Проблема при оптимизации Firefly

[OrganikNV]

Оптимизирую геометрию переходного состояния инверсии простой молекулы (ОН)2С=N-H, при этом замораживаю угол C=N-H. Получаю: WARNING! THE CONVERSION FROM INTERNALS TO CARTESIANS DID NOT CONVERGE IN 102 ITERATIONS. Подскажите, пожалуйста, в чём может быть проблема!!! input и output выкладываю.

[Tonnie Fox]

а как так имино-группа С=N-H прямолинейная получилась?

[Ferom]

Возможно, потому что валентный угол HNC получился 180 градусов. Попробуйте задать привязку атомов иначе.

[amge]

Подскажите, пожалуйста, в чём может быть проблема!!!

Думаю, проблема в том, что в z-матрице один из валентных углов очень близок к 180 градусам. При этом возникает значительная неопределенность вычисления координат атомов. Попробуйте изменить угол с 179.999000 на 179.000000. Или читайте мануал на предмет того, как обращаться с линейными фрагментами. Но, думаю, самое простое и правильное - задать геометрию в декартовых координатах и сказать $zmat dlc=.t. auto=.t. $end

а как так имино-группа С=N-H прямолинейная получилась?

Ну так, насколько я понимаю, инверсия азота как раз и предполагает ПС с линейным фрагментом С=N-H. Возможен и другой механизм - вращение Н вокруг связи С=N. Сейчас попробовал поискать ПС обоих этих процессов - и оба начальных приближения дали одно и то же ПС, нечто среднее между инверсией и вращением.

i.xyz

[Гесс]

Может быть глупость скажу, но возможно когда оно будет посчитано стоит проверить насколько этот процесс клозд-шелл?

[amge]

стоит проверить проверить насколько этот процесс клозд-шелл?

Может, и стоит (бывают процессы, у которых исходное и конечное состояния чисто клозд-шелл, а переходное существенно бирадикальное). Знаю, что в гауссиане есть UB3LYP, и по значения s² можно смотреть степень бирадикальности. А в других программах что-то подобное? (особенно гамесс интересует).

[OrganikNV]

Amge писал(а):
Сейчас попробовал поискать ПС обоих этих процессов - и оба начальных приближения дали одно и то же ПС, нечто среднее между инверсией и вращением.

Все правильно ПС, через которое один изомер переходит в другой таким и есть. Нечто среднее между инверсией и вращением, я его находила. Но мне необходимо искусственно смоделировать ПС инверсии, поэтому я заморозила угол и оптимизирую структуру. Спасибо за советы!!!

[Гесс]

Все правильно ПС, через которое один изомер переходит в другой таким и есть. Нечто среднее между инверсией и вращением, я его находила. Но мне необходимо искусственно смоделировать ПС инверсии, поэтому я заморозила угол и оптимизирую структуру. Спасибо за советы!!!

Разбейте его на углы так чтобы там небыло 180.

[OrganikNV]

Опять проблема, но уже с оптимизацией другого ПС. Выдает ошибку
ERROR: BAD DELOCALIZED COORDINATES GENERATED!!!
115 PRIMITIVE INTERNAL COORDINATES ARE BEING USED.
62 LINEARLY INDEPENDENT COMBINATIONS OF THESE ARE FOUND.
63 COORDINATES ARE NEEDED TO HAVE A TOTAL OF 3N-6.

IF THE NUMBER OF LINEARLY INDEPENDENT COOORDS IS TOO SMALL,
ADD SOME COORDINATES BY -NONVDW- TO CONNECT MONOMER PIECES
(ESPECIALLY IF YOU ARE SHORT BY A MULTIPLE OF 6), OR ELSE
USE -IXZMAT- TO ADD EXTRA PRIMITIVE COORDINATES.

IF THE NUMBER OF LINEARLY INDEPENDENT COOORDS IS TOO BIG,
TRY USING -IRZMAT- TO REMOVE SOME PRIMITIVE COORDINATES.

THE FOLLOWING IS DEBUGGING INFORMATION.
TO BE KEPT, A DLC EIGENVALUE MUST EXCEED 1.0000E-05
THE FIVE LARGEST EIGENVALUES DISCARDED=
1.4202E-15 1.7915E-15 2.2085E-15 2.5696E-15 3.8136E-08
THE FIVE SMALLEST EIGENVALUES KEPT =
5.4549E-02 6.2248E-02 7.1921E-02 7.8645E-02 9.1810E-02
Подскажите, пожалуйста, что не так!

[Tonnie Fox]

Из faq`a гамеса:

NZVAR = 0 Use Cartesian coordinates (default).
= M If COORD=ZMT or ZMTMPC, and $ZMAT is not given:
Input Description $CONTRL 2-15
the internal coordinates will be those defining
the molecule in $DATA. In this case, $DATA may
not contain any dummy atoms. M is usually
3N-6, or 3N-5 for linear.
= M For other COORD choices, or if $ZMAT is given:
the internal coordinates will be those defined
in $ZMAT. This allows more sophisticated
internal coordinate choices. M is ordinarily
3N-6 (3N-5), unless $ZMAT has linear bends.
NZVAR refers mainly to the coordinates used by OPTIMIZE
or SADPOINT runs, but may also print the internal's
values for other run types. You can use internals to
define the molecule, but Cartesians during optimizations!

попробовал запустить ваш инпут с NZVAR=0, вроде всё ок.

[OrganikNV]

Спасибо! Попробовала так, все получилось! При задании NZVAR=0 правда не работают делокализованные координаты, поэтому расчет якобы идет медленнее.
У меня теперь другая проблема. Файлы, в которых после оптимизации рассчитывается Гессиан (или просто Гессиан без оптимизации) не открываются Кемкрафтом, пишет ошибка приложения. Попробовала рассчитать на другом компьютере - все нормально, но он менее мощный, долго считает. Выкладываю ауты, может кто подскажет в чем дело.

[Tonnie Fox]

аут файлы должны заканчиваться строкой

EXECUTION OF FIREFLY TERMINATED NORMALLY 15:17:38 LT 23-MAY-2014

А у Вас там что-то лишнее добавляется, открывайте блокнотом и удаляйте всё что после. Возможно стоит почаще чистить рабочие папки

[OrganikNV]

Большое спасибо! Вы мне очень помогли!