Как избежать нехватки места на диске. GAMESS. MP2

[perezzloy]

Был у меня вот такой расчет:

Код: Выделить всё

 $contrl exetyp=run mplevl=2 runtyp=optimize coord=cart nzvar=99 $end
 $system memory=99000000 timlim=90000 $end
 $basis gbasis=n31 ngauss=6 ndfunc=1 npfunc=1 $end
 $statpt nstep=2000 hssend=.t. $end   
 $mp2 method=1 $end 
 $ZMAT AUTO=.t. DLC=.t. $end
 $data                 
 dihloroksifenil.dat
 тут геометрия
 $end

И все бы было нормально, но в конце выдало такую ошибку:

Код: Выделить всё

 FSF: fatal error no. 0x00020008 in sub READREC on unit  16

,
которую я расценил как нехватку места на жестком диске. Однако на жестком 146Гб свободного места! Неужели не хватает для расчета?
Вот как-то хочется избежать этой ошибки. Может подскажете?
И еще слышал, что каким-то образом можно уменьшить кол-во занимаемого места при расчете, а вот как это сделать не нашел.

[amge]

Добавьте
$scf dirscf=.t. $end

[sanya1024]

Первый совет абсолютно правильный. Если не поможет (а запросто!), то у меня следующие вопросы:
GAMESS-US или FireFly? в части MP2 GAMESS и FF сильно различаются, и рецепты лечения будут разными.
Какая ОС?
Большая ли молекула?
Лучше бы на полный инпут посмотреть...

[perezzloy]

Первый совет абсолютно правильный. Если не поможет (а запросто!), то у меня следующие вопросы:
GAMESS-US или FireFly? в части MP2 GAMESS и FF сильно различаются, и рецепты лечения будут разными.
Какая ОС?
Большая ли молекула?
Лучше бы на полный инпут посмотреть...

У меня GAMESS-US.
ОС - Windows 7
Полный инпут:

Код: Выделить всё

$contrl exetyp=run mplevl=2 runtyp=optimize coord=cart nzvar=99 $end
 $system memory=99000000 timlim=90000 $end
 $basis gbasis=n31 ngauss=6 ndfunc=1 npfunc=1 $end
 $statpt nstep=2000 hssend=.t. $end   
 $mp2 method=1 $end 
 $ZMAT AUTO=.t. DLC=.t. $end
 $data                 
 dihloroksifenil.dat
 C1                                           
 C           6.0  -1.9912017736   3.4855168451  -0.4572309136
 C           6.0  -0.6315201102   3.3935931535  -0.5196065524
 C           6.0   0.0381340825   2.1252338616  -0.4385768217
 C           6.0  -0.6368492529   0.9431832832  -0.2807591311
 C           6.0  -2.0575530314   1.0125710866  -0.1931065874
 C           6.0  -2.7348069278   2.2759706936  -0.2974969279
 C           6.0  -3.0959387494   0.1014140305  -0.0512896816
 O           8.0  -4.2635382627   0.7852773085  -0.0849105257
 N           7.0  -4.0558913735   2.1506546273  -0.2370628292
 C           6.0  -3.1803969352  -1.3464276406   0.0956218187
 C           6.0  -2.0841058853  -2.0864407238   0.5736249843
 C           6.0  -2.1692295728  -3.4705933737   0.7002867161
 C           6.0  -3.3481814183  -4.1375563553   0.3622844647
 C           6.0  -4.4466614518  -3.4087801743  -0.1001719470
 C           6.0  -4.3678106657  -2.0260673830  -0.2344072476
 C           6.0   3.3275266415  -0.6976010251  -1.6641754781
 C           6.0   3.9070840110  -1.0905008411  -0.4580141524
 C           6.0   3.6463409948  -0.4068605837   0.7278551409
 C           6.0   2.7838863659   0.6894684680   0.7021416300
 C           6.0   2.1925928512   1.1007495129  -0.5000213434
 C           6.0   2.4719727941   0.4011542083  -1.6749853829
 O           8.0   1.4137134639   2.2341601299  -0.5466533444
 CL         17.0   2.4557379115   1.5563790239   2.1819615010
 CL         17.0   4.9916729407  -2.4695861445  -0.4256569908
 H           1.0  -2.5045665957   4.4376470620  -0.5284030865
 H           1.0  -0.0110514821   4.2752221144  -0.6398781855
 H           1.0  -0.1107768821  -0.0014247693  -0.2418028364
 H           1.0  -1.1780734859  -1.5748164377   0.8787005993
 H           1.0  -1.3157221395  -4.0280059347   1.0743349292
 H           1.0  -3.4126579113  -5.2166425765   0.4638400930
 H           1.0  -5.3684369368  -3.9203790548  -0.3603423743
 H           1.0  -5.2178699913  -1.4612011449  -0.6006439490
 H           1.0   3.5463985412  -1.2379884772  -2.5775214603
 H           1.0   4.1051659736  -0.7154709573   1.6589256200
 H           1.0   2.0124230069   0.7372639673  -2.5982537984
 $end

Сейчас запущу по первому совету, отпишусь как закончится.

[amge]

Смущает $mp2 method=1 $end. В мануале вообще не пишут, что означает method=1 (только 2 и 3). Кроме того, это слово уместно только при CODE=SERIAL, тогда как у Вас должно быть дефолтное CODE=IMS. Я бы на всякий случай убрал эту группу из инпута, тем более что "The $MP2 input group is not usually given."

[perezzloy]

Смущает $mp2 method=1 $end. В мануале вообще не пишут, что означает method=1 (только 2 и 3). Кроме того, это слово уместно только при CODE=SERIAL, тогда как у Вас должно быть дефолтное CODE=IMS. Я бы на всякий случай убрал эту группу из инпута, тем более что "The $MP2 input group is not usually given."

Попробую убрать, но часть соединений посчиталась и с этой группой, значит не критично.

[perezzloy]

Уже посчиталось с $scf dirscf=.t. $end, но мне не понятно как закончился расчет. Файл .gms заканчивается так:

Код: Выделить всё

 RESULTS OF MOLLER-PLESSET 2ND ORDER CORRECTION ARE
               E(0)=      -892.4349305117
               E(1)=         0.0
               E(2)=        -2.8175573040
             E(MP2)=      -895.2524878157

 ..... DONE WITH MP2 ENERGY .....

 CPU        TIME:   STEP =   1098.39 ,  TOTAL =     3625.3 SECONDS (   60.4 MIN)
 WALL CLOCK TIME:   STEP =   1100.52 ,  TOTAL =     4616.3 SECONDS (   76.9 MIN)
 CPU UTILIZATION:   STEP =     99.81%,  TOTAL =      78.53%

 ..... SOLVING CPHF IN THE AO BASIS .....
 ..... INITIATING DIIS PROCEDURE .....
 ..... 18 ITERATIONS CARRIED OUT    .....

 ..... DONE WITH MP2 CPHF AND DENSITY .....

 CPU        TIME:   STEP =    538.48 ,  TOTAL =     4163.7 SECONDS (   69.4 MIN)
 WALL CLOCK TIME:   STEP =    538.74 ,  TOTAL =     5155.1 SECONDS (   85.9 MIN)
 CPU UTILIZATION:   STEP =     99.95%,  TOTAL =      80.77%

То есть нет надписи EXECUTION OF GAMESS TERMINATED NORMALLY или EXECUTION OF GAMESS TERMINATED ABNORMALLY.
Это нормально?
Приложил .gms-файл.

[perezzloy]

Запустил снова, думаю, может оборвался расчет.

[sanya1024]

Ну, есть E(MP2)= -895.2524878157 -- Вам ведь это нужно? значит, все ОК.

Если в приложенном файле использовалась та же версия GAMESS, на к-рой была ошибка, то...

GAMESS VERSION = 6 JUN 1999
......
Pentium 4 / Win32 PC GAMESS version running under Windows NT
......
Warning: this PC GAMESS version was optimized for a different CPU type!
The overall performance degradation is expected.
For better performance, use Pentium III optimized PC GAMESS version.
PARALLEL VERSION (UNIFIED) RUNNING SEQUENTIALLY ON SINGLE NODE

Короче, у Вас допотопная версия PCGAMESS, а не свежий GAMESS-US и не свежий же FireFly. Оооочень рекомендую обновить. Кстати, в FireFly специально уделялось особое внимание улучшению алгоритмов MP2, их экономичности, а GAMESS-US бывает жутко прожорлив. То, что со скрипом проходило на меньших системах, вызовет затык на системе побольше -- задача MP2 масштабируется как N^5 или даже N^6, если считаются свойства.

По-любому, обновить версию еще никому не повредило.

[perezzloy]

Спасибо. Да, версия устарела. В университете считаю, там никто не хочет заниматься обновлением и наладкой.
Видимо придется мне заняться. Может посоветуете руководство на русском по FireFly?

[sanya1024]

На русском ничего нет. Более того, хороший полный мануал -- в процессе составления, уже больше года составляем. Поскольку все на общественных началах, то скорость работы -- сами понимаете... Но есть форум http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/ ... ussion.htm Там, правда, все по-английски, придется разбираться

[perezzloy]

Спасибо, значит буду разбираться

[BIOHAZARD]

Более того, хороший полный мануал -- в процессе составления, уже больше года составляем.

А где составляете, если не секрет?
В смысле: можно ли посмотреть на то, что уже успели написать? А то я сам мучаюсь с FF уже не первый год и рядом ни одного человека, с кем можно было бы проконсультироваться, так что было бы интересно почитать на русском, на английском оно очень тяжело воспринимается, да и документация очень скудна, на хемпорте гораздо больше.

[sanya1024]

Уже есть на сайте более-менее приличный мануал. Но все равно все Under construction

[BIOHAZARD]

На сайте - это в архиве с FF 8.0?

[sanya1024]

Нет, в раздеде мануалов: http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/docs.zip