input для димера в Gaussian

[leonidas]

Уважаемые коллеги!

Решил попробовать посчитать энергию взаимодействия для слабосвязанных комплексов в Gaussian (03, 09)
супермолекулярными методами, но не знаю как сделать input-file.
Энергия взаимодействия определяется как:
Eint=Eab-Ea-Eb

Вопрос, как это сделать в одном файле без создания трех отдельных input-файлов?

Для изменения межмолекулярных координат можно использовать опцию Scan,
насколько я понимаю.

Еще есть вопрос как ввести dummy atom для midbond basis set functions для улучшения сходимости, но это уже следующий вопрос.

[o-oxhem]

Для той формулы, что Вы привели, Вам нужно просто оптимизировать геометрии комплекса AB, A и В. Чтобы это выполнить в одном файле, Вам нужно применить слово --Link1--

[leonidas]

Спасибо за ответ. Понятно, это то, что называется Multi-Step Jobs.

Мне нужно хранить энергии как переменные на разных step-ах, как это сделать?

Геометрии А и В уже оптимизированы, а геометрия димера АВ как раз изменяется, т.е. расстояния и углы межды А и В.
Интересуют не только точки минимума для АВ, но также и другие геометрии с пошаговым изменением переменных.
Например, для комплекса линейной молекулы и атома это будут (R,\phi), двух линейных молекул (R,\theta_1,\theta_2,phi=\phi_1-\phi_2).
Тут предполагается что мономеры остаются "жесткими".

[VIPer]

тоже интересует подсчёт энергии стекинга (коллега топикстартер, очевидно, это и считал )

[VIPer]

вопрос такой - чем лучше изобразить центроиды колец - dummy или ghost атомами? и в чём отличие? предполагается только на сканах менять между ними расстояние, по большому счёту это и вся их роль, как я предполагаю. никаких базисных функций на них не нужно вешать, я так понимаю.. хотя я пока плохо понимаю вообще суть.. надеюсь на вашу помощь!

[Гесс]

думми

Если ответ недостаточен - обосную в течение недели.

[VIPer]

спасибо! но с ними у меня что-то не пошло со сканом в линуксе.. поставил призраков, вроде и пошло, но не скан, а оптимизация опять же.. а думми не даёт даже в gaussview выставить в параметре, который будет меняться..