как происходит оптимизация молекулы?

[freezywow]

Здравствуйте!
Вопрос, собственно, звучит так: объясните пожалуйста как происходит оптимизация молекул с помощью программ( н-р, gamess)? Хотелось бы знать, какие шаги при этом программа проходит, что высчитывает? Как происходит поиск оптимальной геометрии?

[Гесс]

На примере гауссиана на русском языке по линкам и оверлеям это расписано в "Компьютерная химия" Тима Кларка, 1990 года издания (перевод). Ближе к концу. (где то скажем стр 284 и дальше скажем страниц 80)

Альтернативно можно попробовать последовательно читать аутпут - програмы преимущественно пишут в аутпут что они вычисляют на данном этапе. Ответа "зачем" они правда не дают.

[Shorku]

Здравствуйте!
Вопрос, собственно, звучит так: объясните пожалуйста как происходит оптимизация молекул с помощью программ( н-р, gamess)? Хотелось бы знать, какие шаги при этом программа проходит, что высчитывает? Как происходит поиск оптимальной геометрии?

если на пальцах, то программа берет начальное приближение, которое Вы ей даете, решает для нее электронную задачу (SCF), считает градиент, сдвигает координаты по этому градиенту, снова считает электронную задачу и так далее до достижения встроенных по умолчанию или переопределенных Вами критериев (градиент, изменение полной энергии молекулы и т.п.). Т.е. ищет такое положение атомов в молекуле, чтобы полная энергия была минимальной. Минимум, как следует из вышенаписанного, локальный, рядом с начальным приближением.

[freezywow]

Спасибо большое!