буду очень благодарна, если выскажете свое мнение на то, как грамотно провести расчет изменения энергии системы при замене одной водородной связи на другую. А именно:
Состояние А: Некоторая органическая молекула Х находится в воде, все водородные связи Х завязаны с водой.
Состояние Б: (Всего!) одна из водородных связей молекулы Х заменяется на водородную связь с молекулой У (которая до сих пор имела эту связь с водой. Ясно, что освободившиеся при этом 2 молекулы воды образуют друг с другом димер). ВСЕ остальное в системе остается без изменения.
Ясно, что
дельтаG=(G(Х-У)+G(Н2О-Н2О)) – (G(Х-Н2О)+G(У-Н2О)).
С учетом а) ограниченных выч. мощностей, б) на данный момент расчеты носят предварительный характер: достаточно качественного соответствия,
Расчет энергий планирую делать DFT (PBE96) или (если не вечность будет считаться) MP2 базис 6-31G(d, p) (для анионов + диффузионные функции).
Растворитель:
А) специфическая сольватация: не учитывать, за исключением той единственной Н-связи, которая представлена в уравнении выше (и будет моделироваться явным образом), т.к. все остальное остается без изменений (и есть надежда, что взаимно компенсируется).
Б) Неспецифическая сольватация: DPCM (ввиду того, что для COSMO в Firefly нет аналитических 1 и 2ых производных=>время расчета
)Расчеты планирую проводить в Firefly.
Молекулы Х и У: состав: С,N,O,P,H; могут быть как нейтральными, так и заряженными – надо провести расчеты для ряда молекул; мол вес<400)
Можно ли при качественном характере исследования не учитывать BSSE поправки?
Есть ли что-то еще, кроме BSSE, для расчета H-связей важное, что не учла?
Заранее спасибо, если найдете время ответить!
Татьяна
