Какой состав у cytochrome c?

[cristobal_junta]

Добрый день.

Суть вопроса такова: нужна формула (точнее, состав [composition]; что-нибудь типа C560 H874 N148 O156 S4 Fe) белка cytochrome c из bovine heart. Подробная информация чуть ниже.

Мои знания химии ограничены школьным курсом, потому я никак не могу разобраться в некоторых вещах, о которых напишу далее. Состав же CytC мне нужен, чтобы сгенерировать "естественную смесь" (я имею в виду изотопное распределение) - я численно моделирую поведение ионных облаков в ловушке FT-ICR масс-спектрометра; ионы предполагаются точечными, потому имеют значение только их масса и заряд; при большом числе ионов изотопные пики в эксперименте сливаются (coalescence) за счет кулоновских эффектов, и необходимо получить это в моделировании. Изотопное распределение я генерирую, зная состав, с помощью программ типа IsoPro или emass (J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2006, 17, 415-419). Результаты моделирования (т.е. масс-спектр) сравниваю с данными реального физического эксперимента; экспериментаторы используют указанный CytC, но почему-то затрудняются сказать мне его формулу

Теперь подробнее о веществе.

Аналит куплен у компании Sigma. Его страничка здесь:
http://www.sigmaaldrich.com/catalog/sea ... IGMA/C2037

Cytochrome c from bovine heart
Product Number C 2037
CAS# 9007-43-6
Synonym: Ferricytochrome c (oxidized state)
Molecular mass: 12327 Da

Зная только лишь эту информацию, я не смог найти нигде в интернете его состав. Из самой Sigma мне ответили, что формулу не знают

И я начал свои дилетантские изыскания...

В основополагающей статье
http://www.jbc.org/cgi/content/abstract/241/5/1166
написано:
"Bovine heart cytochrome c has an amino acid sequence identical with that of pig and sheep cytochromes c."

Потому стал смотреть хрюшку и овечку по запросу "104 P00006" в
http://www.ebi.uniprot.org/index.shtml

Отсюда выяснил, что немодифицированная аминокислотная последовательность
GDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWGEETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGIKKKGEREDLIAYLKKATNE
имеет состав C517 H825 N143 O150 S4 и весит 11572 Да (причем, это средняя масса; т.е. не моноизотопная).

Из раздела Features выяснил, что N-terminal amino acid имеет PTM (N-acetylglycine). Я так понял, что туда цепляется -COCH3 (теперь получаем - C519 H827 N143 O151 S4), что немного увеличивает массу, но до требуемых 12327 Да не дотягивает.

С этой же страницы и из статьи
http://www.aecom.yu.edu/home/biophysics ... em-Res.pdf
понял, что к Cys14 и Cys17 цепляется heme C с помощью thioether linkages.

Нашел формулу heme C через
http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
Это C34 H34 N4 O4 Fe1, и весит он 618.503 Да

Теперь я делаю то, в чем не совсем уверен. Итак, раз написано "thioether linkages", то (насколько я понимаю) к side chain -S-H у Cys14 и Cys17 вместо водорода цепляется heme C тем местом, где у него висят отростки -CH2-CH2-R-CH2-CH2- (за R я обозначил ту часть heme C, которая содержит "кольца" и Fe).

Таким образом,
C519 H827 N143 O151 S4 + C34 H34 N4 O4 Fe1 = CytC + H2
Но у этого CytC состав C553 H859 N147 O155 Fe1 S2, и весит он лишь 12231, вместо необходимых мне 12327 Да. Куда делись 96 Да? Впрочем, мне не важно, куда они делись, если вы мне скажете окончательную формулу

Update (2007-01-27, 23:00)
На http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=144983 меня поправили: в предыдущем абзаце я пропустил две серы в формуле C553 H859 N147 O155 Fe1 S2. Правильно читать так: C553 H859 N147 O155 Fe1 S4

[StYV]

Быть может для Ваших экспериментов проще купить дендример PAMAM, например пятой генерации. Он характеризуется строго известной молекулярной массой и составом в отличие цитохрома.
С уважением StYV.

[cristobal_junta]

Быть может для Ваших экспериментов проще купить дендример PAMAM, например пятой генерации. Он характеризуется строго известной молекулярной массой и составом в отличие цитохрома.
С уважением StYV.

Да, конечно, это было бы оптимальным вариантом. Однако имеются трудности организационного характера: проект по гранту уже закончился, и у голландцев-экспериментаторов есть дела поважнее, чем сравнение своего эксперимента с моим моделированием. У меня же, естественно, своя заинтересованность - объем работы по программированию проделан достаточный, и это планируется включить в диссертацию, и сравнение с экспериментом было бы top of art!

Хотя может у них уже есть готовые спектры этого вещества...

[StYV]

Эти спектры можно добыть у продавца или они наверняка опубликованы в литературе.
С уважением StYV.

[eukar]

Хотя может у них уже есть готовые спектры этого вещества...

Какие спектры?

[cristobal_junta]

Какие спектры?

Я говорю исключительно про FT-ICR-спектры (масс-спектры).
На картинке это выглядит как интенсивность от m/z:

[avor]

Хунта! Все может быть до болезненности просто. "Сигмоидный" образец может содержать противоионы(Например натрия и хлора), что зависит от способа получения белка, связанные с катионными и анионными группами белка, откуда и возникает разница в мол. весах. А поиск вы провели грамотно.

[cristobal_junta]

Хунта! Все может быть до болезненности просто. "Сигмоидный" образец может содержать противоионы(Например натрия и хлора), что зависит от способа получения белка, связанные с катионными и анионными группами белка, откуда и возникает разница в мол. весах. А поиск вы провели грамотно.

Что самое забавное: масс-спектрометристы используют CytC для калибровки устройства! Потому интересно, как же они калибруют прибор, не зная теоретического распределения...

Есть подозрение, что на их дивайсе есть кнопочка "Откалибровать с помощью CytC от Sigma с массой 12,327 Да"

Вообще, шаманство это все какое-то по сравнению с математикой. Пусть даже и моей родной прикладной