Hyperchem

[OLYA_UA]

Помогите,пожалуйста, разобраться с z-матрицей,что она собой представляет. Я так понимаю,там есть длины связей,углы. Как определить, какая связь соответсвует каким атомам?

[Гесс]

Символ_первого_атома
Символ_второго_атома Номер_первого_атома Расстояние_от_первого_атома
Символ_третьего_атома Номер_атома_от_которого_вы_задаете_третий_атом, (например 1). Расстояние_между_третьим_атомом_и_атомом который_только_что_назвали, то есть в данном случае от первого. Номер_другого_атома(выбора пока нет, то есть второй). Угол_между_атомами 3-1-2 (именно в этом порядке и ни в каком ином)
Символ_четвертого_атома. Номер_атома_от_которого_вы_задаете_4ый_атом (допустим 2). Расстояние 4-2. Номер_атома (допустим 1). Угол 4-2-1. Номер_атома (пока неупомянутым остался только 3, поэтому выбора нет). Диэдральный_угол 4-2-1-3.
Все следующие строки содержат информацию аналогично четвертой.

Вот пример с сайта гауссиана для перекиси водорода:
H - Это первый атом
O 1 0.9 - Расстояние от атома 1 (водород) до атома 2 (кислород) составляет 0.9 ангстремов
O 2 1.4 1 105.0 - Расстояние между кислородами 1.4 Ангстрема. Угол НОО 105 градусов
H 3 0.9 2 105.0 1 120.0 - Расстояние от 4ого атома (водород) до третьего атома (кислород) 0.9 ангстремов, угол ООН 105 градусов, диэдральный угол НООН 120 градусов.

Формат относительно универсален и не связан с Гиперкемом.

[OLYA_UA]

Большое спасибо!
Я в hyperchem смотрю значение длины связи,которая мне нужна,а в файле .zmt её нет.Почему?

[Гесс]

потому что в z-матрице атомы могут быть заданы в любом порядке и совершенно не обязаны быть заданы через ближайшие.
Покажите свое zmt и какую связь вы хотите видеть и вообще - зачем?

[OLYA_UA]

C 00000.0000 0 00000.0000 0 00000.0000 0 0 0 0
C 00001.3440 1 00000.0000 0 00000.0000 0 1 0 0
C 00001.3434 1 00120.5864 1 00000.0000 0 2 1 0
C 00001.3402 1 00118.3293 1 00000.0000 1 3 2 1
C 00001.3382 1 00121.4112 1 00359.8297 1 4 3 2
C 00001.3406 1 00120.1652 1 00000.4165 1 5 4 3
H 00001.1024 1 00120.6466 1 00179.0232 1 6 5 4
H 00001.1040 1 00119.8106 1 00180.2644 1 1 2 3
H 00001.1040 1 00119.7270 1 00179.8757 1 2 1 6
H 00001.1027 1 00119.9850 1 00180.2200 1 3 2 1
N 00001.3506 1 00128.5720 1 00180.9068 1 4 3 2
C 00001.4511 1 00121.9299 1 00185.7094 1 11 4 5
H 00001.1138 1 00110.7758 1 00052.9408 1 12 11 4
H 00001.1132 1 00110.4222 1 00171.9580 1 12 11 4
H 00001.1137 1 00109.9804 1 00291.0805 1 12 11 4
C 00001.5120 1 00112.3969 1 00178.4479 1 5 4 3
C 00001.5409 1 00107.7740 1 00253.9228 1 16 5 4
C 00001.5378 1 00112.5139 1 00133.2622 1 16 5 4
H 00001.1141 1 00111.9645 1 00055.7346 1 17 16 5
H 00001.1138 1 00111.3353 1 00177.2435 1 17 16 5
H 00001.1140 1 00111.2274 1 00296.3557 1 17 16 5
H 00001.1135 1 00111.7613 1 00068.6054 1 18 16 5
H 00001.1139 1 00110.6374 1 00187.8928 1 18 16 5
H 00001.1134 1 00112.1171 1 00308.8766 1 18 16 5
C 00001.4585 1 00110.8262 1 00349.7347 1 11 4 5
C 00001.5007 1 00111.2185 1 00141.1256 1 25 11 4
C 00001.3372 1 00122.0546 1 00131.7036 1 26 25 11
C 00001.3429 1 00120.6056 1 00356.7242 1 27 26 25
C 00001.3490 1 00119.5780 1 00355.7778 1 28 27 26
O 00001.3655 1 00123.6027 1 00000.7621 1 29 28 27
H 00001.1030 1 00118.3161 1 00309.9819 1 26 25 11
H 00001.1044 1 00118.1064 1 00176.7945 1 27 26 25
C 00001.3465 1 00119.6588 1 00176.9453 1 28 27 26
C 00001.3422 1 00120.4025 1 00180.1617 1 33 28 27
C 00001.3421 1 00119.7429 1 00359.8247 1 34 33 28
C 00001.3430 1 00119.2463 1 00359.5673 1 35 34 33
N 00001.4805 1 00120.1969 1 00179.6874 1 34 33 28
Br 00001.8996 1 00118.3331 1 00180.2707 1 36 35 34
H 00001.1030 1 00120.8365 1 00179.7933 1 35 34 33
H 00001.1029 1 00119.5904 1 00359.7445 1 33 28 27
O 00001.2217 1 00117.1008 1 00179.3215 1 37 34 35
O 00001.2216 1 00116.9263 1 00359.3919 1 37 34 35

Мне нужно удлиннять связь С-О до тех пор.пока она не разорвётся.Делать это мне нужно в mopac,при этом поставить - перед 1,которая соответствует этой связи.

[Гесс]

Мама дорогая, какой расчудесный формат.
Это несколько отличсется от того что я описал выше.
Первая цифра длина связи, далее единица обозначает оптимизируется ли параметр, далее угол, еще одна единица, диэдральный угол, последняя единица, номер атома от которого задана длина связи, номаер атома от которого задан угол, номер атома от которого задан диэдральник.
Счас придумаю как этот ужас визуализировать и посмотрим что за связь там у вас

[Гесс]

Уси-пуси какая прелесть.
А такое ваще бывает?

По теме
Предположительно вы хотите удлинять связь того кислорода который в кольце. С каким из двух возможных атомов - вы не указали. Варианты связь кислород30-углерод25 или кислород30-углерод29.
В матрице кислород30 задан через углерод29, с указанием длины связи которую можно варьировать. Как сделать параметр фикированным - ищите в мануале Гиперкема, я в нем не работал. Предположительно заменой единицы после этого параметра на 0 или на -1.
Если же вы хотите сканировать связь 25-30 то вам надо перезадать 30ый атом.
То есть строка

O 00001.3655 1 00123.6027 1 00000.7621 1 29 28 27

должна поменяться на что то типа

O 00001.4090 1 00112.4450 1 00013.2500 1 25 26 27

Остальные строки в редактировании не нуждаются.

[Гесс]

Кстати я сильно сомневаюсь что подобный процесс развала кольца происходит без участия растворителя в самом явном виде.
ИМХО это должно быть чтото типа гидролиза, и тогда как минимум одна молекула воды или чегото там должна в процессе участвовать.

[amge]

Я в hyperchem смотрю значение длины связи,которая мне нужна,а в файле .zmt её нет.Почему?

Одну из причин назвал Гесс (атомы не обязаны быть заданы через ближайшие). Есть еще одна причина, характерная для циклов: z-матрица задает ровно N-1 длин связей, поэтому как минимум одна связь цикла останется не заданной. Можно, как и советовал Гесс, переписать z-матрицу так, чтобы задать нужную связь, но тогда не заданной окажется другая. Это фундаментальный недостаток, он часто приводит к нехорошим последствиям, если оптимизация идет в координатах z-матрицы, поэтому почти во всех квантово-химических программах (кроме разве что мопака) z-матрицы сейчас используют редко, и только для задания стартовой геометрии, а оптимизация идет в специальных делокализованных координатах (при этом без проблем можно заморозить или просканировать любую связь).

Мама дорогая, какой расчудесный формат.
Это несколько отличсется от того что я описал выше.

Ведущие нули там не обязательны, а так обычный мопаковский формат.

[sanya1024]

Зачем Вам Z-матрица? сканирование по любой внутренней координате в любой современной программе можно задавать безо всяких Z-матриц. Только в семействе Гамесс (GAMESS-US и FireFly) нужно вручную ключик задать, что инпут -- декартовы координаты, а оптимизируем в автоматически сгенерированных внутренних. Остальные программы понимают это сами.