Проблемы с Orca

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Проблемы с Orca

Сообщение Гесс » Ср апр 08, 2015 1:51 pm

Есть замечательно прошедший расчет, оптимизация с частотами (считался димер аргона в роли теста), участок в начале гессиана выглядит хорошо:
[cut]
-------------------------------------------------------------------------------
ORCA SCF HESSIAN
-------------------------------------------------------------------------------

Hessian of the Kohn-Sham DFT energy:
Kohn-Sham wavefunction type ... RKS
Hartree-Fock exchange scaling ... 0.000
Number of operators ... 1
Number of atoms ... 2
Basis set dimensions ... 36
Integral neglect threshold ... 2.5e-11
Integral primitive cutoff ... 2.5e-12

Setting up DFT Hessian calculations ...
Electron density on the grid ... found on disk
Building xc-kernel on the grid ... done ( 0.0 sec)
done ( 0.0 sec)

Nuclear repulsion Hessian ... done ( 0.0 sec)

----------------------------------------------
Forming right-hand sides of CP-SCF equations ...
----------------------------------------------
One electron integral derivatives ... done ( 0.2 sec)
Transforming the overlap derivative matrices ... done ( 0.0 sec)
Making the Q(x) pseudodensities ... done ( 0.0 sec)
Adding the E*S(x)*S(y) terms to the Hessian ... done ( 0.0 sec)
Calculating energy weighted overlap derivatives ... done ( 0.0 sec)
Two electron integral derivatives (RI) ... done ( 0.3 sec)
[/cut]
А вот та же самая орка, с тем же самым функционалом, базисом, RI, для молекулки побольше (целевой)
-------------------------------------------------------------------------------
ORCA SCF HESSIAN
-------------------------------------------------------------------------------

Hessian of the Kohn-Sham DFT energy:
Kohn-Sham wavefunction type ... RKS
Hartree-Fock exchange scaling ... 0.000
Number of operators ... 1
Number of atoms ... 153
Basis set dimensions ... 1238
Integral neglect threshold ... 2.5e-11
Integral primitive cutoff ... 2.5e-12

Setting up DFT Hessian calculations ...
Electron density on the grid ... found on disk
Building xc-kernel on the grid ... done ( 0.5 sec)
done ( 1.9 sec)

Nuclear repulsion Hessian ... done ( 0.0 sec)

----------------------------------------------
Forming right-hand sides of CP-SCF equations ...
----------------------------------------------
One electron integral derivatives ... --------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 64.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
Error returned by the SCF Hessian program
CALLING COMMAND: mpirun -np 16 /путь/orca_3_0_1_linux_x86-64/orca_scfhess_mpi 1_4_ParalF.scfhess.inp
RETURN CODE : 16384
Aborting the run
Нет ли у уважаемого сообщества каких либо идей?
Последний раз редактировалось Гесс Чт апр 09, 2015 5:35 pm, всего редактировалось 2 раза.
Причина: Тема отделена из темы о параллельности.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: распараллелить Linux под Orca

Сообщение Shorku » Ср апр 08, 2015 1:56 pm

Гесс писал(а):Поднимем как эту замечательную тему

Есть замечательно прошедший расчет, оптимизация с частотами (считался димер аргона в роли теста), участок в начале гессиана выглядит хорошо:
Нет ли у уважаемого сообщества каких либо идей?
Не думаю, что это как-то связано с параллелизацией. С ходу могу предложить два варианта: а) не хватило памяти, б) вышел лимит по времени (если такой есть)
SCF, кстати, сошелся? Понимаю, что уточнение дурацкое, но мало ли.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Гесс » Ср апр 08, 2015 2:09 pm

Большое спасибо за быстрый ответ.
Это самое начало гессиановой части, перед ним конец оптмимизации и там SCF уверенно сходился десятки шагов, волновая функция насколько я понимаю успешно считалась с диска (gbw файл оставшийся от оптимизации). Задача падает тем же манером если делать частоты отдельно от оптимизации.
Таймлимита нет.
Память - я уже подумал об этом, счас пойду общаться с админом,

Код: Выделить всё

MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode
это не персонально орчья ошибка, она частично выгугливается для других программ, но ничего конкретного я оттуда не выловил.

Физическое ограничение ноды (из top -M)
Mem: 63.012G total

что на мой взгляд должно быть мягко говоря достаточно для 150 атомов GGA функционала с базисом 6-31G* (даже без диффузии). RI опять же не должен повышать нагрузку на память.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Shorku » Ср апр 08, 2015 2:36 pm

Орка по умолчанию ест гигабайта два, если я правильно помню. Если задаче надо больше, есть ключ %maxcore X (X в мегабайтах)
Такую ошибку mpi может вызвать что угодно. В частности, если руками убить один из процессов, будет плюс-минус тоже самое
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Гесс » Ср апр 08, 2015 7:17 pm

на тестовой задаче проблем нет ни с maxcore ни без.
Большая задача с maxcore вылетает со старта с традиционно невнятной руганью.
Инпут с maxcore ранившийся полгода назад валится счас с той же самой руганью (из изменений мне известна установка нового mpi в связи с чем был пере :003: ен на :003: дотbashrc ).
Коротко говоря моя ненависть к орке опять бьет рекорды. :shooting:
Еше одна большая задача стоит в очереди на "посмотреть".

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение YuraM » Чт апр 09, 2015 12:23 am

Good evening,

just an idea - you tried 16 cores. Could you try to calculate the frequencies with 8 cores? 4 cores? Does the error disappear? My gut feeling is that analytical frequencies are poorly parallelized in ORCA. I have been using it for a while and I have to agree, this is not as robust as G03/09 or PRIRODA.
Кто смел тот и съел

Enchanter
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Чт мар 21, 2013 10:41 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Enchanter » Чт апр 09, 2015 2:38 am

Смените ноду, на некоторых ногах задачи тупо мрут.

Ваша задача у меня считается (без оптимизации, просто Freq):

==> test.out <== 8CPU

----------------------------------------------
Forming right-hand sides of CP-SCF equations ...
----------------------------------------------
One electron integral derivatives ... done ( 19.3 sec)
Transforming the overlap derivative matrices ... done ( 36.9 sec)
Making the Q(x) pseudodensities ... done ( 36.7 sec)
Adding the E*S(x)*S(y) terms to the Hessian ... done ( 44.4 sec)
Calculating energy weighted overlap derivatives ... done ( 2.3 sec)
Two electron integral derivatives (RI) ...


==> test16.out <== 16 CPU

----------------------------------------------
Forming right-hand sides of CP-SCF equations ...
----------------------------------------------
One electron integral derivatives ... done ( 15.6 sec)
Transforming the overlap derivative matrices ... done ( 18.4 sec)
Making the Q(x) pseudodensities ... done ( 18.5 sec)
Adding the E*S(x)*S(y) terms to the Hessian ... done ( 38.0 sec)
Calculating energy weighted overlap derivatives ... done ( 2.2 sec)
Two electron integral derivatives (RI) ...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Гесс » Чт апр 09, 2015 3:10 am

:275:

Enchanter, Спасибо.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Гесс » Чт апр 09, 2015 2:09 pm

Enchanter писал(а):Смените ноду, на некоторых ногах задачи тупо мрут.

Ваша задача у меня считается (без оптимизации, просто Freq):
Перебрал несколько нод, нет задачи с
! B97-D 6-31G* AutoAux RIJCOSX Freq
! KDIIS VeryTightSCF Grid6
%pal nprocs 16 end
%MaxCore 30000
%scf maxiter=400 end
* xyz 0 1
умирают вышеописанным образом.
:skull:

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Shorku » Чт апр 09, 2015 4:19 pm

YuraM писал(а):Good evening,

just an idea - you tried 16 cores. Could you try to calculate the frequencies with 8 cores? 4 cores? Does the error disappear? My gut feeling is that analytical frequencies are poorly parallelized in ORCA. I have been using it for a while and I have to agree, this is not as robust as G03/09 or PRIRODA.
Don't know about 16 cores per node, 12 cores are working fine for frequencies

Гесс, which openmpi version you are currently using?
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Гесс » Чт апр 09, 2015 4:56 pm

Shorku писал(а):Гесс, which openmpi version you are currently using?
openmpi-1.8.4
The same which Enchanter is using. On the same cluster. With the same .bashrc.

With pbs skript of Enchanter from yesterday - seems to work....

:evil:

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Гесс » Чт апр 09, 2015 5:35 pm

О, да, аж на пару строк дальше
Четко до того места которое было отмечено Enchanter.
----------------------------------------------
Forming right-hand sides of CP-SCF equations ...
----------------------------------------------
One electron integral derivatives ... done ( 5.5 sec)
Transforming the overlap derivative matrices ... done ( 22.7 sec)
Making the Q(x) pseudodensities ... done ( 21.1 sec)
Adding the E*S(x)*S(y) terms to the Hessian ... done ( 37.3 sec)
Calculating energy weighted overlap derivatives ... done ( 2.2 sec)
Two electron integral derivatives (RI) ... --------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 1 with PID 2763 on node node005 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------
Error returned by the SCF Hessian program
CALLING COMMAND: mpirun -np 16 /путь/orca_3_0_2_linux_x86-64/orca_scfhess_mpi 1_4_ParalF.scfhess.inp
RETURN CODE : 35072
Aborting the run
Aborting the run
While output of Enchanter goes further
----------------------------------------------
Forming right-hand sides of CP-SCF equations ...
----------------------------------------------
One electron integral derivatives ... done ( 19.3 sec)
Transforming the overlap derivative matrices ... done ( 36.9 sec)
Making the Q(x) pseudodensities ... done ( 36.7 sec)
Adding the E*S(x)*S(y) terms to the Hessian ... done ( 44.4 sec)
Calculating energy weighted overlap derivatives ... done ( 2.3 sec)
Two electron integral derivatives (RI) ... done ( 10868.0 sec)
Exchange-correlation integral derivatives ... done ( 2039.6 sec)
and fails (or was killed) 1 line further.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Shorku » Чт апр 09, 2015 6:40 pm

Ну вот если попробовать методом исключения: задача на этом кластере этой программой считается, значит одно из двух: либо какие-то из Ваших личных файлов превратились в тыкву (скачать новый архив, заново распаковать, проверить, разрешено ли исполнение), либо у Вас что-то не то с правами или чем-то таким (у нас решается только админам: что вот прога, вот у юзера все ок, а вот у меня все идентично, начальника, ифортимпиконфигуремакеинатсллэшельмебешельме... ниработает, и через какое-то время работать начинает).
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Гесс » Чт апр 09, 2015 9:09 pm

В этом нет никакой :003: учей логики.
Я запускаю инпут идентичный инпуту Enchanter, c помощью pbs-скрипта Enchantera, на той же самой версии орки (установленной Enchanter), на том же числе процов, .bashrc и профайл досимвольно идентичны Enchanterовским (с :003: ено все что можно). И получаю принципиально ни :003: не тот же результат.
На орке - систематически, в гауссиане - периодически (viewtopic.php?f=71&t=102120&start=60#p764209).

Будь оно всё проклято и гори оно в аду!!!!

stormclouds
Сообщения: 113
Зарегистрирован: Чт апр 14, 2011 1:17 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение stormclouds » Чт апр 09, 2015 9:21 pm

Потом дополнительно офигиваешь, когда из десятков кх расчётов для одного вещества результат одного расчёта более или менее похож на правду. Вот прямо "когда я слышу слово квантово-химический расчёт, моя рука тянется к пистолету".

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение uchebnik fiziki » Чт апр 09, 2015 10:05 pm

Гесс писал(а):В этом нет никакой :003: учей логики.
Я запускаю инпут идентичный инпуту Enchanter, c помощью pbs-скрипта Enchantera, на той же самой версии орки (установленной Enchanter), на том же числе процов, .bashrc и профайл досимвольно идентичны Enchanterовским (с :003: ено все что можно). И получаю принципиально ни :003: не тот же результат.
На орке - систематически, в гауссиане - периодически (viewtopic.php?f=71&t=102120&start=60#p764209).
Почему нет логики? Железо идентичное? ОС идентичная?
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Гесс » Чт апр 09, 2015 10:30 pm

uchebnik fiziki писал(а):Почему нет логики? Железо идентичное? ОС идентичная?
Это один сервер. С насколько мне известно одинаковыми нодами.
stormclouds писал(а):Потом дополнительно офигиваешь, когда из десятков кх расчётов для одного вещества результат одного расчёта более или менее похож на правду.
Я пока что видел один случай когда расчет одной молеклы двумя людьми дал два разных осмысленных результата (это помнится был то ли катион то ли анион озона) и все обьяснялось тупо разной стартовой геометрией (и соответственно финальной). Все остальные случаи - один результат + бред, бред, расчет упал, крокодил неловится, кокос нерастет, карма из жопы.
stormclouds писал(а):Вот прямо "когда я слышу слово квантово-химический расчёт, моя рука тянется к пистолету".
ДА!!!!

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение uchebnik fiziki » Чт апр 09, 2015 10:39 pm

Гесс писал(а):
uchebnik fiziki писал(а):Почему нет логики? Железо идентичное? ОС идентичная?
Это один сервер. С насколько мне известно одинаковыми нодами.
Выдачу env сравнивали?
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Enchanter
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Чт мар 21, 2013 10:41 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение Enchanter » Пт апр 10, 2015 1:05 pm

----------------------------------------------
Forming right-hand sides of CP-SCF equations ...
----------------------------------------------
One electron integral derivatives ... done ( 44.4 sec)
Transforming the overlap derivative matrices ... done ( 126.9 sec)
Making the Q(x) pseudodensities ... done ( 126.3 sec)
Adding the E*S(x)*S(y) terms to the Hessian ... done ( 172.8 sec)
Calculating energy weighted overlap derivatives ... done ( 2.7 sec)
Two electron integral derivatives (RI) ... done ( 12072.6 sec)
Exchange-correlation integral derivatives ... done ( 7403.1 sec)
tr(F(y)Q(x)) contribution to the Hessian ... done ( 132.2 sec)
Response fock operator R(S(x)) (RI) ... done ( 16275.1 sec)
XC Response fock operator R(S(x)) ... done ( 6083.5 sec)
tr(F(y)S(x)) contribution to the Hessian ... done ( 38.2 sec)
Transforming and finalizing RHSs ... done ( 171.6 sec)

----------------------------------------------
Solving the CP-SCF equations (RI) ...
----------------------------------------------
CP-SCF ITERATION 0:

Все считается на 2-х CPU и maxcore 32000.

Хотя я не сильно верю в успешность расчета частот: B3LYP и B97-D расчеты частот для одной из моих систем как-то сходятся странно...

PS. Шли бы вы в ADF - параллелизация лучше, с дисперсией проблем нет и функционалов хватает.
PPS. G09 расчет частот потянет (на суперкомпьютере).

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Проблемы с Orca

Сообщение VTur » Пт апр 10, 2015 7:47 pm

Зная, как были получены уравнения квантовой химии, я не доверяю ни одному квантовохимическому методу, и каждый раз удивляюсь, что расчет дал результат, близкий к эксперменту

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей