделать коммерческий wiki-проект? Т.е. для чтения статей нужно будет, например, ввести ключ от Chemcraft. Может эта идея удачнее моей идеи интерактивного справочника?

[madschumacher]

Wiki -- based коммерческий проект? А с лицензией Creative Commons это вообще совместимо?
И пароли для чтения в MediaWiki вообще возможно реализовать без напильника?

P.S.:
1. http://chemwiki.ucdavis.edu/Core/Physic ... _Mechanics
2. http://molwiki.org/wiki/Main_Page
3. http://www.chemeddl.org/resources/models360/models.php

P.P.S. А стоит ли вообще множить количество "расчетчиков", которые только и могут на кнопки тыкать, не понимая, какие приближения лежат в основе их BlackBox-методов, как это вообще функционирует и вообще чЁ они вообще считают (я к таким тоже отношусь ). Порог входа в расчетную квантовую химию сейчас и так низок как никогда, журналы (даже хорошего уровня) завалены сортирными работами, которые делаются по принципу "нажали на кнопочку -> получили цихферку ". Может лучше людей квантам поучить и математике? А бенчмарк-базы по методам, наверное должны быть на более-менее зрелых пользователей рассчитаны.

[Vit Nhoc]

P.P.S. А стоит ли вообще множить количество "расчетчиков", которые только и могут на кнопки тыкать, не понимая, какие приближения лежат в основе их BlackBox-методов, как это вообще функционирует и вообще чЁ они вообще считают (я к таким тоже отношусь )

Почему бы и нет? Вот как у нас обстоит ситуация в нашем провинциальном университете. Есть много лабораторий, каждая делает какой-то эксперимент. Я думаю, в 70% случаев для этих лабораторий можно удачно применить квантовую химию, если подходить к этому творчески и грамотно выбирать задачи. Многие из них пытаются делать какую-то квантовую химию, но на абсолютно дилетантском уровне, и никто им толком не помогает и не консультирует, так что эффект почти нулевой. В вузе есть одна группа, где сидят профессиональные расчётчики, но они снобы и не особо стремятся кому-то помогать, плюс они специализаруются на ab initio, а на мой взгляд "настоящая творческая квантовая химия" это DFT.
Моя программа (или мой wiki-проект) были бы нужны не снобам-профессионалам, а экспериментаторам, которые хотят прибавить к своим экспериментам квантовую химию нормального уровня.

[Гесс]

В вузе есть одна группа, где сидят профессиональные расчётчики, но они снобы и не особо стремятся кому-то помогать, плюс они специализаруются на ab initio, а на мой взгляд "настоящая творческая квантовая химия" это DFT.

Вот тут я скорее не соглашусь, от слова совсем. ДФТ это "черный ящик", "творчества" в его использовании обычно очень мало. Зачастую оно состоит в замене беспричинновыбранного B3LYP на беспричинновыбранный любой другой функционал. Это же является и еще одной причиной популярности DFT, скажем людей делающих мультиреференс (имхо одна из наиболее творческих задач) попробуй поищи.

DFT.jpg

Если же ограничиваться DFT то ваша идея довольно реалистична, надо загнать в код выбор функционала базируясь на критериях из "Which functional should I choose?" и задач из выборы функционала (спасибо за ссылку avelon), выбор базиса исходя из элементов BSE и OrcaInput, рекомендовать даблзета базис начиная с Х размера молекул, рекомендовать density fitting / RI начиная с размера Y (или всегда), рекомендовать SCF=xqc для гауссиана, рекомендовать надиффуженный базис для анионов, нерекомендовать aug-cc-pVDZ, рекомендовать дисперсионную коррекцию везде без разбора. С помощью такого генератора любая кухарка сможет управлять расчетами

которые делаются по принципу "нажали на кнопочку -> получили цихферку ".

В общем будет именно то в чем VTur обвиняет современные кванты.

[Vit Nhoc]

Вот тут я скорее не соглашусь, от слова совсем. ДФТ это "черный ящик", "творчества" в его использовании обычно очень мало.

Как же тогда считать большие молекулы? На MP2?

[uchebnik fiziki]

Я хочу зарабатывать <...> на <...> продаже инфорамации

Это не просто неприлично, это за гранью этики вообще. Такие вещи не просто не приняты, такая деятельность непристойна и даже не обсуждается в приличном обществе.

Любая адекватная бизнес-модель в области разработки ПО базируется не на продаже софта, а на продаже поддержки, кастомизации и выполнении контрактных работ.

[uchebnik fiziki]

Wiki -- based коммерческий проект? А с лицензией Creative Commons это вообще совместимо?
И пароли для чтения в MediaWiki вообще возможно реализовать без напильника?

Залить медиавики можно на любой хостинг, лицензия тут вообще ни при чём. Вот только идея платить за проект неизвестного качества принципиально порочна.

Порог входа в расчетную квантовую химию сейчас и так низок как никогда, журналы (даже хорошего уровня) завалены сортирными работами, которые делаются по принципу "нажали на кнопочку -> получили цихферку

Послушал тут надысь презентацию Шерилла про Psi4. Впечатлился простотой интерфейса. Будущее наступило. Смиритесь.

Вместо такого проекта можно записаться в админы Википедии и там создавать статьи.

Чтобы там создавать статьи, в админы записываться не надо, даже простой аккаунт не нужен. Только зарабатывать на этом нельзя, запрещено.

[Гесс]

Послушал тут надысь презентацию Шерилла про Psi4. Впечатлился простотой интерфейса. Будущее наступило. Смиритесь.

А шо там? а мона ссыль? Я пользую изредка PSI4, я не вижу там ничего принципиально отличного от орки, гауссиана или природы в формате инпута и аутпута. Или что имеется в виду под словом интерфейс? Самый ... нет слов... интерфейс из того что я пробовал - это Амбер и Громакс, а из квантовых Турбомоль. Так как я не специалист в МД то я ничего не буду говорить по первым двум, но формат турбомоля это что угодно но не "простой" и не "юзерфрендли".

[madschumacher]

Вобщем, стоит ли браться за то, что непонятно kаk и зачем делать, и что, вероятнее всего потом сможет kаkая-нибудь kоманда ученых с грантом превзойти с бесплатным аналогом. Если таk хочется повысить уровень грамотности у людей и заработать -- лучше организовать платные семинары/kурсы/праkтиkумы по приkладным kвантам. И обучаемые люди станут поумнее и поопытнее в итоге -- и это понятно kаk и зачем делать (на базе всяkих вебинарных сайтах, да хоть kурсах для абитуров). И тут нет kонфлиkта с научным сообществом в финансовом плане (не надо плодить соперниkов sci-hub-у ).

[madschumacher]

Kcт, наверное неплохой kомм. продуkт (с хорошим спросом) была бы эkспертная система, kоторая бы советовала что и kаk нужно считать. Типа -- вводишь молеkулу в виде *xyz файла, и говоришь ей: "Фас!", а она таkая приkидывает точность различных приближений, выч. стоимость расчетов, и, исходя из дополнительных условий (типа стоимость вычислений, доступность прог), выводит рейтинг приближений и методов расчета для подобной системы. Наверняkа kakие-нть унылые попытkи таkого делались, но будь у разрабов реально рабочий продуkт, сkажем, с 90% успешной вероятностью, то спрос наверняkа был бы. Правда, наверное таkой проеkт был бы тольkо Google под силу.
Таk что вперед туда, или в Yandex

[Гесс]

Вот тут я скорее не соглашусь, от слова совсем. ДФТ это "черный ящик", "творчества" в его использовании обычно очень мало.

Как же тогда считать большие молекулы? На MP2?

Я не говорил что ДФТ ненадо использовать. Я сказал что это обычно рутинные расчеты, в которых обычно не требуется ни разбираться в сути метода ни вводить какие то параметры индивидуальные для каждого расчета и варьировать их в зависимости от выдач из прошлых забегов.
Кстати стоит таки согласовать что мы имеем в виду под словом "считать".
ДФТ может давать оптимизированную геометрию, энергию в точке (отсюда можно вычислять скажем binding energy, энергию ионизации и пр), частоты (ИК и Раман спектры), УФ-спекрты если мы учтем ТД-ДФТ. Чего то забыл?
Из этого списка геометрия, частоты и оочень отчасти УФможно отнести к категории того где нет лучшего выбора чем ДФТ в смысле качества для систем скажем 60-200 атомов. (За 200 атомами на сегодня ДФТ все еще не так часто встречается, до 60 MP2 тоже реально). "Отчасти" УФ означает что среди изобилия методов (ADC(*), CC2, CIS* (PECI), CAS-* (RAS), DFTMRCI, EOM-CCSD, SAC-CI, ZINDO (и пр того же уровня)) обычно можно найти чтото подходящее для текущей системы, в частности КАС методы зависят от размера активного пространства (которое варьирует пользователь), а не от числа атомов в системе (от которого сложно убежать).

P.S. Кстати Liakos (с Низе) смогли получить для своих систем скорость DLPNO-CCSD всего в 2 раза ниже скорости B3LYP (за счет линейного скейлинга DLPNO при кубической зависимости для DFT). Это помнится пока только синглпоинты, но оптимизацию с ДЛПНО Низе уже делал (ЕМНИП). При том что метод все еще активно девелопится - у ДФТ может появиться серьезный конкурент (кстати едва ли не более black-box чем DFT но это не важно).

[madschumacher]

Еще есть всяkие ЯМР, ЭПР спеkтры, kоторые люди тоже посчитывают. DFT там вроде тоже один из фаворитов (не спец, не знаю).

[Гесс]

Еще есть всяkие ЯМР, ЭПР спеkтры, kоторые люди тоже посчитывают. DFT там вроде тоже один из фаворитов (не спец, не знаю).

Я тоже не спец, тогда еще можно добавить угол вращения и кривые ДОВ. Меллер-плесетные и каплдкластерные методы для этих задач есть, какие системы ими вытягивали - надо гуглить, но они все "синглпоинт основанные", соответственно если обработка результатов полученных из синглпоинта одинакова - методы должны добивать до туда же докуда добивают соответствующие сиглпоинты.