Количественный критерий отличия химических структур

[kbob]

Допустим у нас есть две структуры химического соединения, например например равновесная конфигурация посчитанные методами HF и CCSD(T).
Существует ли некая количественная мера (расстояние в многомерном пространстве между этими стрктурами, например) которая показывает насколько велико различие этих структур.
Мне интересно сравнить несколько конфигураций (HF, MP2, CCSD, CCSD(T), DFT, эксперимент) и понять насколько хорошими являются соотвествующие методы расчета.

[amge]

RMSD?

[kbob]

RMSD?

Да, оно. Спасибо.

[kbob]

Кстати, нашел скрипт на python, который вычисляет RMSD для двух структур (заданных в xyz-формате)
https://github.com/charnley/rmsd

[VTur]

Есть два критерия - барьер перехода между структурами и разность энергий гиббса структур в равновесии
От набора метод/базис их значения не зависят

[ Post made via Android ]

[kbob]

Есть два критерия - барьер перехода между структурами и разность энергий гиббса структур в равновесии
От набора метод/базис их значения не зависят

[ Post made via Android ]

Вы о чем?

[VTur]

Различие в энергии

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Боюсь вы об очень разных вещах.
RMSD должно показывать отклонение в геометрии, а синглпоинты в геометриях из разных методов, сделанные в самом крутом с самым крутым базисом возможно приблизительно охарактеризуют различие в энергии. А вот можно ли их как то разумно скомбинировать - я не уверен.

[Лечащий Врач]

Я еще сейчас усугублю: RMSD не супер как критерий для конформационно гибких систем и больших молекул. Потому что на "краях" молекулы, у которой чуть-чуть различается геометрия в центре, RMSD будет большое. Но для маленьких и плоских молекул отлично работает.

Я советую скорее сравнивать таблицы длин связей и в меньшей степени валентных углов. Если хочется сравнить распределение электронной плотности - то дипольный момент сравнивать или заряды на бейдеровских атомах.

@ VTur — сейчас речь идет только о сравнении геометрии...

[surius]

Я советую скорее сравнивать таблицы длин связей и в меньшей степени валентных углов.

А если строить граф для i структуры и сравнивать марицы идентичности или смежности (только не с 0 и 1, конечно )?