ChemOffice не читает xyz

[Rupreht]

Простите за наивный вопрос. Есть куча файлов в формате xyz, результаты расчета в mopac. Chemcraft из отлично открывает, даже если в одном файле результаты нескольких расчетов. Но вот несмотря на то, что формат xyz вроде химофисом поддерживается, он напрочь отказывается открывать вышеуказанные. Так же в chemcrafte сохраняю отдельную структуру в виде xyz и все равно тот же результат, химофисе на отрез отказывается их открывать, пишет this file format is not recognized by chemBio3d Ultra.

Как адаптировать (конвертировать) файлы?

[Cherep]

Если софт лицензионный, то можно попробовать отписать производителю

Кстати, chem3d - онож так, молекулу повертеть, не?
Попробуйте Avogadro -- свободный софт, тоже можно повертеть молекулу и немного молмеханики в ней есть. И внешние пакеты можно прикручивать. Ноя не пробовал -- не рассчётчик.

[Гесс]

Простите за наивный вопрос. Есть куча файлов в формате xyz, результаты расчета в mopac. Chemcraft из отлично открывает, даже если в одном файле результаты нескольких расчетов. Но вот несмотря на то, что формат xyz вроде химофисом поддерживается, он напрочь отказывается открывать вышеуказанные. Так же в chemcrafte сохраняю отдельную структуру в виде xyz и все равно тот же результат, химофисе на отрез отказывается их открывать, пишет this file format is not recognized by chemBio3d Ultra.

Как адаптировать (конвертировать) файлы?

Добавьте к инпутам вместо числа атомов и пустой строки

# RHF/6-31G* Opt Name=Username

0 1

и сохраните с расширением gjf.

[Rupreht]

Спасибо! Вроде авагадро решает проблему.

[amge]

Если xyz-файлов действительно куча, то можно сконвертировать их все скопом с помощью openbabel:
babel *.xyz -o sdf -m
Это из командной строки. Наверное, можно и из графического интерфейса.

[Rupreht]

Если xyz-файлов действительно куча, то можно сконвертировать их все скопом с помощью openbabel:
babel *.xyz -o sdf -m
Это из командной строки. Наверное, можно и из графического интерфейса.

Спасибо за совет, в дальнейшем может пригодиться. В данном случае, использую не все файлы, делаю выборку.

[Rupreht]

К сожалению авагадро на винде вылетает с ошибкой при некоторых действиях. Ну это ладно. Позволю себе сюда запихнуть ещё один вопрос.
Где (или как) можно замерять расстояния не только между атомами, но и например просто геометрические размеры некоторых структур, т.е. если это нельзя банально измерить как расстояние между атомами? Типа линейка или что то типо того.

[Гесс]

Непонял вопроса. Мона пример?

[amge]

Где (или как) можно замерять расстояния не только между атомами, но и например просто геометрические размеры некоторых структур

Программа MarvinSketch, см. viewtopic.php?f=11&t=102156&p=760990#p760990