Расчет дипольных моментов. Точность расчетов.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
l0rd
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Пт апр 24, 2009 8:51 am

Расчет дипольных моментов. Точность расчетов.

Сообщение l0rd » Чт фев 05, 2015 7:22 pm

Здравствуйте!

Может я упускаю что-то дико очевидное, но сам ну никак не могу
понять что, и поэтому прошу помощи.

В общем, сравнивания результаты расчетов gaussian и firefly (td-dft/b3lyp/6-31g(d,p))
увидел что дипольные моменты в возбужденном состоянии вообще не совпадают. :dontknow:


Вот такой инпут для гауссиана (взял воду в качестве примера, чтобы было быстрее считать)

Код: Выделить всё

%mem=1GB
%NProcShared=1 
#p TD B3LYP/6-31G(d,p) density=current

test

0 1
O        0.000000000     -0.119011963      0.000000000
H       -0.768524119      0.476047853      0.000000000
H        0.768524119      0.529177249      0.000000000

И как указано тут http://iopenshell.usc.edu/forum/topic.php?id=2755
ищу строку Population analysis using the CI density.
и вот что нахожу:

Код: Выделить всё

 Dipole moment (field-independent basis, Debye):
    X=              0.4938    Y=              0.4872    Z=              0.0000  Tot=              0.6937
Firefly же

Код: Выделить всё

 $CONTRL SCFTYP=RHF DFTTYP=B3LYP RUNTYP=ENERGY CITYP=TDDFT 
 ICHARG=0 $END  
 $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 $END                                
 $SYSTEM MWORDS=160 TIMLIM=900000 $END   
 $DATA
 H2O
C1
OXYGEN      8.0      0.000000000        -0.119011963         0.000000000
HYDROGEN    1.0     -0.768524119         0.476047853         0.000000000
HYDROGEN    1.0      0.768524119         0.529177249         0.000000000
 $END
Дает

Код: Выделить всё

    ---------------------
          ELECTROSTATIC MOMENTS
          ---------------------

 POINT   1           X           Y           Z (BOHR)    CHARGE
                 0.000000   -0.093434    0.000000        0.00 (A.U.)
         DX          DY          DZ         /D/  (DEBYE)
    -0.630280   -1.454215    0.000000    1.584927
 ...... END OF PROPERTY EVALUATION ......

Помогите разобраться. Заранее спасибо за любые ответы.
Последний раз редактировалось l0rd Ср фев 25, 2015 9:22 pm, всего редактировалось 1 раз.

l0rd
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Пт апр 24, 2009 8:51 am

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение l0rd » Вт фев 17, 2015 1:07 pm

Посчитал в Gamess с тем же самым инпутом, что и Firefly (немного подредактирова только ключевые слова)

Код: Выделить всё

  DX          DY          DZ         /D/  (DEBYE)
    -0.491747   -0.486329   -0.000000    0.691615 
Ну здесь знаком отличается, но это мне не столь важно. Но почему Firefly дает другой дипольный момент?
Я понимаю, что могу сейчас спросить ерунду, но может это связано с тем, что Firefly считает unrelaxed density
transition dipole moments? А как тогда посчитать в возбужденном состоянии relaxed density dipole момент?

При этом все три программы дают практически одинаковые дипольные моменты основного состояния, энергии и моменты переходов μ_01, μ_02 и т.д.

l0rd
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Пт апр 24, 2009 8:51 am

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение l0rd » Ср фев 18, 2015 1:52 pm

Продолжу беседу с самим собой. Может и понадобится потом таким же новичкам, как
и я :shuffle: (для профессионалов ответ очевиден)
Вопрос заданный мной мне самому же себе в предыдущем посте оказался не глупым, и на самом деле
разница в дипольных моментах возбужденного состояния возникала из-за того, что
Firefly (и Gaussian и Gamess) считают дипольные моменты μ0j для unrelaxed electron density,
и Firefly дает в том числе и μij - то есть дипольные моменты переходов и возбужденных состояний для
unrelaxed density. Gamess же и Gaussian дают дипольный момент первого возбужденного состояния μ11
для relaxed electron density. просто на это в этих пакетах внимание явно не акцентировано, так
как это сделано в firefly

Вот тут более подробно о сравнении relaxed/unrelaxed density excited state properties :235:
http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceil ... 405+00.htm

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение Гесс » Ср фев 18, 2015 2:40 pm

l0rd писал(а):Продолжу беседу с самим собой. Может и понадобится потом таким же новичкам, как и я :shuffle:
Это очень хорошая идея.
l0rd писал(а):(для профессионалов ответ очевиден)
Не факт. Было бы кому то очевидно он бы наверное написал. Я таким не занимаюсь и представления не имею.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение VTur » Ср фев 18, 2015 9:07 pm

Не очень понятно, за каким хреном нужен дипольный момент в unrelaxed electron density?

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

l0rd
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Пт апр 24, 2009 8:51 am

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение l0rd » Чт фев 19, 2015 2:27 pm

VTur писал(а):Не очень понятно, за каким хреном нужен дипольный момент в unrelaxed electron density?

[ Post made via Android ] Изображение
За следующим:
для расчетов сечения двухфотонного поглощения требуются дипольные моменты переходов и дипольные моменты возбужденных состояний.
Насколько мне известно (если у кого-то есть другие сведения, прошу поделиться) из доступных пакетов, способностями считать сечение обладает
Gamess - правда как он это делает, и в каких таких au, я не знаю;
Dalton и Dirac - через quadratic responce;

Дипольные моменты перехода может считать Firefly в рамках unrelaxed electron density и в Dalton и Dirac.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение VTur » Сб фев 21, 2015 4:34 pm

Для недиагональных элементов матрицы оператора дипольного момента требуются волновые функции двух состояний, обе должны относится к relaxed electron density . Иначе расчет бессмыленный.

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

l0rd
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Пт апр 24, 2009 8:51 am

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение l0rd » Вс фев 22, 2015 3:33 pm

VTur писал(а):Для недиагональных элементов матрицы оператора дипольного момента требуются волновые функции двух состояний, обе должны относится к relaxed electron density . Иначе расчет бессмыленный.

[ Post made via Android ] Изображение
Тогда получается, что расчет TDDFT в Firefly, который дает дипольные моменты переходов

Код: Выделить всё

Unrelaxed dipole moments and transition dipoles
               States                  <i|mu|j>     (e*bohr)
               i    j         x            y            z
и потом дает силы осцилляторов - неправильный?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение Гесс » Вс фев 22, 2015 4:54 pm

l0rd писал(а):Тогда получается, что расчет TDDFT в Firefly, который дает дипольные моменты переходов

Код: Выделить всё

Unrelaxed dipole moments and transition dipoles
               States                  <i|mu|j>     (e*bohr)
               i    j         x            y            z
и потом дает силы осцилляторов - неправильный?
Я бы спросил об этом Грановского viewtopic.php?f=71&t=25348, форум http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html и если это вас не затруднит - выложил ответ здесь.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение VTur » Вс фев 22, 2015 6:34 pm

Все эти вертикальные переходы, как бы это помягче сказать. ...
Если погрешность выражается в эВ, то тогда можно и так

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

l0rd
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Пт апр 24, 2009 8:51 am

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение l0rd » Вс фев 22, 2015 7:44 pm

VTur писал(а):Все эти вертикальные переходы, как бы это помягче сказать. ...
Если погрешность выражается в эВ, то тогда можно и так
[ Post made via Android ] Изображение
Так этот расчет бессмысленный или неточный?

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение VTur » Вт фев 24, 2015 9:41 pm

Ну, если Вам нужна точность на уровне эВ, то наличие больших градиентов в системе для Вас ничего не значат.

Я в таких случаях советую написать цифру, пользуясь своим опытом и интуицией. Погрешность будет того же уровня, а мороки меньше

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение Гесс » Вт фев 24, 2015 10:43 pm

VTur писал(а):Ну, если Вам нужна точность на уровне эВ, то наличие больших градиентов в системе для Вас ничего не значат.

Я в таких случаях советую написать цифру, пользуясь своим опытом и интуицией. Погрешность будет того же уровня, а мороки меньше
Это как бы весьма несистематично. К тому же вы должны давать в статье (в сапплементари) информацию достаточную для воспроизведения ваших результатов. И если ктото воспроизведет ваши результаты и интуитивная цифра заявленная расчетной невоспроизведется то как то некрасиво получается. :?

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение VTur » Ср фев 25, 2015 4:21 pm

Как раз, если указать нужный доверительный интервал, то граждане одной квалификации будут воспроизводить примерно одну и ту же цифру. А у кого квалификация лучше, тот будет давать большую точность!
А сапплементари нужно писать, что на основании известных ранее значений таких-то, прогнозируемая цифра такая-то.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчет дипольных моментов в возбужденном состоянии

Сообщение Гесс » Ср фев 25, 2015 5:29 pm

VTur писал(а):А сапплементари нужно писать, что на основании известных ранее значений таких-то, прогнозируемая цифра такая-то.
Это в методах!
А если вы предлагаете писать, что оно считалось, а на самом деле брать цифру с головы то это по сути подлог.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Расчет дипольных моментов. Точность расчетов.

Сообщение VTur » Ср фев 25, 2015 9:30 pm

Как же подлог? Считалось в голове эмпирическим методом!

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Расчет дипольных моментов. Точность расчетов.

Сообщение VTur » Ср фев 25, 2015 9:32 pm

И не надо писать "мы посчитали", надо писать "мы прогнозируем".

При использовании вертикальных переходов это почти одно и тоже, за исключением ненужной промежуточной стадии пропускаия цифири через компьютер

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Расчет дипольных моментов. Точность расчетов.

Сообщение alien308 » Вс мар 01, 2015 8:08 am

Если вам надо для расчёта сечений двухфотонных переходов суммировать по всем существенным промежуточным состояниям, то возможно ничего страшного нет. Может быть возбуждённые состояния квазивырожденные и вы получаете в расчёте по причине небольшого отличия в алгоритмах разные возбуждённые состояния, но они при этом те и другие образуют правильный базис для существенных промежуточных состояний и в результате расчёты сечения двух фотонных переходов получатся близкими. Это только моё мнение.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 53 гостя