def2-SVP vs 6-31G*

[Гесс]

Вопрос такой: потеряю ли я что либо принципиальное перейдя с 6-31G* на def2-SVP? Или это замена среднестатического шила на среднестатическое мыло?

Примечание
[cut]Работа начата в 6-31G* но в силу того что я немогу сделать то что я хочу в Орке и Гауссиане (руки кривые или еще че, это непринципиально) я иду в Турбомоль, где нет auxillary базисов для 6-31G*, а использовать RI я категорически намерян. Природа не рассматривается в силу отсутствия исходного функционала, если я еще и функционал поменяю то от моей исходной работы останутся рожки и ножки, и так все нафиг пересчитывать.[/cut]
Альтернативно рассматривается aug-cc-pvdz.

[amge]

Работа начата в 6-31G* но в силу того что я немогу сделать то что я хочу в Орке и Гауссиане (руки кривые или еще че, это непринципиально) я иду в Турбомоль, где нет auxillary базисов для 6-31G*, а использовать RI я категорически намерян.

А Турбомоль не умеет принимать внешние auxillary базисы? Если умеет, то можно сгенирить их той те Оркой, или Гауссианом. Инпуты для генерирования можно подсмотреть в тексте скрипта g2pri_basis.

Про базисы: по размеру 6-31G* и def2-SVP более-менее аналогичны, а aug-cc-pVDZ - уже из другой весовой категории.
[cut]6-31G*
C : 14/27 : {3,2,1}/{10,4,1}
H : 2/4 : {2}/{4}

def2-SVP
C : 14/24 : {3,2,1}/{7,4,1}
H : 5/7 : {2,1}/{4,1}

aug-cc-pVDZ
C : 23/35 : {4,3,2}/{10,5,2}
H : 9/11 : {3,2}/{5,2}[/cut]

[kbob]

Вопрос такой: потеряю ли я что либо принципиальное перейдя с 6-31G* на def2-SVP? Или это замена среднестатического шила на среднестатическое мыло?

Примечание
[cut]Работа начата в 6-31G* но в силу того что я немогу сделать то что я хочу в Орке и Гауссиане (руки кривые или еще че, это непринципиально) я иду в Турбомоль, где нет auxillary базисов для 6-31G*, а использовать RI я категорически намерян. Природа не рассматривается в силу отсутствия исходного функционала, если я еще и функционал поменяю то от моей исходной работы останутся рожки и ножки, и так все нафиг пересчитывать.[/cut]
Альтернативно рассматривается aug-cc-pvdz.

Если вы хотите добавить в базис def2-SVP дифузные орбитали (возбужденное состояние посчитать или отрицательный ион), то используйте def2-SVPD. Поляризационные орбитали к базису def2-SVP обычно не добавляются, а aug-cc-pvdz это c дифузными орбиталями, но для CC-расчетов.

[Гесс]

Если вы хотите добавить в базис def2-SVP дифузные орбитали (возбужденное состояние посчитать или отрицательный ион), то используйте def2-SVPD.

Это мысль

а aug-cc-pvdz это c дифузными орбиталями, но для CC-расчетов.

то что оно с диффузными я знаю, да диффузию я бы хотел учитывать, у меня не анион и не возбуждение, но у меня ну скажем ароматический стекинг.
А вот то что оно для СС расчетов вызывает у меня сомнение - я много видел и практиковал сам даннинговские сеты в DFT и MP2.

[kbob]

Если вы хотите добавить в базис def2-SVP дифузные орбитали (возбужденное состояние посчитать или отрицательный ион), то используйте def2-SVPD.

Это мысль

а aug-cc-pvdz это c дифузными орбиталями, но для CC-расчетов.

то что оно с диффузными я знаю, да диффузию я бы хотел учитывать, у меня не анион и не возбуждение, но у меня ну скажем ароматический стекинг.
А вот то что оно для СС расчетов вызывает у меня сомнение - я много видел и практиковал сам даннинговские сеты в DFT и MP2.

Для MP2 тоже рекомендуют использовать cc-базисы и для Double_hybrid DFT функционалов тоже
http://computationalchemistry.wikia.com ... ble_hybrid

А вот для HF и чистых-DFT расчетов использование сс-базисов будет перебор (много лишних базисных функций не повышающих точность).

[Гесс]

Для MP2 тоже рекомендуют использовать cc-базисы и для Double_hybrid DFT функционалов тоже
http://computationalchemistry.wikia.com ... ble_hybrid

А вот для HF и чистых-DFT расчетов использование сс-базисов будет перебор (много лишних базисных функций не повышающих точность).

Спасибо, учтумс.

[YuraM]

def2-svp is better than 6-31G*. If I remember correctly, in 6-31G you have the same exponents for s and p orbitals (in ancient times it could speed up the computations). In def2-svp the s and p exponents are different.

I think it could be possible to find the auxiliary basis sets for 6-31G and try to use these in Turbomole.

[Auld-Bore]

Для MP2 тоже рекомендуют использовать cc-базисы ...

Всяко бывает...

DOI:

http://dx.doi.org/10.1002/jcc.20058

[Гесс]

Для MP2 тоже рекомендуют использовать cc-базисы ...

Всяко бывает...

DOI:

http://dx.doi.org/10.1002/jcc.20058

Я знал об этой статье, но когда она мне была нужна не смог ее найти!!!!
Спасибо.

[kbob]

Для MP2 тоже рекомендуют использовать cc-базисы ...

Всяко бывает...

DOI:

http://dx.doi.org/10.1002/jcc.20058

Заставь ** молится - лоб разобьет
Во-первых зачем брать aug- версии при расчете обычных алканов (не отрицательных ионов и не возбужденных состояний), лишние функции в этом случае не нужны?
Во-вторых базиз aug-cc-pVDZ слишком мал для расчета геометрии любым методом, какой смысл с ним сравнивать?
В-третьих DFT/B3LYB (c 3-мя подгоночными параметрами) лучше вычисляет геометрию, чем MP2 даже в предела бесконечно большого базиса, зачем их сравнивать?

Ответ на все вопросы нашелся на последней странице (Geometry optimizations were carried out using Gaussian-03.)

Не хочу сказать, что статья носит рекламный характер, но Gaussian я для себя забанил уже давно.

[Shorku]

Во-вторых базиз aug-cc-pVDZ слишком мал для расчета геометрии любым методом, какой смысл с ним сравнивать?
В-третьих DFT/B3LYB (c 3-мя подгоночными параметрами) лучше вычисляет геометрию, чем MP2 даже в предела бесконечно большого базиса, зачем их сравнивать?

если для геометрии мало, то и для всего остального, получается мало?

[kbob]

Во-вторых базиз aug-cc-pVDZ слишком мал для расчета геометрии любым методом, какой смысл с ним сравнивать?
В-третьих DFT/B3LYB (c 3-мя подгоночными параметрами) лучше вычисляет геометрию, чем MP2 даже в предела бесконечно большого базиса, зачем их сравнивать?

если для геометрии мало, то и для всего остального, получается мало?

Так нужно брать cc-pVTZ как минимум.

Сравнил для примера DFT/B3LYP/TZVP и DFT/B3LYP/6-311++g** (алканы), в первом случае геометрия лучше, ну и о чем разговори?

Если сравнить CCSD/cc-pVTZ и CC/6-311++g** (алканы), опять первый лучше будет.

[Гесс]

Во-вторых базиз aug-cc-pVDZ слишком мал для расчета геометрии любым методом, какой смысл с ним сравнивать?
В-третьих DFT/B3LYB (c 3-мя подгоночными параметрами) лучше вычисляет геометрию, чем MP2 даже в предела бесконечно большого базиса, зачем их сравнивать?

если для геометрии мало, то и для всего остального, получается мало?

Так нужно брать cc-pVTZ как минимум.

Это утверждение уже один раз было озвучено на форуме (viewtopic.php?t=84542&p=587005#p587005). Именно про неадекватность aug-cc-pVDZ и лучшее качество cc-pVTZ.
Со своего шестка мне это кажется сомнительным.
Хотя бы из тех соображений что как уже было указано в этой теме aug-cc-pVDZ заметно больше чем другие дабл-зета базисы.
Меня можно убедить в том что даннинговские сеты хуже поппловских.
Меня можно убедить в том что даннинговские сеты могут лажать на некоторых геометриях.
Но вот в том что поппловские или карлсруевские базисы внезапно хорошо быстро и дешево описывают то где лажает aug-cc-pVDZ сильно меня смущает.
Еще больше меня смущает то что для того чтобы превратить базис в адекватный оказывается нужно перестать описывать диффузию и кинуть функции обратно "внутрь".

Ответ на все вопросы нашелся на последней странице (Geometry optimizations were carried out using Gaussian-03.)

Не хочу сказать, что статья носит рекламный характер, но Gaussian я для себя забанил уже давно.

Это ваще не аргумент. Когда я вижу статьи где авторы не указывают в чем они сделали расчет, моя ненависть плещет через край.
Гауссиан чудесная программа, "все на свете и топор" © sanya1024, но главное - вы считаете что результат измениться если пересчитать это в другом пакете?

Во-первых зачем брать aug- версии при расчете обычных алканов (не отрицательных ионов и не возбужденных состояний), лишние функции в этом случае не нужны?

1) Они вредят? 2) amge показывал роль "сквозьпространственного" взаимодействия разных частей длинного алкана, которое приводит к "складыванию" цепочки пополам. ИМХО тут уже имеет смысл настрожиться и приготовиться накручивать дисперсию, диффузию и все что может быть связано.

[Shorku]

Так нужно брать cc-pVTZ как минимум.

Сравнил для примера DFT/B3LYP/TZVP и DFT/B3LYP/6-311++g** (алканы), в первом случае геометрия лучше, ну и о чем разговори?

Если сравнить CCSD/cc-pVTZ и CC/6-311++g** (алканы), опять первый лучше будет.

Как минимум для чего?

[Гесс]

I think it could be possible to find the auxiliary basis sets for 6-31G and try to use these in Turbomole.

Unfortunately i found that exactly for my functional (B97-D) Turbomole doesn't have analytical second derivatives, so far i has great options:
1) change a programm to Turbomol, basis set to another one, functional to another one
2) force Orca to work. (this i am discussing in neighboring topic).

[kbob]

Так нужно брать cc-pVTZ как минимум.

Сравнил для примера DFT/B3LYP/TZVP и DFT/B3LYP/6-311++g** (алканы), в первом случае геометрия лучше, ну и о чем разговори?

Если сравнить CCSD/cc-pVTZ и CC/6-311++g** (алканы), опять первый лучше будет.

Как минимум для чего?

(алканы), циклоалканы

CCSD-метод для сильно коррелированных соединений

[kbob]

Это утверждение уже один раз было озвучено на форуме (viewtopic.php?t=84542&p=587005#p587005). Именно про неадекватность aug-cc-pVDZ и лучшее качество cc-pVTZ.
Со своего шестка мне это кажется сомнительным.
Хотя бы из тех соображений что как уже было указано в этой теме aug-cc-pVDZ заметно больше чем другие дабл-зета базисы.

При расчете энергии возбуждения методами EOM-CC2 или CR-EOM-ССSD(T) базис aug-cc-pVDZ будет даже адекватнее сc-pVTZ. Так, что не надо все сводить к точности при вычисления геометрии.

[VTur]

Сравнивать расчеты на алканах не желательно. Ничего там особенного нет. Возьмите систему с О и N и сравните на ней.
Геометрия МР2 для них обычно лучше, а если это радикал, то может отличаться принципиально (разные точечные группы симметрии)

Если расчеты делаются от случая к случаю, то выбор базиса не принципиален - нужно взять наибольший из оптимальных по времени счета (либо просто наибольший со всеми функциями)
Если расчеты делаются на регулярной основе, то желательно все их делать в одном базисе, наибольшем со всеми функциями, который может потянуть машина для наибольшей молекулы. Тогда со временем возникнет база данных по расчетам. Когда она возникнет, тогда сможете оценить, зачем она нужна (например, мы сохраняем все check файлы)

[ Post made via Android ]

[VTur]

На счет диффузных функций.
В отличие от ADF и еще пары программ, остальные считают орбитали в гауссовых функциях. Т.е. плохо описывают поведение электронов вблизи ядра (касп или пупырь на ядре), не совсем гладкое поведение в средней области расстояний (несколько складываются максимумов, возникают лишние точки перегиба) и в валентной области (тут вообще все мимо - они спадают не экспоненцияально, а квадратично экспоненциально).
Большая часть химии находится в валентной области. Чтобы ее хоть как-то описать нужны диффузные функции.

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Тогда со временем возникнет база данных по расчетам. Когда она возникнет, тогда сможете оценить, зачем она нужна (например, мы сохраняем все check файлы)

На сервере моей группы существовал какое то время "хомяк", который собирал в себя результаты всех успешных гауссиановских расчетов всех пользователей. Если не ошибаюсь только архивы. Ну насобрано в этом "хомяке" больше 300 тысяч результатов. И че? Он еще доступен, но уже очень давно отрублен от сбора и им практически никто не пользуется. Так что формулировка "оцените когда база возникнет" мне непонятна. В моем случае она есть, и она ненужна. И исходя из отрубленности - это не только мое мнение.