Прерванный расчет в Firefly

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Прерванный расчет в Firefly

Сообщение LVictor » Сб сен 26, 2015 10:01 am

Всем добрый день. Считаю в Firefly оптимизацию геометрии. Прервался расчет. Чтобы продолжить выполнил операцию в командной строке: babel -i gamout имя_выходного_файла -o gamin имя_нового_входного. (Взял прерванный out, новый inp назвал по-другому) Удалил старые inp и out. Считаю на 4 процессорах, файлы во временных папках оставил. Расчет запустился. Вопрос: как понять, что он продолжился, а не запустился заново?

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение LVictor » Сб сен 26, 2015 12:06 pm

А если в конце старого и в начале нового out'а есть точные значения FINAL ENERGY - это доказательство или нет?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение Гесс » Сб сен 26, 2015 2:55 pm

посмотрите значения энергии после каждого шага оптимизации в старом и новом аутпуте.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение LVictor » Сб сен 26, 2015 4:01 pm

Значения разные, отличаются сильно.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение LVictor » Сб сен 26, 2015 4:02 pm

НО последнее в старом и первое в новом абсолютно одинаковые

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение LVictor » Сб сен 26, 2015 4:05 pm

В новом инпуте - уточненные координаты из оборванного аутпута

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение Гесс » Сб сен 26, 2015 4:06 pm

Значит все хорошо, оно взяло последнюю точку и пошло дальше. То что оно идет в правильную сторону должно выглядеть как понижение энергии.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение LVictor » Сб сен 26, 2015 4:44 pm

Да,энергия понижается.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение LVictor » Сб сен 26, 2015 4:53 pm

А правильно ли было полностью копировать начало первого инпута (до "Title") и вставлять в новый инпут без изменений?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение Гесс » Сб сен 26, 2015 5:54 pm

Я не знаю что именно делает babel -i gamout имя_выходного_файла -o gamin имя_нового_входного
Если только выковыривает последнюю геометрию и вставляет ее то это довольно скромный функционал (можно руками сделать в несколько кликов), и да, добавление к новой геометрии исходных кейвордов звучит вполне логично. Как минимум если причина обрыва "внешняя" - вышло время, вырубился комп, какойто сбой.
Если же бабель создает полноценный инпут (что было бы логично) то разумеется ничего досовывать ненадо.

Если же причина обрыва как то завязана на кейворды (кроме случая когда выпользовался максимум итераций без сходимости) то новый прогон должен рухнуть, скорее всего на первом же шаге.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение LVictor » Сб сен 26, 2015 6:08 pm

Он просто взял координаты из последнего оконченного шага

Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Re: Прерванный расчет в Firefly

Сообщение Fanfate » Пн сен 28, 2015 1:54 am

LVictor писал(а):Он просто взял координаты из последнего оконченного шага
Этого достаточно.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 47 гостей