Ошибка в Gamess

[NickChem]

Здравствуйте.

Во время запуска программы Gamess, при оптимизации структуры молекулы, возникает ошибка и программа вылетает. В сообщении пишется
FORCE CONSTANT MATRIX NOT UPDATED --- TAKING FIRST STEP):
*******************************************************************************
*** ERROR! THERE ARE NOT 5 OR 6 TRANS/ROT MODES NUM T/R= 14 EIGENVALUES=
Подскажите, что можно сделать.

[Гесс]

Без полного аутпута и инпута ваши шансы получить ответ невелики.

[NickChem]

Без полного аутпута и инпута ваши шансы получить ответ невелики.

Вот, это все что образуется

[Гесс]

Попробуйте дать ему другую геометрию:
либо "small random displacement" Кемкрафта
либо оптимизируйте другим методом, скажем AM1, и вкормите в PM3 оптимизированную геометрию

Дальше - вскрытие покажет...

[VTur]

Измените нумерацию ядер. Начните нумерацию с самого дальнего ядра и постарайтес продолжать ее последовательно, без скачков

[ Post made via Android ]

[madschumacher]

можно вопрос, а без сkачkов - это kak?! В терминах теории графов или чего еще?

З.Ы. про то, kak это поможет -- я молчу

[VTur]

можно вопрос, а без сkачkов - это kak?! В терминах теории графов или чего еще?
З.Ы. про то, kak это поможет -- я молчу

Сразу видно, что в ГАМЕССе Вы не большой специалист.
Без скачков - это значит, что между двумя номерами атомов не желательно вставлять атом со значительно отличающемся номером. Номера желательно ставить последовательно. Это особенность расчета G матрицы в ГАМЕССе.

[madschumacher]

Если не сеkрет, kakой именно G-матрицы?

И хараkтерно ли это все для GAMESS(US) или для Firefly? Или и для того и для того?

[amge]

Без скачков - это значит, что между двумя номерами атомов не желательно вставлять атом со значительно отличающемся номером. Номера желательно ставить последовательно. Это особенность расчета G матрицы в ГАМЕССе.

Порядок нумерации атомов важен только когда оптимизация идет во внутренних координатах z-матрицы. У ТС (неявно) задана оптимизация в xyz-координатах, и G-матрица вообще не при делах. Но обычно используют не внутренние и не xyz-координаты, а делокализаванные координаты (DLC). Для автоматически генерируемых DLC не важен порядок нумерации атомов, он не сказывается на вид получающихся координат и, соответственно, на G-матрице.

NickChem, добавьте nzvar=39 в группу $CONTRL и дополнительную строку $zmat dlc=.t. auto=.t. $end, и жизнь наладится. К тому же, оптимизация сойдется гораздо быстрее.