Оптимизация Gaussiana, загрузка ядер и ошибка 2070

[Dmitrruss]

Используемые программы: GaussianView 5.0.8 + Gaussin 09 A0.2
OC: Винда 7 - 64бит.
Машина: Intel i7 4 ядерная + hyper-threading итого 8 ядер. Оперативы 8Г.
За умолчанием в настройках Default.Rou количество ядер 4, оперативы - 4Г. Сейчас следующие настройки (-P- 4,-М- 8000MB, -#- MaxDisk=100GB)

Когда выполняется расчёт - загрузка процессора держится на уровне 50%. При чём в диспетчере задач грузятся все 8 ядер, но общий уровень загрузки от гауссиана держится отметки 50%. Когда изменяю в настройках количество ядер на 8, 7, 6 или 5 то при расчётах выскакивает ошибка 2070(The processing of the last link ended abnormally. All processing has been aborted). Если же я вручную выбираю ядра, которые может использовать гауссиан, то загрузка процессора не дотягивает и 50%. Общая загрузка оперативы при прочей работе - 3,8Г/8Г.
ВОПРОС1: как использовать все ядра на полную мощность?

Когда провожу расчёт молекул одного семейства органических красителей(с разными конечными группами) то при одинаковых параметрах расчёта геометрии в основном состоянии DFT(CAM-B3LYP + 6-31) возникает та же ошибка 2070(The processing of the last link ended abnormally. All processing has been aborted). При необходимости исходники могу предоставить.

ВОПРОС2: какие причины приводят к ошибке 2070 и как разобраться в них раз и на всегда, чтобы не обращаться при каждой "ошибочной" молекуле?
ВОПРОС3: какие действия я должен предпринять чтобы увеличить скорость работы гауссиана?

[amge]

Машина: Intel i7 4 ядерная + hyper-threading итого 8 ядер.

Гиперсреды у интела не ускоряют счет. А возможно, даже мешают. Т.е. у Вас 4 ядра, столько и задавайте.

[chem_vova]

Если g09w 32-битная версия, то больше 4-х ядер использовать нельзя, %nprocshared=8 приводит к ошибке.

The 32-bit multiprocessor version of G09W is limited to 4 processors (or cores). The 32-bit version of G09W will run on 64-bit computer systems, albeit with the disk and memory limitations inherent to 32-bit applications.

http://www.gaussian.com/g_prod/g09w.htm

[Tonnie Fox]

да да, всё так и есть. Но зато можно включить 2 Гауссиана, каждый будет использовать по 4 ядра, а оперативку пополам разделить

[Dmitrruss]

да да, всё так и есть. Но зато можно включить 2 Гауссиана, каждый будет использовать по 4 ядра, а оперативку пополам разделить

[surius]

просто скопируйте, всю папку с G. и подредактируйте кофиг и будет вам счастье - 2 G. в одно время

[Dmitrruss]

подредактируйте конфиг и будет вам счастье - 2 G. в одно время

А тут можно поподробнее, пожалуйста.
Скопировал. Сама программа гауссиан открывается в 2-х экземплярах но гаусвью - только в одном.

[surius]

А тут можно поподробнее, пожалуйста.

1. Копируете C://G09W to C://G09W-1 (например)
2. в новой пааке нахрдите g09w.ini и в нем меняете часть которая между звездочками.

Код: Выделить всё

[File]
******************************************************
Bin_Path=C:\old_folder_name---> Bin_Path=C:\new_folder_name
Input_Path=C:\old_folder_name ---> Input_Path=C:\new_folder_name 
Output_Path=C:\old_folder_name ---> Output_Path=C:\new_folder_name 
ScratchDir_Path=C:\old_folder_name \Scratch ---> ScratchDir_Path=C:\new_folder_name \Scratch
*******************************************************
ASCII_Editor=NOTEPAD.EXE
Linda_Flags=
OvrWrite_WarnLevel=0
Prompt_MultiStepSaves=YES
MultiStep_SaveMode=1
Output_ScanTime=15
Query_OutputName=YES
Show_FileOnLoad=YES
[DISPLAY]
Processing_Cursor=NO
Toolbar=YES
OutputFile=YES
StatusBar=YES
MotifLook=YES
UseSystemColors=NO
OutputTextColor=0
OutputBackgroundColor=16777215
EditTextColor=0
[BATCH]
End_On_Error=YES
Msg_Prompts=YES
Scan_Output=YES
Minimize_ToEnd=NO
[DRAG+DROP]
Run_DroppedFiles=NO
Drop_BatchControlFile=DROPLIST.BCF

3. Profit

[surius]

а простите зачем вам 2 Gview?

[Dmitrruss]

а простите зачем вам 2 Gview?

Для работы с гауссианом я использую Gview. Она не позволяет загружать два гауссиана. Может есть иные способы использования гауссиана или Gview, при котором можно загружать две и более версий, но мне они не известны. Буду рад если расскажите или дадите ссылку где можно разобраться.

[Tonnie Fox]

Возможно не так понял суть вопроса..... гаусвью не запускает 2 гауссиана, но 2 гауссиана запускаются сами по себе без запуска гаусвью) в чем проблема-то? Главное же результат получить, а не проделать манипуляции по шаблону.

[Dmitrruss]

Возможно не так понял суть вопроса..... гаусвью не запускает 2 гауссиана, но 2 гауссиана запускаются сами по себе без запуска гаусвью) в чем проблема-то?

Проблема в неумении использовать гауссиан отдельно от гаусвью. Как настраивать расчёт и т.д.

[surius]

Возможно не так понял суть вопроса..... гаусвью не запускает 2 гауссиана, но 2 гауссиана запускаются сами по себе без запуска гаусвью) в чем проблема-то?

Проблема в неумении использовать гауссиан отдельно от гаусвью. Как настраивать расчёт и т.д.

Ага, ну тогда я бы вас отправил к мануалу http://gaussian.com/g_tech/1.htm , и их книге exploring chemistry with electronic structure methods. и конечно поковыряйтесь в папке примеры и задачи.

[Tonnie Fox]

создается в блокноте файл, в файле что-то типа:

Код: Выделить всё

# opt B3LYP/6-31++G** freq=noraman

название на английском без пробелов

0 1
6        1.398423000      0.245078000     -0.262547000
6        0.201035000      1.020333000      0.309094000
6       -1.570727000     -0.833068000      0.094223000
1        2.373058000      0.749810000     -0.144255000
1        0.392514000      2.075229000      0.087241000
1        0.181730000      0.909725000      1.406256000
1       -1.906411000      1.301340000      0.080471000
1       -1.656525000     -0.949083000      1.180874000
1       -2.539483000     -1.087286000     -0.349343000
1       -0.838945000     -1.568546000     -0.261945000
8        1.479985000     -1.032201000      0.026170000
6       -1.150655000      0.589355000     -0.280343000
1       -1.114272000      0.696227000     -1.371226000

только подставить свою геометрию, заряд/мультиплетность и функционал
затем запустить гауссиан, нажать File - Open, в скролл-меню выставить all-file и выбрать ранее созданный txt-файл
Ну а дальше как в плеере)

[Гесс]

Создать инпут вьювером, сохранить, запустить его гауссианом.
Создать инпут вручную, запустить гауссианом.

[surius]

Создать инпут вьювером, сохранить, запустить его гауссианом.
Создать инпут вручную, запустить гауссианом.

аминь (exhaustively)

[Dmitrruss]

С ВОПРОСОМ1 разобрались.
Переходим к ВОПРОСУ2 ОШИБКА 2070

Если надо ин-файл.

Код: Выделить всё

%chk=D:\USERS\KOVTUN\MERO-G\2QU\G-MERO-In-2-TD-HF.chk
# opt ucam-b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
 C                 -1.74144800   -0.24090900   -0.00001800
 C                 -2.69885200    0.78644500    0.00002600
 C                 -4.09407300    0.45199600    0.00002300
 C                 -4.45387500   -0.88769300   -0.00002300
 C                 -2.17936300   -1.63354800   -0.00007200
 H                 -4.85668600    2.44499900    0.00010200
 C                 -5.12230300    1.40480200    0.00006600
 C                 -5.77063200   -1.29649600   -0.00002700
 C                 -6.43447900    1.03264700    0.00006300
 H                 -5.96455400   -2.34833300   -0.00006400
 H                 -7.18845400    1.79232700    0.00009600
 O                 -2.39503700    2.01989200    0.00007300
 C                 -0.36482500    0.14093800    0.00000100
 O                 -0.07194700    1.38170400    0.00004700
 C                  0.73546500   -0.78198400   -0.00002900
 H                  0.51654500   -1.82666800   -0.00006700
 C                  4.42987700   -0.70321400   -0.00002100
 C                  6.76204800   -0.78719100   -0.00003500
 F                 -0.80288600    3.26358100   -1.13376900
 F                 -0.80286500    3.26356600    1.13390000
 B                 -0.99901900    2.55029600    0.00006300
 O                 -1.49251900   -2.60211100   -0.00008900
 O                 -3.52174200   -1.85575200   -0.00006600
 C                 -6.79585400   -0.34206300    0.00001500
 C                 -9.15817200    0.27606200    0.00006300
 H                -10.11447600   -0.22437900    0.00005700
 H                 -9.11412400    0.90900500    0.88132600
 H                 -9.11414800    0.90907100   -0.88115300
 C                 -8.45522900   -2.12481200   -0.00004000
 H                 -8.07355100   -2.63250500   -0.88098300
 H                 -8.07354700   -2.63257200    0.88086300
 H                 -9.53023000   -2.22177800   -0.00004200
 N                 -8.10354800   -0.71881800    0.00001200
 C                  3.15703600   -1.17104100   -0.00003900
 H                  2.99428100   -2.23107700   -0.00007900
 C                  2.00684000   -0.32531800   -0.00001100
 H                  2.15349600    0.74050000    0.00002700
 C                  5.44188700   -2.92935100   -0.00007800
 H                  4.91262700   -3.26812700    0.88271400
 H                  4.91270100   -3.26809500   -0.88292800
 H                  6.42424700   -3.36921100   -0.00004200
 C                  6.58443200    0.59099500    0.00001000
 N                  5.55231400   -1.48386800   -0.00004300
 C                  9.12241700   -0.43786700   -0.00004700
 H                 10.11866000   -0.84217500   -0.00007100
 C                  8.93834400    0.93471000   -0.00000100
 H                  9.78645800    1.59439400    0.00001300
 C                  7.65489200    1.45923900    0.00002800
 H                  7.49555700    2.52233400    0.00006200
 C                  8.04487500   -1.31126300   -0.00006500
 H                  8.22283500   -2.36899700   -0.00010500
 S                  4.87461100    1.00399400    0.00003500

 1 2 1.5 5 1.0 13 1.5
 2 3 1.5 12 2.0
 3 4 1.5 7 1.5
 4 8 2.0 23 1.5
 5 22 2.0 23 1.0
 6 7 1.0
 7 9 2.0
 8 10 1.0 24 1.5
 9 11 1.0 24 1.5
 10
 11
 12 21 1.0
 13 14 2.0 15 1.5
 14 21 1.0
 15 16 1.0 36 2.0
 16
 17 34 2.0 43 1.5 52 1.0
 18 42 1.5 43 1.0 50 2.0
 19 21 1.0
 20 21 1.0
 21
 22
 23
 24 33 1.5
 25 26 1.0 27 1.0 28 1.0 33 1.0
 26
 27
 28
 29 30 1.0 31 1.0 32 1.0 33 1.0
 30
 31
 32
 33
 34 35 1.0 36 1.5
 35
 36 37 1.0
 37
 38 39 1.0 40 1.0 41 1.0 43 1.0
 39
 40
 41
 42 48 2.0 52 1.0
 43
 44 45 1.0 46 2.0 50 1.5
 45
 46 47 1.0 48 1.5
 47
 48 49 1.0
 49
 50 51 1.0
 51
 52

Аут-файл

Код: Выделить всё

 Entering Link 1 = e:\G09W\l1.exe PID=      5112.
  
 Copyright © 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
  
 This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
 the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
 University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
 Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
 trademark of Gaussian, Inc.
  
 This software contains proprietary and confidential information,
 including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
 This software is provided under written license and may be
 used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
 written license.
  
 The following legend is applicable only to US Government
 contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
 Use, reproduction and disclosure by the US Government is
 subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
 and © of the Commercial Computer Software - Restricted
 Rights clause in FAR 52.227-19.
  
 Gaussian, Inc.
 340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
 ---------------------------------------------------------------
 Warning -- This program may not be used in any manner that
 competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
 assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
 of this program is prohibited from giving any competitor of
 Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
 the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
 business of creating and licensing software in the field of
 computational chemistry and represents and warrants to the
 licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
 it will not use this program in any manner prohibited above.
 ---------------------------------------------------------------
  

 Cite this work as:
 Gaussian 09, Revision A.02,
 M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, 
 M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, 
 G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, 
 A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, 
 M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, 
 Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., 
 J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, 
 K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, 
 K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, 
 M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, 
 V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, 
 O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, 
 R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, 
 P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, 
 O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, 
 and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.
 
 ******************************************
 Gaussian 09:  IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009
                26-Nov-2013 
 ******************************************
 %chk=D:\USERS\KOVTUN\MERO-G\2QU\G-MERO-In-2-TD-HF.chk
 fname=D:\USERS\KOVTUN\MERO-G\2QU\G-MERO-In-2-TD-HF.chk fd = -1

 open-new-file

В чём, где и как ошибка? Какие причины приводят к ошибке 2070 и как разобраться в них раз и на всегда, чтобы не обращаться при каждой "ошибочной" молекуле?

[Гесс]

Расчет пошел на сервере без изменений. (строка с чекпоинтом выкинута)
Это не проблема кейвордов или геометрии, иначе бы гауссиан обьяснил бы в аутпуте что с ним.
Скорее всего нехватка памяти или какие то неправильные пути

[Dmitrruss]

Расчет пошел на сервере без изменений. (строка с чекпоинтом выкинута)
Это не проблема кейвордов или геометрии, иначе бы гауссиан обьяснил бы в аутпуте что с ним.
Скорее всего нехватка памяти или какие то неправильные пути

А как определить сколько нужно памяти? (8Г)

[surius]

строка с чекпоинтом выкинута

действительно на кластере (*NIX) не нужно указывать полный путь, в банче можно прописать умолчания - у меня например сохраняет чаки в ту же папка что и исходник, что и аут. в винде сохраняет в Scratch если указать только имя чека

Скорее всего нехватка памяти или какие то неправильные пути

с памятью все ок, а вот пути действительно не правильные. А именно представление путей. Замените "\" на "/" и будет работать