Про метод ONIOM

[AlexKsen]

Уважаемые форумчане, мне стало очень интересно, какое отношение сейчас к методу ONIOM, как к нему относится квантово-химическая общественность:) и,вообще, будут ли актуальны расчеты с применением ONIOM.

[uchebnik fiziki]

смотря для чего его применять

[AlexKsen]

Например, для геометрической оптимизации больших структур, больших металл комплексов с d металлами.

[ Post made via Windows Smartphone ]

[VTur]

Метод нормальный, но его применение подразумевает большую машину.

[sanya1024]

ONIOM есть не только в Гауссиане, и тогда метод становится вполне подъемным.
Это просто механический эмбеддинг, т.е., даже точечные заряды (не говоря уж про поляризуемость) окружения не учитываются. Не самый лучший способ разбираться с геометрией металлокомплексов. Лучше взять модель электростатического эмбеддинга, где MM атомы имеют точечные заряды (что учитывается в параметризации силового поля) и влияют на QM часть. Вроде бы это доступно в Орке.
Ну, и высший пилотаж (не знаю, где и как это реализовано по-человечески) -- поляризуемый эмбеддинг (использующий поляризуемые силовые поля), где не только MM часть своими точечными зарядами влияет на QM часть, но и QM часть поляризует свое MM окружение -- до самосогласования.

EFP в GAMESS-US -- это модель поляризуемого окружения, но EFP, строго говоря, это не QM/MM, поскольку не содержит силовых полей вообще.

Судя по тем монстрам, к-рых ТС показывал раньше, Орка ему поможет, и даже без QM/MM можно будет обойтись.

[AlexKsen]

Спасибо! И еще один вопрос:) А где можно, почитать про базысы плоских волн?

[sanya1024]

Для начала, наверное, в мануалах соответствующих программ. А дальше -- специалисты подскажут я тут не помощник.

[Лечащий Врач]

AlexKsen, начните с сайта VASP. Там много, подробно, и есть хорошие презентации. Плюс базисы в VASP одни из самых прогрессивных.

http://www.vasp.at/

[AlexKsen]

Спасибо! Уважаемые форумчане, а можно молекулу оптимизировать по частям. Например, берем молекулу и разбиваем ее на 4 части и считаем эти части одним и темже меодом:) Если можно, то скорее всего должны быть какие-нибудь поправочные коэффициенты. Подскажите, пожалуйста, кто-нибудь сталкивался с расчетами такого рода? И посаветуйте, где посмотреть?

[sanya1024]

Разве что в качестве предварительной меры. Вдумчиво порезать на части, аккуратно заткнуть места разрезов группами, подходящими по стерике и полярности, соптимизировать куски, состыковать, дооптимизировать до конца. Работает не всегда.

[VTur]

В Ваших молекулах есть дальнодействующие индуктивные и другие эффекты? Внутримолекулярные связи?

[alxyppv]

Спасибо! Уважаемые форумчане, а можно молекулу оптимизировать по частям. Например, берем молекулу и разбиваем ее на 4 части и считаем эти части одним и темже меодом:) Если можно, то скорее всего должны быть какие-нибудь поправочные коэффициенты. Подскажите, пожалуйста, кто-нибудь сталкивался с расчетами такого рода? И посаветуйте, где посмотреть?

В пинципе есть много методов, в которых систему бьют на куски, считают каждый кусок и как-то учитывают взаимодействие между ними. Для больших систем такой подход может дать существенный выигрыш по времени. Для примера:

DOI:

http://dx.doi.org/10.1021/ct200033b

или вот

DOI:

http://dx.doi.org/10.1021/ct2006067

[AlexKsen]

Спасибо!