Semiempirics vs Metal Clusters

[Гесс]

Разыскивается полуэмпирика - метод и программа в которую он заимплеменчен. Требование к методу - адекватное описание малых металлических кластеров. Соответственно это не AM1*, не PM6, не PM7 (в них металлические кластеры, как минимум на примере цинка и меди, тупо взрываются). MNDO(d) также не устраивает.
Возможно EAM (embedded atom model), TBM-SMA (second-moment approximation to the tight binding method), (фиг его пока знает что это такое, свеженагугленное), любые ваши предложения.
Возможно чтото из серии описанного здесь

A Semi-Empirical Potential for Simulations of Transition Metal Cl.pdf

, но мне непонятно где его можно пощупать или хотя бы по какому названию его искать.
CNDO в Гауссиане как то стремно падает.
В Mopac и VAMP ничего особо вкусного не найдено. К тому же хотелось бы параллельную прогу.

P.S. qm природы не дает бредовых длин связей, но вообще геометрия стартованная с ДФТшных результатов меняется весьма категорично да и координация внешних лигандов тоже переигрывается очень и очень. Это я оставлю на черный день.

[alxyppv]

А как Вы на счет DFTB в его различных вариантах? По цене сопоставимо с полуэмпирикой. Правда, не все элементы могут быть параметризованы.

[Гесс]

А как Вы на счет DFTB в его различных вариантах? По цене сопоставимо с полуэмпирикой. Правда, не все элементы могут быть параметризованы.

Спасибо. Завтра буду общаться с начальством, попрошу чтоб оно зарегистрировалось.

UPD. Посмотрел где оно заимплеменчено кроме "главной" программы.
В гауссиане как то очень мутно, АДФом я сегодня не разжился, так что посмотрел что есть в MaterialStudio.
Куча отдельных библиотек. Я надеюсь что в DFTB+ их можно скрещивать? znorg-овая библиотека нормально (хорошо) сработала для Zn-кластера через кислород связанного с органическим куском. Медь присутствует только в matsci, где она не скрещена ни с HCNO сетом ни даже Cu-Cu (если честно то хотелось бы Cu-Cu, Cu-S, я нашел симпатичную работу для сравнения с медным кластером и серноорганическими лигандами). В http://www.dftb.org/fileadmin/DFTB/publ ... _Zheng.pdf указано что медь скрещена с HCNO, но это мне довольно бесполезно, да и на http://www.dftb.org/parameters/download/ для меди особо вкусняшек нет, ладно, на меди свет клином не сошелся, библиотека trans3d выглядит очень вкусно.

[alxyppv]

Метод в принципе есть в разных пакетах:
http://www.dftb.org/codes/

Он сильно зависит от параметризации, и не все элементы могут быть доступны. Хотя вот Heine вроде почти всю таьлицу запаремтризовал
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct4004959

[Гесс]

Упс, я вписал апдейт в прошлый пост пока вы написали ответ.

[amge]

Еще есть быстрый частично полуэмпирический метод под названием HF-3c. Это, по сути, HF в маленьком базисе с тремя видами поправок. Металлы есть.

[Гесс]

Мое начальство изящно вышло из положения.
Раз имеющиеся в моем распоряжении полуэмпирические гамильтонианы не могут корректно оптимизировать металлические кластеры, то значит металлические кластеры в составе исследуемой системы (очень немаленькая органика) оптимизироваться не будут.

Еще есть быстрый частично полуэмпирический метод под названием HF-3c. Это, по сути, HF в маленьком базисе с тремя видами поправок. Металлы есть.

Уже запустил орку. Хотя бы посмотрю как отличаются результаты моей AM1*/MNDOD от DFTB и HF-3c. Думаю может быть интересно.

[YuraM]

Are you sure that HF-3c in ORCA is going to be faster than PBE/L1 in Priroda?
HF is HF and more likely to scale worse than GGA DFT. However, I am not sure. I have few TM complexes about 180 atoms. I submitted both PBE/L1 and ORCA/HF-3c. I still believe that PBE structure will be more reliable, even if there is no dispersion as in HF-3c but we shall see.

[amge]

Are you sure that HF-3c in ORCA is going to be faster than PBE/L1 in Priroda?

Кстати, да. Причем именно для больших систем, поскольку зависимость скорости DFT Природы от размера системы (промежуточная между линейной и квадратичной), видимо, существенно меньше (у обычного HF ~ кубическая, насколько я знаю).

[YuraM]

The optimized structures in HF-3c and PBE/L1 are different to some extent. In PBE you have the electron correlation, but no basis set incompleteness correction or dispersion; in HF-3c you have no electron correlation but you have basis set incompleteness correction and dispersion correction for HF...

[Гесс]

В статье по HF-3c фигурируют весьма крупные системки.
Но пока я как то ни разу не впечатлен - Счас идет вторая сцф итерация (аж до сюда мы добрались за 12 часов walltime) эффективность меньше 300% на 16 процессорной ноде. Узким местом внезапно оказались 64 Гб RAM. Это система из чуть менее чем 1200 атомов B...F, полусотни атомов металла (не тяжелее цинка) и сотни водородов.

# of primitive gaussian shells ... 11631
# of primitive gaussian functions ... 19647
# of contracted shell ... 3903
# of contracted basis functions ... 6679

чисто для сравнения - AM1 и иже с ними систему в 1000 с гаком атомов в хорошей геометрии при условии отсутствия проблем со сходимостью (без металлов, ибо металлы это жопа, о чем собственно и был вопрос) оптимизирует в RHF часов за 8-12, при наличии проблем и/или в UHF - дня 3. (12 ядер)
Попробовал DFTB ADFa - На одном ядре виндосовой машины система (без металлов) соптимизировалась менее чем за час (а может и полчаса, не засекал).