подскажите, в какой программе считать

[ruderal]

В гауссиане были проведены расчеты для свободных радикалов. Оптимизация геометрий проводилась с учетом растворителя. Для каждого радикала считали гессиан, чтобы: а) проверить, является ли найденная геометрия глобальным минимумом; б) найти энергию Гиббса.
Теперь стоит вопрос о том, чтобы эти данные опубликовать. Однако лицензионного гауссиана у нас нет. И, видимо, нужно какое-то альтернативное программное обеспечение...
Пожалуйста, подскажите программу, в которой можно было бы провести такого рода расчет: UHF (или ROHF) + DFT + analytic Hessian + solvent=H2O

Из того, что уже пробовал:
Firefly не подошел, поскольку там, как правило, не сходятся геометрии радикалов. Видимо, в силу архаичности метода d-pcm.
Orca - почти идеал. В версии 3.0 появилась возможность считать аналитический гессиан, однако учет растворителя в таком случае не возможен
А численный гессиан рассчитывается очень и очень долго.

[surius]

возьмите кого-нибудь в со-авторы, у кого есть G. Поставить его фамилией в центре и все довольны (владельцу +1, а вам и публикация без доп. работы и автор в центре никому не интересен).
Не работает если: это статья в nature (или около того) или у вас и без того братская могила )

[Гесс]

Вроде есть у ADF, но она тоже платная.
Гугл говорит Гамесс, но я с ним незнаком.
У psi4 обещают сделать аналитический гессиан

PSI4 Full Release: In addition to the features of the Public Beta, for the full release we aim to include analytic Hessians for Hartree-Fock and DFT,

, но когда будет этот Full Release я непонял. Исходя из того как выходят разные беты - шестой релиз может быть в начале следующего года. Растворитель там уже есть, ПСМ в отличие от орчьего космо, но я с ним не игрался.
А вообще идея siriusа мне кажется весьма разумной.

[VTur]

Вы как св. эн. Гиббса находили? А то по умолчанию она там выводится для идеального газа.

[ruderal]

Вы как св. эн. Гиббса находили? А то по умолчанию она там выводится для идеального газа.

и в PCM для идеального газа будет считать?.. что ж, посоветуйте, как считать правильно.

на самом деле меня смущает вопрос, а те ли я нашел конформации у радикалов...
в какой программе можно было бы провести конформационный анализ радикалов?

[VTur]

По умолчанию при любом расчете гессиана все считается для идеального газа.

Для конденсированных сред не существует честных моделей расчета эн. Гиббса. Но есть разные эмпирические формулы дающие погрешность около 30%. Их задают отдельными ключевыми словами после спецификации молекулы. Я им не пользуюсь, так как для моих веществ они выдают очень плохие цифры.

Я конформационный анализ делаю следующим образом. Мне генерируют все структуры молмеханикой и там же проводят первичную оптимизацию. Если молекулы большие или нагенерят много, то следующий расчет полуэмпирикой, если нет - B3LYP/6-311++G(3df,3pd). Если сразу считать так кишка тонка, то считаю в много меньшем базисе+гессиан, а потом все подгружаю и считаю уже окончательно.

[comcon1]

1) С запрашиваемыми задачами хорошо справляется обычный GAMESS US и делает это, подозреваю, не медленнее гауссиана. Все что вы написали слишком просто, чтобы для этого был нужен Gaussian. Возьмите ваши геометрии, "дожмите" в американском гамессе и публикуйтесь с чистой совестью.

Firefly с D-PCM геометрия действительно сходится много хуже; C-PCM у FF есть (по к.м. у 8 версии), однако под C-PCM не аналитических градиентов. Поэтому и минимизация и гессиан в FF осложнены.

2) По поводу расчета свободной энергии.. абсолютный расчет свободной энергии в таких случаях смысл имеет ограниченный. Если у вас есть серия соединений, то можно исследовать их в нек. ряду и сравнивать разницы.. Поскольку у вас система, видимо, в воде, то вклад в свободную энергию нехилый будут давать гидрофобные взаимодействия. Есть эмпирические методы учета энергии сольватации, основанные на площади экспонированных групп, однако они достаточно кривые. Неплохие цифры часто дает молекулярная динамика в методе FEP (alchemy), особенно если сама молекула не слишком большого размера. Вклад в свободную энергию колебательной составляющей (а именно эту составляющую считают проги из Гессиана) для веществ, растворенных в воде, как правило, достаточно мал. Поэтому считать ТОЛЬКО эту энергию смысла не имеет, если вы не считаете энергию растворения.

[ruderal]

Firefly с D-PCM геометрия действительно сходится много хуже; C-PCM у FF есть (по к.м. у 8 версии), однако под C-PCM не аналитических градиентов. Поэтому и минимизация и гессиан в FF осложнены.

2) По поводу расчета свободной энергии.. абсолютный расчет свободной энергии в таких случаях смысл имеет ограниченный. Если у вас есть серия соединений, то можно исследовать их в нек. ряду и сравнивать разницы.. Поскольку у вас система, видимо, в воде, то вклад в свободную энергию нехилый будут давать гидрофобные взаимодействия. Есть эмпирические методы учета энергии сольватации, основанные на площади экспонированных групп, однако они достаточно кривые. Неплохие цифры часто дает молекулярная динамика в методе FEP (alchemy), особенно если сама молекула не слишком большого размера. Вклад в свободную энергию колебательной составляющей (а именно эту составляющую считают проги из Гессиана) для веществ, растворенных в воде, как правило, достаточно мал. Поэтому считать ТОЛЬКО эту энергию смысла не имеет, если вы не считаете энергию растворения.

большое спасибо за ценные советы.
скажите, может быть, лучше задать молекулы воды в явном виде?
Если сделать это в гауссяне, для меня по времени будет вполне приемлемо.

[Shorku]

большое спасибо за ценные советы.
скажите, может быть, лучше задать молекулы воды в явном виде?
Если сделать это в гауссяне, для меня по времени будет вполне приемлемо.

Очень-очень грубо можно закладывать, что при увеличении размера системы в х раз, время счета дфт вырастет в х^3 раз. Т.е. Вы добавили к небольшому радикальчику десяток молекул воды, вырастили систему в пять раз, на выходе имеем в 100-200 раз большее время счета (да-да-да, несвязанные хим. связями системы считаются дольше и с косяками). Оптимизировалась геометрия 1 час, а стала 10 суток.
Кроме того, ведь Вам же никто не гарантировал, что растворитель в реальности встает именно так, как Вы нарисовали, надо тогда проверять, что будет, если раскидать растворитель и так, и эдак.
Оптимально, видимо, специфические взаимодействия учитывать напрямую, а сверху все закатывать в поляризуемую поверхность.

[sanya1024]

И вообще, гессианы в PCM считать некорректно -- где-то в недрах форума я давала ссылку на дискуссию в CCL по этому поводу. Кстати, любой PCM расчет уже сам по себе выдает Free energy of solvation -- это и есть свободная энергия молекулы в растворе, их и надо сравнивать. Если конформерам соответствуют достаточно глубокие минимумы, то достаточно проверить их гессианом без PCM (да, программа будет ругаться, что, мол, у вас тут не минимум -- потому что этот минимум соответствовал PCM-у, а мы теперь считаем в вакууме, но нам важно только отсутствие мнимых частот).

[lanabond]

Подскажите пожалуйста как посчитать сольватацию для тяжелых металлов, я пробовала считать в PCM, но выдает ошибку....

[Гесс]

В чем считали и какую ошибку?

[lanabond]

В чем считали и какую ошибку?

Считала в gamess (firefly) и выдает ошибку, что радиус сферы должен быть положительным, какое я огромное число не ставила, не считает все равно, я предполагаю, что из-за того что металл тяжелый!

[YuraM]

И вообще, гессианы в PCM считать некорректно -- где-то в недрах форума я давала ссылку на дискуссию в CCL по этому поводу.

Простите, а не могли бы дать ссылку на дискуссию, если это не затруднительно?

[sanya1024]

Покажите выдачу