Ребята, у кого есть опыт расчётов молекул(или иных объектов) с учётом их окружающей среды(рассворитель) (Как известно за умолчанием - расчёты применяются к молекуле в вакууме)? Подскажите, пожалуйста, как производить подобные вычисления.
Дело в том, что поведение исследуемых красителей сильно зависит от полярности растворителя: на деле приводит к сильным смещениям в спектре поглощения (больше чем на 100 нм). Хотелось бы разобраться с возможностями подобных вычисления.
Gaussian. Расчёты с учётом среды окружения молекулы.
Gaussian. Расчёты с учётом среды окружения молекулы.
Если у тебя паранойя - то это не значит, что тебя не преследуют!
Re: Gaussian. Расчёты с учётом среды окружения молекулы.
Ключ SCRF, смотрите в мануале. Сделайте поиск по форуму на PCM. Я еще обещала написать типа кусок методички про PCM (а может быть, вообще про методы учета окружения), но пока руки не дошли, и если замахнусь сразу на большой текст, то и не дойдут.
Краситель -- мероцианин?
Краситель -- мероцианин?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Gaussian. Расчёты с учётом среды окружения молекулы.
Ну вцелом конечно коментировать после sanya1024 это "мы пахали: я и трактор" (всмысле что по знаниям и полноте ответов здесь ей мало конкурентов), однако я таки всунусь.
В том виде как вопрос задан я бы ответил более обще - можно считать молекулу в континиумном растворителе, куда вас уже и послали, это вроде не должно существенно удорожать расчет, можно считать в вакууме с добавлением в важные места молекул растворителя например "живой воды", ну либо систему с молекулами живого растворителя засовывать в континиумный. Разумеется чем больше молекул растворителя и чем он тяжелее - тем дольше расчет. Континиумный растворитель не прилегает напрямую к атомам - они окружены пустышками определенного радиуса. Оочень тупо и грубо, не делая разницы межу моделями растворителей, можно сказать что континиумный растворитель - это вакуум со свойствами (диэлектрическая проницаемость и пр) растворителя. Для каждого растворителя свои цифры. В мануале гауссиана некоторые цифры есть. В нем же вбито достаточно большое количество растворителй и как минимум для некоторых моделей позволено допихивать данные для новых растворителей руцями.
В том виде как вопрос задан я бы ответил более обще - можно считать молекулу в континиумном растворителе, куда вас уже и послали, это вроде не должно существенно удорожать расчет, можно считать в вакууме с добавлением в важные места молекул растворителя например "живой воды", ну либо систему с молекулами живого растворителя засовывать в континиумный. Разумеется чем больше молекул растворителя и чем он тяжелее - тем дольше расчет. Континиумный растворитель не прилегает напрямую к атомам - они окружены пустышками определенного радиуса. Оочень тупо и грубо, не делая разницы межу моделями растворителей, можно сказать что континиумный растворитель - это вакуум со свойствами (диэлектрическая проницаемость и пр) растворителя. Для каждого растворителя свои цифры. В мануале гауссиана некоторые цифры есть. В нем же вбито достаточно большое количество растворителй и как минимум для некоторых моделей позволено допихивать данные для новых растворителей руцями.
Re: Gaussian. Расчёты с учётом среды окружения молекулы.
Да. Благодарю за совет.sanya1024 писал(а): Краситель -- мероцианин?
Если у тебя паранойя - то это не значит, что тебя не преследуют!
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей