Подложка гамма-Al2O3

[Sokolik93]

Приветствую всех)
Мне нужно построить подложку из гамма-оксида аллюминия, но у меня ничего не получается
Трудность для меня в том что я не представляю как обрезать всю эту модель (мне нужен только кусок чтобы посадить туда кластер Pd)
Помогите пожалуйста

[sanya1024]

Если грубо, то берете кристаллическую структуру из базы данных, вырезаете из нее слой в нужном направлении, затыкаете обрезанные связи водородами. Будут тонкости, конечно, покажете тут свой обрезанный кластер Al2O3 -- посмотрим, что можно придумать.

[Sokolik93]

А что за база данных? Из какой именно?

[Гесс]

Я собственно не специалист, но гугл посылает например на http://www.crystallography.net/tips.html и http://www.crystallography.net/result.php
А вообще еще кембриджская кристаллографичская база есть.

[Лечащий Врач]

В Кембриджской базе нет неорганических структур. А crystallography.net неполна, но лучше, чем ничего.

Sokolik93, ваша структура вот:
http://www.crystallography.net/2015530.html
Обязательно сходите по ссылке на статью оттуда!

И я вам не завидую с вашей задачей. Структура разупорядоченная, поэтому, чтобы честно ее описать, вам нужно брать большую сверхъячейку и статистически правильно сажать в нее атомы алюминия. К тому же мой личный опыт с гамма-оксидом алюминия говорит, что в катализаторах это фактически наночастицы, что означает, что для такой дефектной структуры можно ожидать и поверхностных эффектов.

Что делать:
1) построить структуру 10*10*2 ячеек так, чтобы статистические закономерности выполнялись (то есть 126 атомов алюминия в октаэдрических позициях, 74 в тетраэдрических).
2) На краях воткнуть водороды вместо алюминиев, чтобы она заканчивалась OH-группами.

Это будет не самое плохое первое приближение. Но вообще честно посчитать такую систему нельзя. Моделируйте корундом, может, и пронесет.

[comcon1]

Нужна (111), как я понял..
Здесь смотрели? http://surfaces.wikispaces.com/Molecule ... ma+alumina
Еще неплохо знать, в каком растворителе поверхность.
Мы использовали для построения поверхностей pymol с плагином supercell. Но есть спецпроги для таких целей.

[Sokolik93]

Вот я построил модель, кто что посоветует для оптимизации, какие параметры
Файл переименовал в txt

[Гесс]

Возможно я не прав, но
1) мне не особо нравится геометрия:
а) она подозрительно плоская с одной стороны и подозрительно "округлая" с другой.
б) есть странно сближенные кислороды, настолько что кемкрафт делает их пероксидами
в) плоские AlOHAl "пирамиды" и линейные AlOH
Оно точно обгрызалось из экспериментальных xyz?
г) мне оно кажется маленьким, скажем от рекомендации Лечащего врача вы уменьшили число атомов в более чем 6 раз. Как по мне результат для слишком малых кластеров нельзя использовать для обсуждения поверхности.

2) Какие параметры - зависит от того в чем вы намеряны его считать. Какие пакеты КХ-программ у вас есть или с какими вы намеряны работать?

[amge]

Вдобавок, Al15H32O40 с замкнутой оболочкой не будет электронейтральным (т.е. это либо катион, либо анион, либо радикал).

[Sokolik93]

Модель я брал из статьи (приложу ниже)
Мне нужно посадить туда два кластера: Pd6 и Pd4
Впринципе могу использовать Gaussian, но и Priroda, но в последней еще не очень разбираюсь, какие базисы и что
Так что я буду благодарен за помощь)

[amge]

Модель я брал из статьи

В этой статье обсуждается Al15O40H35. Это, в отличие от нарисованной Вами, нейтральная частица, и еще, длины связей Al-O там больше.

В принципе могу использовать Gaussian, но и Priroda, но в последней еще не очень разбираюсь, какие базисы и что
Так что я буду благодарен за помощь)

Я бы советовал начать считать Природой DFT/PBE/L1. Тогда сотня атомов даже на бытовом компе не покажется много. Кстати, авторы приложенной Вами статьи использовали что-то похожее. Потом, для солидности, можно пересчитать гауссианом то что понравится, и если базис сильно не занижать, то получится, скорее всего, то же самое..

[Sokolik93]

Вот я старался тоже самое что в статье сделать, но только я не знаю куда вставить еще три атома водорода, там плохо нарисовано и не ясно толком, мне было бы удобно конечно считать нейтральную молекулу
Может подскажите тогда куда еще можно воткнуть водород
С программой я думаю разберусь, главное тут начальное приближение взять

[amge]

Почему бы не написать авторам? В их статьях фигурируют и другие кластеры: Al11O30H27, Al15O40H35, Al25O58H41, Al42O96H66, Al64O142H92, Al72O154H92. Просите координаты их всех, может пригодится. Либо сами осваивайте обрезку РСА-структур (ссылки на них здесь дали).