Генерация изомеров

[surius]

Коллеги, собственно совсем недавно возник такой вопрос: как нагенерить всевозможные геометрические изомеры программно. Ясно что в некоторых простых случаях ситуация решается на коленке, но в некоторых для ее решения очень даже нужно постараться (время). Просто уверен что с подобного рода задачей должны успешно справляться алгоритмы. Вводных то не очень много - брутто формула плюс основные положения теории химического строения. Однако прямое гугление ответа не дало. Может кто из более опытных коллег подскажет?!

Заранее спасибо

PS
тут в мозг пришла мысль, вроде бы лет 10 тому назад видел прогу, которая делала именно это и носила символичное по тем временам название МММ (если память не врет то название это как-то относилось к мол. меху)

[uchebnik fiziki]

генераторы есть, например, у нас такой разработан

правда, по брутто-формуле будет совершенно адовое количество изомеров у более-менее реалистичных брутто-формул, количество генерируемых структур там растёт очень быстро

[Гесс]

Возможно поможет kick viewtopic.php?f=71&t=15237&p=825470&hil ... ge#p825470 но в общем случае результат будет зашкаливающим.
Если интересуют только хемоизомеры (без регио-стерео-конформеров), то программы я не знаю, но код бы я выдумывал из теории графов.
В некоторых случаях можно обмануть задачу и скажем сделать поиск в скайфайндере по бруттоформуле. Разумеется будет учтено не все возможное многообразие, а только кем-то описанное, но на безрыбье...
Если найдете решение - не сочтите за труд поделиться.

[uchebnik fiziki]

Ещё раз: решения есть, именно на теории графов. Вот пара ссылок про то, куда копать. Про генератор Мельникова напомните мне как-нибудь, там именно по брутто-формуле генерация.

[Гесс]

Загуглил генератор изомеров мельникова. Попал на диссертацию. http://www.dissercat.com/content/kompyu ... ganichesko

на английском ловятся вроде сами генераторы
http://fiehnlab.ucdavis.edu/projects/Se ... -Generator

Кстати во - http://molgen.de/?src=documents/molgenonline

[surius]

генераторы есть, например, у нас такой разработан
правда, по брутто-формуле будет совершенно адовое количество изомеров у более-менее реалистичных брутто-формул, количество генерируемых структур там растёт очень быстро

а расскажите в двух словах насколько гибкий инструмент, тот что вы пользуете? Ну например можно потребовать исключить из выдачи все циклические или наоборот открытые формы, или там просить формировать кольца не более чем ХХХ членные, исключить.включить зараженные структуры?
С одной стороны иметь хороший инструмент для таких нужд нужно, а с другой не хочется убит пару недель на пробу всего что удастся найти. (сначала ехать, а потом может быть и шашечки)

на английском ловятся вроде сами генераторы

Вроде гуглиться на английском, вы правы. Еще по одной из ваших статей нашлись такие ребята Reymond Group с их GDB-ХХХ, который вроде работает даже в браузерном режиме и скорее всего хорош, но у меня не завелся (видимо кривые руки до "трудно себе представить"). JAVA ругается и не дает запустить апплет (W7).